اندونزى پس زا کسب کامل استقلال، در ۲۸ سپتامبر ۱۹۵۰ به سازمان ملل پيوست ولى در دوره سوکارنو در اعتراض به واگذارى يکى از کرسى‌هاى غير دائم سوراى امنيت مالزى در ژانويه ۱۹۶۵ از اين سازمان خارج شد. سپس در اوت ۱۹۶۶ و در دوره نظم جديد سوهارتو مجدداً به اين سازمان پيوست. اندونزى اکنون عضو غير دائم شوراى امنيت سازمان و ملل نيز مى‌باشد، اين کشور همچنين در بيشتر ارگان‌هاى وابسته به سازمان ملل عضو مى‌باشد. مثل کميسون اقتصادى و اجتماعى براى آسيا و پاسيفيک (ESCAP)، سازمان خوار و بار و کشاورزي (FAO)، سازمان بين‌المللى کار(ILO)، سازمان فرهنگى و علمى و آموزشى ملل متحد (UNESCO).



اندونزى همچنين عضو سازمان‌ها و مجامع ذيل مى‌باشد : جنبش عدم تعهد (از جمله بنيان‌گذاران)، سازمان کنفرانس اسلامي، اوپک، گروه ۱۵ (جنوب)، گروه ۷۷، بانک توسعه آسيا،بانک جهاني، صندوق بين‌المللى پول، بانک توسعه اسلامي، اتحاديه ملل جنوب شرقى آسيا يا آسه‌آن (امنون داراى ۷ عضو: اندونزي، مالزي، فيليپين، تايلند، سنگاپور، بروئنى دارالسلام و ويتنام)، همکارى اقتصادى آسيا - پاسيفيک يا آپک (تشکيل ۱۹۸۹ اکنون داراى ۱۸ عضو: اندونزي، مالزي، فيليپين، تايلند، سنگاپور، بروئنى دارالسلام، آمريکا، کانادا، استراليا، زلاندنو، ژاپن، کره جنوبي، تايان، هنگ‌کنگ، مکزيک، شيلي، و گينه جديد پاپوا).


در اين ميان اندونزى اهميت زيادى براى تقويت آسه‌آن و جتبش عدم تعهد قائل است. اندونزى در دوره ۹۵-۱۹۹۲ رياست جنبش عدم تعهد را بر عهده داشت و ميزبان دهمين اجلاس سران جنبش بود. دومين اجلاس غير رسمى آپک نيز نوامبر ۹۴ در بوگور اندونزى برگزار شد.