تجار مسلمان از قرون اوليه هجرى به اين مجمع‌الجزاير آمد و رفت داشته‌اند و بعضاً در اين نواحى سکونت گزيده و از طريق ازدواج و برقرارى پيوندهاى خويشاوندى و نيز ارتباط با دربارهاى محلى، به موقعيت‌هاى مهمى در شهرهاى بندرى اين مجمع‌الجزاير نائل شده بودند. با اين حال از حدود قرن سيزدهم ميلادى روند گسترش اسلام در اندونزى آغاز شد و حکومت‌هاى اسلامى متعددى در جزاير مختلف اين ديار تشکيل گرديد. به اعتقاد پژوهشگران دو عامل مهم گسترش اسلام در اندونزى عبارت بوده است از تجارت بين‌المللى دريائى (ارتباط تجار مسلمان عرب، ايرانى و هندى با مردم اندونزي) و تصوف اسلامى (انتشار آراء متصوفه توسط صوفيان مهاجر به اين نواحي). اسلام ابتدا در مناطق ساحلى اين مجمع‌الجزاير پا گرفت و سپس به سوى نقاط داخلى آن گسترش يافت و به‌تدريج موجب تغيير مذهب مردم و دربارهاى هندو - بودائى شد.


ورود اسلام به مجمع‌الجزاير اندونزى اساساً فرآيندى مسالمت‌آميز داشت ولى نحوه گسترش آن در خود اين مجمع‌الجزاير بعضاً همراه با جنگ‌ها و برخوردهائى بود که در آنها انگيزه‌هاى قومى - تباري، اقتصادى و سوق‌الجيشي، در کنار عنصر اسلاميت، وجود داشته است پادشاهى دمادک در شمال جاوه نخستين حکومت اسلامى اين مجمع‌الجزاير بود که پس ازقدرت گرفتن در هر دو سوى شرق و غرب پيشروى کرد و امپراتورى قدرتمند ماجاپاهيت را شکست داد (۱۴۷۸ ميلادي). سپس اسلام در شرق اندونزى تا سولاوسى و ملوک پيشروى کرد و نيز بخش‌هاى مهمى از برونئو و سوماترا را در برگرفت. ‌آچه در قرون شانزده و هفده ميلادى يکى از مقتدرترين حکومت‌هاى منطقه و مهد ترويج علوم اسلامى و تصوف بوده است. حمزه فنصوري، شمس‌الدين و عبدالرئوف نام سه تن از صوفيان معروف دربار آچه است که آثار مهمى را در زمينه فقه شافعى و تصوف از خود به يادگار گذاشته‌اند.


با گسترش اسلام در جاوه اشراف و دانشمندان هندو به جزاير بالى و لومبوک مهاجرت کردند، به گونه‌اى که امروز نيز بيش از ۹۰ درصد سکنه جزيره بالى پيرو آئين هندو هستند.


بايد يادآور شد که روند گسترش اسلام در مجمع‌الجزاير اندونزى، با ورود استعمارگران خارجى با دشوارى‌هاى مهمى روبه‌رو شد و دسته‌بندى‌هاى مختلفى بين حکومت‌هاى محلى، پديد آمد.