به رغم مذاکرات دو جانبه در آوريل ۱۹۹۱ زد و خوردها بين سربازان هند و پاکستان در مرز کشمير در طول سال‌هاى ۱۹۹۳-۱۹۹۴ ادامه داشت. در فوريه و مارس ۱۹۹۲ دولت پاکستان با کمک پليس و نيروهاى شبه نظامى از تظاهرات اعتراض‌آميز که به‌وسيله جبهه آزادى بخش جامو و کشمير ((ammu and Kashmir Liberation Front (JKLF) در اطراف خط آتش‌بس تا منطقه کشمير تحت کنترل هند و ترتيب داده شده بود، جلوگيرى کرد و از اين طريق از برخورد وسيع بين پاکستان و هند جلوگيرى نمود در اکتبر ۱۹۹۳ روابط دو کشور برسر اشغال يک زيارتگاه مسلمانان در بخش کشمير هند به سختى تيره شد و دو کشور يکديگر را مسبب اين اتفاق خواندند و هر يک چهار ديپلمات طرف مقابل را به جرم جاسوسى اخراج کردند. مذاکرات در سطح عالى در ژانويه ۱۹۹۴ بين مقامات پاکستان و هند صورت گرفت، ولى پيشرفتى در حل مسئله کشمير به‌دست نيامد.


در اين سال‌ها به‌طور مداوم هند، پاکستان را به حمايت از جبهه آزادى‌بخش کشمير و سيک‌هاى تجزيه طلب در ايالت پنجاب هند متهم مى‌نمود. اين اتهام‌ها به شدت به‌وسيله دولت پاکستان رد مى‌شد. در مارس ۱۹۹۳ روابط بين دو کشور به پايين‌ترين سطح ممکن رسيد هنگامى که دولت هن پاکستان را به شرکت در بمب‌گذارى در بمبئى متهم نمود. در اين بمب‌گذارى بيش از ۳۰۰ نفر کشته شدند. در مارس ۱۹۹۴ در نتيجه وخيم‌تر شدن روابط بين دو کشور، سرکنسولگرى پاکستان در بمبئى بسته شد.مقام‌هاى هند و پاکستان به‌طور اصولى در دسامبر ۱۹۹۴ موافقت‌کردند تا نيروهاى دو کشور سه کيلومتر در يک منطقه مرزى اختلاف عقب نشينى نمايند. محدوده عقب نشينى شده در تصرف هيچ يک از دو کشور نخواهد بود.


در همين ماه ‌اسلام‌آباد کنسولگرى هند در کراچى را تعطيل نمود و دليل آن را تبديل اى نمايندگى به يک لانه جاسوسى اعلام کرد. دهلى نو اين اتهام را رد کرد و گفت چون دولت پاکستان در کنترل نا‌آرامى‌ها در کراچى ناکام‌شده اين اتهام را به هند وارد مى‌کند.


رئيس جمهور پاکستان به مناسبت اجلاس سارک در اوايل ۱۹۹۵ از هند ديدار کرد. وى در مذاکره با رائو نخست وزير هند گفت لازم است مشکلات ما از طريق مسالمت‌آميز و نه نظامى حل شود. وزراى خارجه دو کشور در سال ۱۹۹۴ درباره کشمير با هم مذاکره کردند ولى به نتيجه نرسيد.


دولت پاکستان در نيمه مه ۱۹۹۵ در اعتراض به بى‌احترامى و تخريب دو مکان مذهبى در کشمير هند يک روز را روز سياه عزاى عمومى اعلام کرد. طى اين حادثه صدها تن در کشمير کشته و زخمى شدند. طى درگيرى شديدى در مه ۱۹۹۵ بين نيروهاى هند و پاکستان در جنوب غربى ناحيه سياچين ۶۰ سرباز پاکستانى کشته شدند. اين مطلب از سوى مقامات پاکستان تکذيب شد. در مارس ۱۹۹۶ و در پى بروز شايعاتى در غرب مبنى بر انجام دومين انفجار اتمى هند، پاکستان تهديد کرد که در صورت انجام چينى اقدامى متقابلاً دست به انفجار اتمى خواهد زد.


نواز شريف پس از رسيدن به قدرت در ۲۷ فوريه ۱۹۹۷ باارسال نامه‌اى براى نخست وزير خواستار انجام گفت‌ و گوهاى مقدماتى ميان وزراى امور خارجه دو کشور شد. آخرين دور مذاکرات سياسى دو کشور در سطح معاونين وزراى امور خارجه در ژانويه ۱۹۹۴ برگزار شد. در حاشيه اجلاس غير متعهدها در آوريل ۱۹۹۷ وزراى امور خارجه هند و پاکستان با يکديگر ملاقات کردند. در اين توافق شد که دو کشور اتباع زندانى يکديگر را آزاد کنند. در چند سال گذشته مرزبانان دريائى هند و پاکستان ماهيگيران طرف مقابل را به اتهام نقض حريم دريائى بازداشت کرده‌اند.


در آوريل ۱۹۹۷ دو دور مذاکره در مورد موضوع‌هاى مورد اختلاف بين دو کشور در سطح قائم مقامان وزارت امور خارجه صورت گرفت.


نوازشريف و گجرال (نخست وزير هند) در مه ۱۹۹۷ در اجلاس سارک در مالديو با يکديگر ملاقات و مذاکره نمودند. در اين ديدار اظهار اميدوارى که که همه اختلاف‌ها بزودى حل شوند.


در ژوئن ۱۹۹۷ مذاکرات بين قائم مقام‌هاى وزارت امور خارجه هند و پاکستان در اسلام‌آباد انجام شد. در نتيجه اين مذاکرات گروه‌هاى کارى مشخص شد که مسائل مورد اختلاف را به‌طور جداگانه مورد بررسى قرار دهند. دومين دور مذاکرات مقامات عالى‌رتبه در سپتامبر در دهلى نو انجام شد ولى پيشرفت‌ کمى به‌دست آمد. در اواخر اين ماه تنش بين دو کشور در نتيجه درگيرى افزايش يافت.


در آوريل ۱۹۹۸ به‌دنبال آزمايش‌ موفقيت‌آميز موشک‌هاى ميان برد پاکستان دولت هند فشار‌هاى زيادى به اين کشور وارد آورد. درماه بعد هند پنج انفجار آزمايش هسته‌اى در زير زمين انجام داد. در پايان مه پاکستان شش انفجار آزمايش هسته‌اى در زير زمين انجام داد و تحريم‌هاى اقتصادى آمريکا برعليه هند و پاکستان صورت گرفت. در سال ۹۹-۱۹۹۸ بعضى از تحريم‌هاى اعمال شده توسط آمريکا لغو شد.


مذاکرات هند و پاکستان در اکتبر ۱۹۹۸ در اسلام‌آباد از سرگرفته شد. در فوريه ۱۹۹۹ به‌دنبال سفر تاريخى و اجپائى نخست‌وزير با اتوبوس به پاکستان روابط به‌طور قابل توجهى بهبود يافت. در اين سال اجلاس سران دو کشور پس از ده سال در پاکستان برگزار شد و در پايان اعلاميه لاهور امضاء شد که دو کشور بر تأمين صلح و امنيت در آسياى جنوبى تأکيد کردند.


نگرانى در مورد افزايش مسابقه تسليحاتى در آسياى جنوبى در آوريل به دنبال يک سلسله آزمايش موشکى‌هاى بالستيک ابتدا به‌وسيله هند و سپس به‌وسيله پاکستان بيشتر شد.


در مه ۱۹۹۹ برخوردها در کشمير افزايش يافت و بحرانى در منطقه کارگيل پيش آمد. دولت پاکستان ادعا مى‌کرد که از مبارزان کشميرى در اين حمايت نمى‌کرد. در پايان ماه سربازان هند حملات هوائى عليه شبه نظاميان انجام دادند. زمانى‌که گروه شبه نظامى کشميرى مسئوليت سقوط هلى‌کوپتر هندى را به عهده گرفت و سربازان پاکستانى دو جنگنده هندى را که به فضاى پاکستان آمده بودند ساقط نمودند، تنش بين دو کشور افزايش يافت.


در ژوئيه نواز شريف از آمريکا ديدار کرد و اعلاميه واشنگتن زمينه را براى پايان بخشيدن به بحران‌ کارگيل فراهم آورد. اما تنش در اوت بين هند و پاکستان به دليل سرنگونى يک هواپيماى پاکستان توسط هند در مرز باگجرات شدت گرفت و ۱۶ نفر کشته شدند.


در اوايل نوامبر واجپائى نخست وزير هند در اجلاس سران کشورهاى مشترک المنافع موفق به محکوميت رژيم نظامى پاکستان شد.


در اواخر دسامبر درگيرى کشمير مورد توجه بين‌المللى قرار گرفت زيرا پنج بنيان‌گذار کشميرى يک هواپيماى هندى را با مسافران آن ربوده و در فرودگاه قندهار در جنوب افغانستان به مدت يک هفته نگه‌داشتند. آنها خواهان آزادى ۳۶ شبه نظامى مسلمانان که در هند زندانى بودند، شدند. تحت فشارهاى داخلى هند با آزادى سه نفر موافقت کرد پاکستان هر گونه ارتباطى با هواپيما ربايان را تکذيب کرد.


در اواخر مارس ۲۰۰۰ به دنبال ديدار کلينتون از منطقه ژنرال مشرف پيشنهاد کرد که مذاکرات با هند براى بهبود روابط از سرگرفته شود. کلينتون در اين ديدار از پاکستان خواست مذاکرات با هند را از سر بگيرد و معاهده منع و آزمايشات هسته‌اى را امضاء کند.