از قرون اوليه هجرى مسلمانان از جمله ايرانيان در منطقه جنوب شرقى آسيا حضور داشته‌اند و بعضاً در نقاط مختلف آن سکنى گزيده‌اند. با حضور اين افراد که اغلب دريانورد و بازرگان بودند، به تدريج فرهنگ اسلامى و زبان و ادبيات فارسى در منطقه نفوذ پيدا کرد. در قرن پانزدهم ميلادى و در دوره سلطنت مالاکا با گرويدن حاکم آن به دين اسالم، اين دين در اين منطقه از نفوذ بيشترى برخوردار شد و شمار زيادى از مردم منطقه مسلمان شدند. بدين‌ترتيب، تا پيش از ورود استعمار غرب به اين منطقه تفاهم و قرابت فرهنگى بسيارى ميان دو کشور برقرار شد. روابط سياسى ميان ايران و مالزى به طور رسمى از سال ۱۳۴۵ شمسى برقرار شد. روابط سياسى ميان ايران و مالزى به طور رسمى از سال ۱۳۴۵ شمسى برقرار شد و در آن سال سفير ايران در بانکوک به عنوان سفير اکروديته در کوالالامپور تعيين گرديد. مالزى نيز پس از تأسيس سفارتخانه در تهران در سال ۱۳۴۶، اولين سفر خود را در سال ۱۳۴۹ به ايران اعزام نمود. در سال ۱۳۵۰ يک عهدنامه مودت ميان دو کشور به امضاء رسيد و اسناد آن در تهران مبادله شد. با تأسيس سفارت ايران در کوالالامپور در سال ۱۳۶۱ روابط سياسى دو کشور از تحرک بيشترى برخوردار شد.


پس از پيروزى انقلاب اسلامى در ايران، دولت مالزى تمايل خود را نسبت به گسترش روابط دوجانبه اظهار داشت. ايران نيز علاوه بر تأسيس سفارتخانه در مالزى با اعزام هيئت‌هائى به اين کشور به تشريح تحولات جديد و مواضع ايران پرداخت. مالزى از جمله کشورهائى بود که در تحريم اقتصادى بر عليه ايران شرکت نکرد. مالزى از آغاز جنگ تحميلى بى‌طرفى خود را اعلام کرد و تلاش خود را به ميانجيگرى ميان دو کشور جهت خاتمه جنگ معطوف نمود. اين کشور يکى از اعضاء کميته صلح سازمان کنفرانس اسلامى بود و تلاش داشت تا برخورد بى‌طرفانه‌اى را با دو کشور درگير جنگ داشته باشد.