به مناسبت ارتحال رهبر کبير انقلاب اسلامى در ژوئن ۱۹۸۹ (خرداد ۱۳۶۸) پاکستان در آن کشور ۱۰ روز عزاى عمومى اعلام کرد و در اين ايام پرچم‌هاى پاکستان در سراسر ان کشور و سفارتخانه‌هاى پاکستان در سراسر جهان به‌حالت نيمه افراشته درآمد.


رئيس جمهور پاکستان در مراسم ارتحال امام خمينى (ره) شرکت نمود. در ژوئن ۱۹۸۹ (خرداد ۱۳۶۸) بى‌نظير بوتر نخست وزير پاکستان طى ارسال پيامى به محضر آيت‌الله سيد على خامنه‌اى انتخاب ايشان را به‌عنوان رهبر شايسته جمهورى اسلامى ايران از طرف مجلس خبرگان تبريک گفت.


در نوامبر ۱۹۸۹ (آبان ۱۳۶۸) حجت‌الاسلام نورى وزير کشور ايران به منظور مذاکره در زمينه مبارزه با قاچاق مواد مخدر و ايجاد نوعى وحدت رويه در منطقه از پاکستان ديدار کرد. در پايان مذاکرات سه کميته کارشناسى مبارزه با مواد مخدر، امنيتي، انتظامى و سياسى از سوى دو کشور جهت بحث و بررسى موضوعات مورد علاقه دو طرف تشکيل شد. همچنين يک يادداشت تفاهم جهت گسترش همکارى دو جانبه امضاء کردند. دو کشور توافق کردند در آينده‌اى نزديک اجلاسى از کارشناسان و مسئولان ذى‌ربط امضاء کردند. دو کشور توافق کردن در آينده‌اى نزديک اجلاسى از کارشناسان و مسئولان ذيربط مقدمات برقرارى مجدد خط آهن که به هيچ‌وجه اين کشور براى عملياتى عليه منافع انقلاب‌اسلامى به‌کار نخواهد رفت. در ديدار سفير ايران با رئيس جمهور پاکستان در دسامبر ۱۹۸۹ (دى‌ماه ۱۳۶۸) وى از اجراءِ کامل قطع‌نامه ۵۹۸ سازمان ملل حمايت کرد و تأکيد نمود مواضع جمهورى اسلامى ايران معقول و برحق است و دنيا بايد از آن مواضع حمايت کند.


در ژانويه ۱۹۹۰ (۲۸ دى ۱۳۶۸) ملک معراج خالد رئيس مجلس ملى پاکستان از تهران ديدار نمود. در اين ديدار گروه دوستى پارلمانى با کشور پاکستان تشکيل گرديد.


وزير امور خارجه ايران در سال ۱۹۹۰ براى شرکت در اجلاس اکو به پاکستان سفر نمود.


نواز شريف نخست وزير پاکستان در اوايل سال ۱۹۹۱ به تهران سفر نمود. پس از آن رئيس مجلس شوراى اسلامى ايران به پاکستان رفت.


در سپتامبر سال ۱۹۹۱ رئيس جمهور پاکستان غلام اسحاق‌خان به تهران سفر نمود. اجلاس سران کشورهاى عضو اکو در اين سال در تهران تشکيل شد. ايران در حمايت از مواضع پاکستان در کنفرانس داکار به قطع‌نامهٔ کشمير رأى مثبت داد.


نوازشريف در اوايل سال ۱۹۹۲ به ايران سفر نمود. پاکستان به‌دنبال انصراف الجزاير از تصدى حفاظت منافع ايران در آمريکا، عهده دار اين امر شد.


در سپتامبر ۱۹۹۲ (شهريور ۱۳۷۱) آقاى هاشمى رفسنجانى رئيس جمهور ايران از پاکستان ديدار کرد و کشمير را مشکل مشترک دو کشور ايران و پاکستان خواند.


در اوايل سال ۱۹۹۳ (۱۳۷۱) گوهر ايوب خان رئيس مجلس ملى پاکستان از ايران ديدار نمود. در همين سال وزير امور خارجه ايران براى شرکت در اجلاس اکو به پاکستان رفت. نخست وزير پاکستان نوازشريف به تهران سفر نمود.


در اين سال پاکستان عهده‌دار حفاظت منافع ايران در الجزاير شد (فروردين ۱۳۷۲-مارس ۱۹۹۳) وزير امور خارجه ايران براى شرکت در اجلاس وزراى خارجه کشورهاى عضو سازمان کنفرانس اسلامى به کراچى رفت. هيأت نظارتى براى نظارت در انتخابات پاکستان به اين کشور عزيمت نمود. رئيس ديوان‌عالى ايران نيز در سال ۱۹۹۳ به پاکستان سفر کرد.


در دسامبر ۱۹۹۳ (آٰذرماه ۱۳۷۲) بى‌نظير بوتر به ايران سفر نمود. در پايان رئيس جمهورى اسلامى ايران و نخست وزير پاکستان نقطه نظرات دو کشور در مسائل منطقه‌اى و جهانى را مشابه خواندند. رئيس جمهورى ايران اعلام کرد: در اين سفر تصميمات مهمى در مورد گسترش روابط تجارى و اقتصادى از جمله تأسيس پالايشگاه در پاکستان و احداث خط لوله گاز به اين کشور گرفته شد. همچنين يادداشت تفاهم همکارى بين ايران و پاکستان به امضاء وزراى خارجه دو کشور رسيد.


در بيانيه مطبوعاتى نيز همزمان در تهران و اسلام‌آباد منتشر شد دو طرف آمادگى خود را براى گسترش روابط فرهنگى و ايجاد کرسى‌هاى زبان‌فارسى و اردو در مؤسسات آموزشى دو کشور اعلام کردند.


در اين بيانيه و پاکستان وضعيت بحرانى جهانى و منطقه را تهديدى براى صلح و امنيت منطقه خواندند و بر لزوم همکارى‌هاى منطقه‌اى تأکيد کردند. دو کشور در همين راستا توافق خود را براى افزايش همکارى‌ها در سطح سازمان همکارى‌هاى اقتصادى (اکو) اعلام کردند.


در اين بيانيه ايران و پاکستان ضمن ابراز نگرانى و اوضاع افغانستان و ادامه برادرکشى در اين کشور از رهبران جناح‌هاى مختلف افغانستان خواستند با الحاق به تلاش‌هاى بين‌المللى جهت بازسازى اين کشور و بازگشت آوارگان افغانى در کشورهاى ايران و پاکستان روند صلح در افغانستان را تقويت کنند. در اين بيانيه آمده است: ايران و پاکستان موافقت کردند که تلاش‌هاى برقرارى آشتى ملى در افغانستان را تقويت کرده و مشورت‌هاى بيشترى در اين رابطه انجام دهند.


دو کشور برلزوم حل و فصل پايدار و عادلانه مسئله خاورميانه، تخليه کليه سرزمين‌هاى عربى و فلسطينى از جمله قدس شريف و تأسيس سرزمين مستقل توسط مردم فلسطين تأکيد کردند. همچنين ضمن اعلام پشتيبانى از استقرار آشتى ملى در تاجيکستان، مراتب نگرانى خود را از اوضاع مرزهاى افغانستان و تاجيکستان ابراز داشته و از جناح‌هاى متخاصم در تاجيکستان خواستند اختلافات فيمابين را به طريق ابراز داشته و از جناح‌هاى متخاصم در تاجيکستان خواستند اختلافات فيمابين را به طريق مسالمت‌آميز حل کرده و در مورد بازگشت شرافتمندانه پناهنده تاجيک به سرزمين خود اقدامات لازم را انجام دهند.