مالزى از ابتداى روابط با ايران خواستار برقرار روابط اقتصادى بويژه در زمينه فروش کالاهاى صادراتى خود بوده است. پيشرفت سطح روابط تجارى به دليل وجود برخى از مشکلات، در ابتدا بسيار کند بوده است. در سفر وزير بازرگانى وقت ايران به مالزى در سال ۱۳۶۵ دو طرف توافق نمودند تا تجارت ميان دو کشور به صورت مستقيم و بدون واسطه انجام گيرد و مشکلات موجود برطرف شود. تحقق اين امر به تدريج و با سفر وزير دارائى مالزى به تهران در سال ۱۳۶۶ و سفر رئيس کل بانک مرکزى و وزير امور اقتصادى و دارائى ايران به مالزى در سال ۱۳۶۷ صورت گرفت. اکنون دو کشور قادرند به صورت مستقيم به تجارت متقابل کالاهاى مورد توافق بپردازند.



کالاهاى عمده صادراتى مالزى به ايران عبارت است از: روغن، نخل، قلع، کائوچو، لاستيک طبيعي، نارگيل و الوار. ايران نيز اقلام ذيل را به مالزى صادر مى‌نمايد: خشکبار، فرش، ميوه تازه: خاويار و محصولات دارويي. روابط تجارى ميان دو کشور به دليل نوپا بودن، هنوز به سطح مطلوب و مورد توافق نرسيده است و طرفين هنوز نسبت به ساختار اقتصادى و عوامل فعال در تجارت خارجى و نيز کالاهاى صادراتى و بازارهاى يکديگر به شناخت کاملى نرسيده‌اند.


مهمترين تحولات در روابط دو کشور عبارت‌اند از:


- امضاء موافقت‌نامه تجارى بين دو کشور


- امضاء موافقت‌نامه فرهنگى و علمى بين دو کشور


- امضاء موافقت‌نامه اجتناب از اخذ ماليات مضاعف


- امضاء تفاهم‌نامه ترتيبات بانکي


- تأسيس دفاتر خبرگذارى و صدا و سيماى ايران در مالزي


- برقرارى خط پرواز مستقيم بين تهران و کوالالامپور توسط ايران‌اير


- برگزارى چندين نمايشگاه فرهنگى - اقتصادى اختصاصى از سوى ايران در مالزي


- امضاء تفاهم‌نامه دوستى و خواهرخواندگى بين شهرهاى اصفهان و کوالالامپور


- برگزارى چهار دوره اجلاس کميسيون مشترک بين دو کشور


اولين اجلاس کميسيون مشترک بين دو کشور در سال ۱۳۷۵ درتهران برگزار شد. يادداشت تفاهم امضاء شده در چهارمين اجلاس کميسيون مشترک دو کشور به ۱۲ بخش عمده تقسيم شده است که شامل بازرگانى دوجانبه، همکارى در زمينه سرمايه‌گذاري، همکارى در زمينه کشاورزي، همکارى‌هاى فني، همکارى در زمينه انرژي، مخابرات و پست، همکارى در زمينه کشاورزي، همکارى‌هاى فني، همکارى در زمينه حمل و نقل، همکارى در زمينه فرهنگ و جهانگردى و ورزش، همکارى در زمينه علوم و فن‌آوري، همکارى در زمينه نفت و گاز و ساير موضوعات مى‌باشد که ذيلاً مورد بررسى قرار گرفته‌اند.