هنگامى که تيرهٔ آل خليفه از قبيلهٔ بنى‌عتيه از اعراب به زباره وارد شد، تاريخ‌ سياسى بحرين، دوران تازه‌اى را آغاز کرد. آل خليفه همراه با آل‌صباح و آل‌جلاهمه از بيابان‌هاى نجد مهاجرت کردند و حدود سال ۱۷۱۰ در قرين (کويت‌کنوني) فرود آمدند. پنجاه سال پس از آن تاريخ، آل خليفه به رهبرى شيخ‌خليفه بن‌ محمد در انديشهٔ مهاجرت به سوى جنوب خاورى بود.


آل خليفه به يارى آل جلاهمه در ۱۷۶۵ وارد زباره شد و ديرى نگذشت که خيال سرورى بر زباره و بحرين را در گرفت. شيخ‌نصرخان تصميم گرفت ضمن تنبيه بنى‌حواله، آل خليفه را نيز برجاى خود نشاند. وى زباره را به محاصره درآورد ولى شکست سختى را تحمّل کرد. حکمران شکست خورده نامه‌اى به فرزندش در بحرين دريائى (شهر منامه) فرستاد و از او خواست در برابر ياغيان و مهاجمان ايستادگى کند تا وى با نيروى تازه‌اى از بوشهر به يارى وى بشتابد.


زورقى که نامهٔ شيخ‌نصرخان را در دريا حمل مى‌کرد، اسير نيروهائى شد که آل صباح کويت به يارى عموزادگان خود - آل خليفه - فرستاده بود. با آگاهى از محتواى نامه، نيروهاى آل خليفه و ياران کويتى و زباره‌اى تصميم گرفتند از فرصت استفاده کنند و تا بازگشت شيخ‌نصرخان، کار بحرين را يکسره سازند. شيخ‌نصرخان هنگامى با نيروهاى تازه نفس به بحرين رسيد که کار از کار گذشته و جزاير بحرين در دست آل خليفه بود. وى در انديشهٔ تدارک نيروى بزرگ‌ترى بود ک کريم خان‌زند در گذشت و کار بحرين نيمه تمام ماند. بدين ترتيب، بحرين در ۱۷۸۳، هنگام اقتدار کريم‌خان‌زند در فارس، به‌دست آل‌خليفه افتاد و حکومت مستقيم ايران بر اين جزاير يک بار ديگر متوقّف شد.


پيروز مجتهدزاده، نگاهى به يک مثلث ژئوپلتيک در خليج‌فارس، ماهنامهٔ اطلاعات سياسى - اقتصادي، س ۷، ش ۷۲ - ۷۱، ۱۳۷۲.


آل خليفه از همان زمان دچار دست اندازى‌ها و هجوم نيروهاى گوناگون شد. وهابيان، مسقطيان، ترکان عثمانى و سرانجام انگليسى‌ها، هر يک در چند نوبت کوشيدند تا بحرين را ضميمهٔ قلمرو خويش سازند. هر بار که چنين مى‌شد، آل خليفه سعى مى‌کرد از راه وابسته جلوه دادن خود به ايران دفع شرّ بيگانگان کند.


هنگامى‌که در دههٔ ۱۸۳۰ محمد على پاشاى مصرى از سوى امپراطور عثماني، شبه جزيرهٔ عربستان را از چنگ وهابيان بيرون آورد و آمادهٔ حمله به بحرين شد، نامه‌اى به مردم بحرين نوشت و از آنان خواست اگر تابع دولت ايران هستند، اين تابعيت را نمايان سازند، در غير اين صورت از او (محمد على پادشاه) تابعيت کنند. شيخ‌عبدا... آل خليفه در پاسخ به خديو مصر، ادعاى تابعيت دولت ايران را رد کرد.


در حالى‌که در ۱۸۶۰ زمانى‌که انگليسى‌ها مى‌کوشيدند بر بحرين، چيره‌ شوند، شيخ محمد بن خليفه نامه‌اى به ناصرالدين‌شاه قاجار نوشت و خود و برادر و همهٔ آل خليفه و مردم بحرين را اتباع دولت ايران معرفى کرد. طى نامهٔ ديگرى به وزير امور خارجه ايران، شيخ‌محمد از دولت ايران خواست که در برابر فشار انگليسى‌ها، مستقيماً وى را راهنمائى و پيشنهاد کنند. بعدها که فشار سرهنگ لويس پلى (Colonel Sir Lewis Pelly) بر آل‌خليفه فزونى يافت، شيخ‌محمد از ايران تقاضاى يارى نظامى کرد ولى دولت ايران ياراى آن‌را نيافت که از بحرين در برابر انگليسى‌ها حمايت کند. حکومت هند انگلستان سرانجام چيره شد و سرهنگ پلى در مه ۱۸۶۱ قراردادى با شيخ محمد و سپس با برادر وي، شيخ‌علي، امضاء کرد که به‌ موجب آن بحرين زير نظر انگليسى‌ها قرار گرفت.


هنگامى‌که نيروهاى انگليسى‌ بر بحرين تاختند، متوجه شدند که شيخ محمد بن خليفه نه تنها پرچم ايران، بلکه پرچم عثمانى را نيز بر برج و باروهاى بحرين افزايش است. نمايندگان انگلستان در ۱۸۶۸ قرارداد ديگرى با حکام آل‌خليفه در بحرين امضاء کردند که به‌ موجب آن بحرين به جمع تحت‌الحمايگان انگلستان در خليج‌فارس پيوست. تحت‌الحمايگى بحرين با امضاء قراردادهاى ديگرى در ۱۸۸۰ و ۱۸۹۲ کامل شد. به اين ترتيب، بحرين که در ۱۷۸۳ ظاهراً از ايران جدا شده بود ولى اسماً تابعيت را قرار مى‌کرد، ميان سال‌هاى ۱۸۶۸ و ۱۸۸۰، اسماً از ايران جدا شد.