انگليسى‌ها ابتدا به عنوان بازرگانان وارد شبه قاره هند شدند. در سال ۱۷۵۷ آنان در جنگ پلاسى (Plassey)، نواب بنگاله را شکست دادند و آن را از دست مسلمانان خارج ساختند. کلکته نيز در همين سال از سلطه مسلمانان درآمد.


حکومت سلطان تيپو، مهاراجهٔ فارسى ‌دان، که دشمن سرسخت انگليسى‌ها بود در سال ۱۷۹۹ به دست انگليسى‌ها سقوط کرد و ايالت پنجاب تحت سلطهٔ سيک‌ها درآمد. در سال ۱۸۰۳ انگليسى‌ها به دهلى رسيدند و به‌جاى مراتهه‌ها نايب تيموريان هند شدند. در مناطقى که تحت نظر سيک‌ها بود مسلمانان به شدت تحت فشار بودند. دو تن از رهبران مسلمان که از پيروان شاه ولى‌الله بودند، شاه اسماعيل شهيد و سيد احمد شهيد عليه سيک‌ها و انگليسى‌ها اعلام جهاد کردند. آنان در ابتدا موفق شدند اکثر نواحى ايالت سرحد شمال غربى کنونى پاکستان را از تصرف سيک‌ها خارج کنند و در آن نواحى حکومت اسلامى تشکيل دادند. اما به دليل اختلافات ميان مسلمانان در سال ۱۸۳۱ سيک‌ها مسلمانان را در بالاکوت شکست دادند. سيک‌ها سپس با انگليسى‌ها وارد جنگ شدند ولى از آنان شکست خوردند.


در حدود نيمهٔ قرن ۱۹ هندوستان به هند انگليس تبديل شده بود و در واقع انگليسى‌ها در نزاع بين هندوها و مسلمانان پيروز شده بودند. در سال ۱۸۵۷ مسلمانان با هندوان متحد شده و عليه انگليسى‌ها به رهبرى بهادر شاه ثانى ظفر قيام کردند، ولى شکست خوردند. پس از اين شکست عملاً شبه قارهٔ هند به امپراتورى انگليس تسليم شد. بهادر شاه ثانى ظفر نيز توسط انگليسى‌ها محاکمه و به رانگون تبعيد شد. انگليسى‌ها که عامل اصلى قيام را مسلمانان مى‌دانستند آنان را از عرصه‌ٔ فعاليت‌هاى سياسى‌، اقتصادى و اجتماعى دور کردند. زبان انگليسى به صورت زبان آموزشى درآمد و هندوان از آن استقبال نمودند. از سال ۱۸۷۰ انگليسى‌‌‌ها تا حدودى به وضع مسلمانان توجه کردند. در سال ۱۸۷۸ کالج اسلامى انگليسى در عليگره تأسيس شد و در سال ۱۹۲۰ به دانشگاه تبديل شد. سرسيد احمد خان که از رهبران مسلمان و طرفدار انگليسى‌ها بود از مسلمانان مى‌خواست که با انگليسى‌ها روابط حسنه داشته باشند. ولى ديگر علماى مسلمان انگليسى‌ها را غاصب شمردند آنان نيز در ديوبند در ايالت اتارپرادش دارالعلومى تأسيس کردند و بنيان‌گذاران اوليهٔ آن مولانا محمد قاسم نانوتوى و حاجى محمد عابد حسين بودند.


حزب کنگرهٔ ملى هند در سال ۱۸۸۵ تشکيل شد. سرسيد احمد خان به‌دليل اکثريت هندو و پيروزى آنها در انتخابات مخالفت ورود مسلمانان به سياست بود و سيستم انتصابى را پيشنهاد مى‌کرد. وى هنگامى که هندوان مى‌خواستند زبان هندى را جانشين زبان اردو کنند، از ايجاد بين دو گروه خوددارى کرد. صرف نظر از تجديدگرائى او که مخالفت بسيارى از مسلمانان بود آثار وى در تأييد ديدگاه‌هاى اهل سنت بود.


در آغاز قرن بيستم مسلمانان خواهان شرکت در امور سياسى شدند ولى به علت اکثريت هندوان آنان با نايب‌السطنه هند ملاقات کرده و خواستار حقوق انتخاباتى جداگانه براى مسلمانان شدند. انگليسى‌ها اين تقاضا را پذيرفتند. در دسامبر ۱۹۰۶ مسلمانان تشکيل حزب مسلم ليگ هند (All-India Muslim League) را در داکا اعلام کردند. اين حزب در آغاز مذهبى بود، بعدها سياسى شد و تحت رهبرى محمد على جناح قائد اعظم، استقلال پاکستان را به ارمغان آورد.


ايالت بنگال در اکتبر ۱۹۰۵ به‌دو بخش تقسيم شد و در بخش شرقى مسلمانان حائز اکثريت شدند ولى بعد تقسيم بنگال لغو تقسيم براى مسلمانان ناراحت کننده بود. از اين رو مسلم ليگ اساسنامهٔ خود را در سال ۱۹۱۳ تغيير داد و در اساسنامه جديد بر به وجود آوردن يک حکومت خود مختار مسلمانان تأکيد کرد. مسلمانان به مصالحه با هندى‌ها روى آوردند و در لکنهو در سال ۱۹۱۶ پيمان ميان آنان منعقد گرديد که طى آن هندوان حق انتخابات جداگانهٔ مسلمانان را پذيرفته بودند. آنان از دولت انگليس تقاضا کردند که طبق اين پيمان اصطلاحاتى در لوايح و قوانين اساسى کشور انجام دهد و در ايالت‌هائى که مسلمانان در اقليت هستند به تناسب جمعيت کرسى‌هائى براى آنان در نظر گرفته شود.


پس از جنگ جهانى اول مسلمانان شبه قاره در حمايت از عثمانى نهضت خلاقيت را به‌وجود آوردند. همزمان مهاتما گاندى مقاومت منفى را اعلام نمود و عده‌اى از مسلمانان به کشورهاى مسلمان نظير افغانستان هجرت کردند، ولى با تجزيه امپراتورى عثمانى نهضت خلاقيت نيز پايان يافت.


در سال ۱۹۲۷ کميسيون سايمون از طرف دولت انگليس اصطلاحات قانونى ديگرى در قانون اساسى شبه قاره به عمل آورد. محمد على جناح که در حزب مسلم ليگ بود تا سال ۱۹۳۰ در عضويت حزب کنگرهٔ ملى نيز بود ولى پس از اين سال به علت اعتقادات شديد گاندى براى احياى آيين هندو از آن حزب جدا شد.


نمايندگان مسلمان در سال ۱۹۲۹ در کنفرانس اسلامى سراسر هند جمع شدند. در اين کنفرانس محمد على جناح ۱۴ اصل معروف خود را به عنوان درخواست تمام مسلمانان شبه قاره مطرح ساخت و بر نمايندگى مسلمانان به تناسب جمعيت در استا‌ن‌هائى که مسلمانان در اقليت بودند و اختصاص داشتن حداقل يک سوم اعضاءِ دولت مرکزى به مسلمانان تأکيد نمود. چون پيشنهادات حزب کنگرهٔ ملى هند نيز از طرف دولت انگليس در زمينه اصطلاحات قانون اساسى پذيرفته نشده بود اين حزب نيز نهضت مقاومت منفى را از ژانويه ۱۹۳۰ مجدداً دنبال نمود.


در اجلاس ساليانه مسلم ليگ سراسر هند به رياست علامه محمد اقبال در اله‌آباد در دسامبر ۱۹۳۰ ضرورت تشکيل ميهن جداگانه براى مسلمانان شبه قاره اعلام شد. در مه ۱۹۳۰ گزارش کميسيون سايمون انتشار يافت و سه اجلاس براى بررسى آن تشکيل شد که در نتيجه در ۱۹۳۵ قانون اساسى جديدى براى شبه قاره موسوم به فرمان قانونى ۱۹۳۵ به تصويب رسيد. در سال ۱۹۳۳ چوهدرى رحمت علي، دانشجوى مسلمانى که در کمبريج تحصيل مى‌کرد، جزوه‌اى انتشار داد و براى نخستين بار ميهن مورد خواست مسلمانان را پاکستان ناميد. اين نام از حروف اول ايالت‌هاى پاکستان تشکيل شده بود: پ زا پنجاب، الف ايالت سرحد شمال غربى که مسلمانان آن را افغان مى‌ناميده‌اند، ک از کشمير، س از سند و تان از آخرين بلوچستان مى‌آمد. ولى برخى ديگر معتقدند اين کشور از اين جهت پاکستان ناميده شد که محل زندگى مسلمانان يا پاک‌ها است. (هندوها مسلمانان را نجس مى‌خواندند)


در انتخاب محلى سال ۱۹۳۶ حزب کنگره در ايالت‌هايى که اکثريت با غير مسلمان بود تقريباً همهٔ کرسى‌هاى نمايندگى را به‌خود اختصاص داد. تصميمات هندوان در زمينه حکومت از طرف انگليسى‌ها پذيرفته مى‌شد. از اين رو اقدامات در جهت تحکيم رام راج (Ram Raj) يا حکومت از طريق متعصبانهٔ هندوان انجام دادند. زبان هندى را جانشين زبان اردو کردند، برنامه‌هاى مدارس را مطابق نظر هندوان تدوين نمودند و سرودى مبنى بر نفرت از مسلمانان موسوم به بندى ماترم (Bande Mataram) يا سلام بر تو مادرم به عنوان سرود ملى متداول کردند. با شروع جنگ جهانى دوم در سال ۱۹۳۹ وزراى حزب کنگره در اعتراض به عدم مشورت با ايشان در مورد دخالت دولت انگليسى هند در جنگ استعفاء کردند. مسلمانان از اين کناره‌گيرى آنچنان شاد شدند که روزى را به نام روز رستگارى جشن گرفتند.


تحت تأثير تجربهٔ تلخ حکومت اکثريت هندو در ۲۳ مارس ۱۹۴۰ مسلمانان شبه قارهٔ هند و پاکستان در اجلاس تاريخى مسلم ليگ در لاهور قطع‌نامه پاکستان را به تصويب رساندند و خواهان استقلال مناطقى که جمعيت اکثريت آن مسلمان بود تشکيل يک کشور مسلمان شدند.


در اوت ۱۹۴۲ که احتمال حمله ژاپن به هند قوت گرفت، حزب کنگره از دولت انگليسى هند در خواست که انگليسى‌ها شبه قاره را ترک کنند و قدرت را به دست دولت‌هاى ايالتى بسپارند. انگليسى‌ها اين درخواست را قيام علنى هندى‌ها تلقى نموده و رهبران آنها را دستگير کردند. جناح معتقد بود اين خواستهٔ هندى‌ها دامن زدن به جنگ داخلى است و خواهان تجزيه شبه قاره و سپس خروج انگليسى‌ها بود. يکى از رهبران حزب کنگره به نام راج گوپال اچاريا (Raja Gopalacharia) در سال ۱۹۴۳ طرح خود را مبنى بر تجزيهٔ شبه قاره ارائه کرد. مذاکرات گاندى و جناح و کنفرانس سيملا در ۱۹۴۵ در مورد تقسيم ملى هند در ۱۹۴۵ حزب مسلم ليگ از طرف همهٔ مسلمانان حمايت شد و آراء قابل توجهى کسب نمود. انگليسى‌ها طرح خودشان را در مه ۱۹۴۶ اعلام کردند که در آن وحدت هند مورد تأکيد قرار گرفت.اراده امور خارجه، دفاع و ارتباط جمعى در دست دولت مرکزى باقى مى‌ماند و اختيارات ديگر به ايالت‌ها داده مى‌شد.مسلم ليگ و جزب کنگره اين طرح را پذيرفتند.به‌ دنبال برگزارى انتخابات در ژوئيه ۱۹۴۶ چون مسلم ليگ پيشنهاد نمايندگى در دولت موقت را رد کرده بود، آشوب‌ها و اختلافات شديدى ميان مسلمانان و هندوها ايجاد شد که در شبه قاره بى‌سابقه بود.براى آرام کردن اوضاع نايب‌السلطنه از مسلم ليگ خواست که در حکومت موقت شرکت نمايد و مسلم ليگ نيز پذيرفت.


دولت انگليس براى تشکيل نخستين اجلاسيهٔ مجلس مرکزى قانون‌گذارى نمايندگان حزب کنگره و مسلم ليگ را دعوت کرد ولى توافقى ميان دو حزب به‌وجود نيامد و در ۹ دسامبر ۱۹۴۶ مجلس بدون شرکت نمايندگان مسلم ليگ تشکيل شد. کشمکش ميان هندوان و مسلمانان در آغاز سال ۱۹۴۷ شدت يافت. لرداتلى نخست وزير انگليس در ۲۰ فوريه ۱۹۴۷ بيانيه‌اى صادر کرد و اعلام نمود که تا ژوئن ۱۹۴۸ قدرت به نمايندگان مسئول شبه قاره انتقال خواهد يافت. در مارس ۱۹۴۷ نايب السطنه جديد لرد مونت باتن (Mount Batten) وارد هند شد. اين طرح مورد قبول مسلم ليگ و حزب کنگره قرار گرفت. براساس اين طرح ايالت پنجاب و بنگال به دو بخش شرقى و غربى تقسيم شد. در ايالت‌هاى سند و بلوچستان و سرحد شمال‌غربى نيز مردم به انضمام به پاکستان راى دادند. با تصويب لايحهٔ اعطاى استقلال به شبه قاره هند در مجلس مقننهٔ انگليس در ژوئيه ۱۹۴۷ دولت‌هاى موقت بهارت (Bharat) يا جمهورى هند و پاکستان به‌وجود آمدند. محمدعلى جناح به عنوان نخستين فرماندارکل انتصابى دومينيون پاکستان در ۷ اوت ۱۹۴۷ از هند وارد کراچى شد. در ۱۱ اوت مجلس مؤسسان پاکستان تشکيل گرديد و کشور پاکستان در ۱۴ اوت ۱۹۴۷ به‌طور رسمى به‌وجود آمد.