پس از پذيرش قطعنامه ۵۹۸ از سوى جمهورى اسلامى ايران و ايجاد آتش‌بس در جبهه‌هاى جنگ ايران و عراق وضعيت روابط ميان دو کشور ايران و بحرين دچار تحول گرديد.


روابط سياسى ايران با کشورهاى عضو شوراى همکارى خليج‌فارس، از جمله بحرين، روبه‌بهبودى نهاد و در جهت گسترش روابط سياسى و اقتصادى گام‌هاى مثبتى برداشته شد؛ با اين حال همواره اين بهبود روابط، حالتى ناپايدار و سست داشت.


پس از ملاقات‌هاى مختلف ميان مسئولين دو کشور، در تاريخ ۱۸/۱۰/۱۳۶۹ روابط دو کشور به سطح سفير ارتقاء يافت و اولين سفير جمهورى اسلامى ايران، استوارنامهٔ خود را به وليعهد و جانشين امير بحرين تقديم کرد. از اين رو خلال ۱۳۶۹، روابط فيمابين قدرى جدى‌تر و با اقدامات عملى توأم گرديد. در اين سال‌ مى‌توان به سفر قائم مقام وزارت امور خارجه جهت تسليم پيام رياست‌جمهور محتوم کشورمان به امير بحرين در ۸/۲/۱۳۶۹ اشاره کرد. همچنين جناب آقاى ولايتى ۲ بار در تاريخ‌هاى ۸/۲/۱۳۶۹ و ۸/۹/۱۳۶۹ به بحرين سفر کرد و وزير امور خارجهٔ بحرين (شيخ محمد بن مبارک) در ۹/۸/۱۳۶۹ ديدارى از ايران داشت.


با پايان جنگ خليج‌فارس در اواخر ۱۳۶۹ و شکست عراق و مشخص شدن ماهيت توسعه طلب اين رژيم، مجموعهٔ کشورهاى حاشيه‌ٔ جنوبى خليج‌فارس به گسترش روابط خود با ايران پرداختند. در اين راستا، بهبود روابط ايران و بحرين نتايج ذيل را به‌دنبال داشت:


- تبعيديان، طلاب و علماى شيعه بحرينى که در قم مشغول به تحصيل بودند، امکان مراجعت به کشور خود را يافتند.


- سالانه بين ۲۰ الى ۲۵ هزار نفر از اتباع اين کشور فرصت ديدار از جمهورى اسلامى - ايران را پيدا کردند.


- مساجد و حسينيه‌هاى شيعيان زمينه‌هاى فعاليت بيشترى پيدا کرد.


- ممنوعيت و محدوديت کتاب‌هاى کمتر شد و ناشرين ايرانى امکان مشارکت در نمايشگاه‌ بين‌المللى در بحرين را يافتند.


- علماء و روحانيون قادر به برگزارى اجتماعات و سخنرانى‌هاى سياسي، حتى در جانبدارى از جمهورى اسلامى ايران شدند.