هدف موسسه انجام تحقیقات علمی –كاربردی پیرامون موضوعات مرتبط با آبزیان و محیط زیست آنان جهت حفاظت و بازسازی ذخایر و بهره برداری پایدار شیلات ایران از منابع زنده موجود در آبهای موضوع ماده 3 اساسنامه شركت سهامی شیلات ایران مصوب 16/11/1364 هیات وزیران و موضوع ماده 2 قانون حفاظت و بهره بردای از منابع آبزی جمهوری اسلامی ایران مصوب 14/6/74 مجلس شورای اسلامی می باشد.