پژوهشگاه حوزه و دانشگاه در سال ١٣٦١ با نام دفتر همكاری حوزه و دانشگاه به منظور اجرای طرح مقدماتی بازسازی علوم انسانی تأسیس شد. این طرح در پی درخواست ستاد انقلاب فرهنگی از امام خمینی‌(ره‌) و ارجاع ستاد از سوی ایشان به جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، توسط جامعه تهیه و پس از تصویب ستاد انقلاب فرهنگی، به تأیید امام راحل رسید.