دکتر فرانيو توجمان (Franjov Tudjman) که در سال‌هاى ۱۹۷۲ و ۱۹۸۱ زندانى شده بود، در سال ۱۹۹۰ اتحاد دموکراتيک کرواسى را تشکيل داد. اين اتحاد به سرعت به‌صورت يک حزب عمده در مقابل حزب حاکم که نام خود را به اتحاديه کمونيست‌هاى حزب کروات اصلاح دموکراتيک تغبير داده بود، درآمد. کمونيست‌ها يک نظام رأى‌گيرى اکثريت براى انتخابات چندحزبى در مجلس جمهورى در آوريل - مى ۱۹۹۰ را ارائه دادند. توجمان با حمايت از تفکر کرواسى بزرگ - شامل بوسنى و هرزگوين- به‌عنوان يک ملى‌گرا به مبارزه پرداخت و موجب جنجال شد. فعاليت‌هاى توجمان نگرانى قابل ملاحظه‌اى در ميان صرب‌ها به‌وجود آورد و تظاهراتى در اعتراض عليه اتحاد دموکراتيک کرواسى برپا نمودند و اتهاماتى نسبت به تلاش کروات‌ها براى تجديد حيات اوستاشه به او زدند. در ماه مارس تلاش براى سوء قصد به توجمان به‌عمل آمد که تنش‌هاى قومى را دامن زد.


در انتخابات مجمع جمهورى سه‌گانه سابور (Sabor) که در ۲۴ آوريل و روزهاى ۶ و ۷ ماه مى ۱۹۹۰ انجام گرفت، توجمان پيروز شد. اتحاد دموکراتيک کرواسى ۵۴ کرسى از ۸۰ کرسى اطاق اجتماعى - سياسي، ۶۸ کرسى از ۱۱۵ کرسى اطاق شهردارى‌ها، و ۸۳ کرسى از ۱۵۶ کرسى اطاق کار و در مجموع ۲۰۵ کرسى را کسب نمود. حزب بزرگ بعدي، اتحاديه کمونيست‌هاى حزب کرواسى اصلاح دموکراتيک کلاً ۷۳ کرسى به‌دست آورد. بدين ترتيب توجمان به‌عنوان رئيس جمهورى کرواسى انتخاب شد، ولى نواحى صرب‌نشين (کرانيا - Krajina) - سرزمين‌هاى مرزى - در طول مرز با بوسنى و هرزگوين، جائى که خاندان هابسبورگ صرب‌هاى بسيارى را سکنى داده بودند) که با ملى‌گرائى توجمان و انتخاب پرچم جديد براى جمهورى (شبيه طرح علامت اوستاشه) و لباس جديد پليس (که شباهتى به يونيفورم قديمى اوستاشه داشت)، احساس بيگانگى مى‌کردند. صرب‌هاى کرواسى شوراى ملى صرب در کنين (Knin) را در ژوئيه ۱۹۹۰ تشکيل داده و يک همه‌پرسى در مورد خودمختارى را سازمان دادند. عليرغم تلاش‌هاى مقامات کرواسى براى ممنوعيت برگزاري، اين رفراندوم همراه با آشوب در بعضى نواحي، در اواخر ماه اوت و اوايل ماه سپتامبر برگزار شد. نتيجه اين رفراندوم حمايت از پيشنهاد خودمختارى صرب‌ها بود. تا ماه دسامبر نواحى صرب‌نشين اعلاميه خودمختارى را صادر کردند در حالى که خود کرواسى نيز از عضويت در حکومت فدرال يوگسلاوى بيشتر کنار مى‌کشيد. در اکتبر ۱۹۹۱، سه منطقه خودمختار صرب در کرواسى استقرار يافت.


در اين ميان، دولت کرواسى درصدد بود تا ساختار قدرت کمونيست را از جمهورى سوسياليست کرواسى در سال ۱۹۹۰ به جمهورى کرواسى تغيير دهد. لذا مجلس به برکنارى دکتر استيپه شووار (Stipe Suvar) عضو جمهورى‌خواه از مقام رياست دولت فدرال رأى داد و استيپه مسيچ (Stipe Mesic) را که رئيس دولت وقت کرواسى بود، جايگزين وى کرد. مجلس قانون اساسى جديد جمهورى که حاکميت کرواسي، تسلط بر نيروهاى مسلح و جدائى از فدراسيون را اعلام مى‌کرد، تصويب نمود. اختلافات در ژانويه ۱۹۹۱ در دولت فدرال، در رابطه با خلع سلاح همه گروه‌هاى شبه نظامى بالا گرفت. وزير دفاع کروات در آن زمان به طرح‌ريزى شورش مسلحانه متهم شده بود. دولت کروات گفتگوها درباره آينده فدراسيون را تحريم نمود. کرواسى درباره آينده يوگسلاوي، به يک فدراسيون ضعيف‌تر علاقه نشان داد و مانند اسلوونى هشدار داد در صورتى‌که توافقى صورت نگيرد تا نيمه سال ۱۹۹۱ به عضويت خود در فدراسيون خاتمه خواهد داد. گارد ملى کرواسى در ماه آوريل تشکيل شد و جايگزين ارتش خلق يوگسلاوى (Jugoslavenska Narodna Armija) گرديد. در ۱۹ ماه مى نزديک به ۹۴ درصد شرکت‌کنندگان در همه‌پرسى در کرواسى خواهان تغيير جمهورى به يک هويت حاکم و احتمالاً در داخل يک يوگسلاوى کنفدرال شدند، و ۹۲ درصد مردم يوگسلاوى فدرال را رد کردند. نزديک به ۸۴ درصد واجدين شرايط در اين رفراندوم که به‌طور کلى توسط صرب‌ها تحريم شده بود، شرکت کردند.


کرواسى و اسلوونى روز ۲۵ ژوئن ۱۹۹۱ استقلال خود را اعلام کردند و جدائى خود را از فدراسيون يوگسلاوى آغاز نمودند، انتخابات رياست جمهورى و قوه مقننه به موجب قانون‌اساسى جديد که در دسامبر ۱۹۹۰ تصويب شده بود در روز ۲ اوت ۱۹۹۲ برگزار شد. قانون‌اساسى جديد دو مجلس قانونگذارى متشکل از مجلس نمايندگان و مجلس شهردارى‌ها را پيش‌بينى مى‌کرد. با اينکه بسيارى از افراد کروات که در نواحى صرب به‌سر مى‌بردند، نتوانستند رأى دهند تعداد رأى دهندگان زياد بود زيرا حق رأى دادن به همه کروات‌هاى ساکن بوسنى و هرزگوين و به هر آن کس که داراى پدر کروات بود يا قصد داشت تقاضاى تابعيت کرواسى کند، اعطاء شده بود. در اين انتخابات ۸ نامزد رياست جمهورى و ۳۷ حزب سياسى شرکت داشتند. توجمان بار ديگر با کسب ۵۶ درصد آراء و بيش از دو برابر نزديکترين رقيب خود، به رياست جمهورى برگزيده شد. دراژن بوديشا (Derazen Budisa) از حزب ليبرال - سوسيال کرواسى نزديکترين رقيب وى بود. حزب حاکم اتحاد دموکراتيک کرواسى همچنين با به‌دست آوردن ۸۵ کرسى از ۱۳۸ کرسى اکثريت مطلق مجلس نمايندگان را به خود اختصاص داد و به‌دنبال آن دولت جديد به رياست هرويه شارينيچ (Hroje Sarinic) که تا آن زمان رئيس دفتر رياست جمهورى بود تعيين گرديد.