فروپاشى يوگسلاوى سابق و آٰغاز تهديدات صربستان عليه ساير جمهورى‌ها از جمله اسلوونى و کرواسي، عامل مهمى در نزديکى اين دو جمهورى به يکديگر در سال‌هاى نخست استقلال بود، به‌نحوى که وجود دشمن مشترک صرب باعث گرديد تا دو جمهورى اسلوونى و کرواسى اختلافات بالقوه فى‌مابين را به‌طور مقطعى مسکوت گذارند. ليکن به‌تدريج با کمرنگ شدن خطر صربستان براى اسلوونى که از امتياز نداشتن مرز مشترک با صربستان و همچنين جمعيتى يک‌دست برخوردار بود، زمينه‌هاى بروز مشکلات در روابط دو جمهورى به‌ويژه در رابطه با تعيين حدود مرزى نمايان گشت.


طى چند سال اخير کرواسى و اسلوونى اگرچه در زمينه اقتصادى روابط خود را بنابر ضرورت در سطح بسيار خوبى حفظ کرده‌اند، مع‌الوصف رقابت در جلب هرچه بيشتر توجهات غرب و همچنين تلاش مصرانه اسلوونى در دستيابى بلاواسطه به آدرياتيک و آب‌هاى آزاد موجب گرديده تا روابط سياسى اين دو کشور دستخوش افت و خيزهاى بسيار گردد.اسلوونى که بنا به دلايل عديده‌اى از جمله توانائى‌هاى بالاى اقتصادى و دورمانده از آتش جنگ‌گوى سبقت را در ورود به دنياى غرب از ساير رقباء خود ربوده است، سعى دارد تا علاوه بر تقويت هر چه بيشتر ارتباطات خود با اروپا در زمينه حمل و نقل بلاواسطه به دريا است به‌نحوى که کشتى‌هايش در هنگام ورود و خروج به خليج پيران ملزم به اخذ مجوز از کشورهاى کرواسى يا ايتاليا نباشند.


اين امر زمينه بروز اختلافات مرزى بين دو جمهورى که سابقه تاريخى نيز دارد را فراهم نموده و موجب گفتگوهاى متعددى بين مقامات دو کشور و بعضاً مشاجرات تندى بين مجلس آنها طى دو سال اخير شده است. عمده‌ترين اختلافات کرواسى و اسلوونى را مى‌توان به شرح ذيل ذکر نمود:

اختلافات ارضى

اسلوونى در مورد ترسيم خط مرزى دريائى در ناحيه خليج پيران (Piran) با کرواسى اختلاف دارد، زيرا با تثبيت اين خط مرزي، کشتى‌هاى اسلوونى جهت ورود به درياى آدرياتيک مى‌بايست از آب‌هاى سرزمين کرواسى عبور نمايند. مسئله اصلى در اين رابطه اين است که رودخانه ميرنا (Mirna) در شمال کرواسى از ديرباز تنها مرز بين کرواسى و اسلوونى بوده است و چنانچه بستر فعلى رودخانه مذکور به‌عنوان مرز آبى اسلوونى و کرواسى پذيرفته شود، در واقع روزنه خروج اسلوونى به آب‌هاى بين‌المللى مسدود خواهد گرديد. بنابراين اسلوونى خواستار مرز مشترکى است که دسترسى به اين کشور به آب‌هاى بين‌المللى را ميسر سازد. در اين رهگذر نيز تاکنون دست به اقدامات عديده‌اى زده است. جديدترين اقدام اسلوونى که شديداً مورد اعتراض مقامات و محافل سياسى و اجتماعى کرواسى قرار گرفت، تصويب اعلاميه‌اى توسط پارلمان اسلوونى بود که بر چهار روستاى موجود در ساحل جنوبى رودخانه دراگوينا (Dragovina) ادعاى مالکيت نمود. زاگرب در مقابل، ضمن رد ادعاهاى ارضى اسلوني، اعلام نموده که اين جمهورى بايد تپه وسيع اسوتاگورا (Svetagora) واقع در شمال غربى زاگرب و پادگان نظامى موجود در اين منطقه که در سال ۱۹۹۱ توسط نيروهاى اسلوونى اشغال گرديد را به کرواسى بازگرداند.

اختلافات مالى

دولت اسلوونى سپرده‌هاى کرواسى در بانک لوبليانا (بزرگترين بانک اسلووني) را مسدود نموده است. کرواسى تأکيد دارد که بانک لوبليانا حدود ۳۴۰ ميليون مارک به سپرده‌گذاران کرواسى بدهکار است و مى‌بايست اين مبلغ را در اسرع وقت مسترد نمايد. اسلوونى تعهدات خود را در قبال سپرده‌گذاران کروات انکار نکرده اما انجام تعهد مزبور را موکول به حل همه‌جانبه مشکلات مالى جمهورى‌هاى يوگسلاوى سابق نموده است.

اختلافات در مورد استفاده از نيروگاه هسته‌اى کرشکو (Krsko)

نيروگاه هسته‌اى کرشکو که در خاک اسلوونى و در ۶۰ کيلومترى شمال غربى زاگرب واقع شده است، در سال ۱۹۸۰ ساخته و تحت مالکيت مشترک اسلوونى و کرواسى است. نيمى از برق توليدى اين نيروگاه متعلق به کرواسى است ليکن دولت کرواسى که با مشکلات مالى ناشى از جنگ روبه‌رو است، از پرداخت بدهى خود به نيروگاه مزبور معادل ۳ ميليون دلار امتناع نموده و در نتيجه دولت اسلوونى نيز مشکلاتى را در مورد استفاده کرواسى از اين نيروگاه فراهم آورده است. طى يک سال اخير نخست وزيران و ساير مقامات دو جمهورى مذاکرات متعددى را جهت رفع اختلافات فى‌مابين به‌عمل آورده‌اند ليکن تاکنون توفيق محسوسى حاصل نشده است. عمده‌ترين علت اين امر نيز، اختلاف مرزى است که به منافع ملى هر دو کشور مرتبط است و هيچ يک حاضر به مصالحه در مورد آن نيستند.