صندوق حمایت از پژوهشگران کشور یک نهاد دولتی و حقوقی مستقل می باشد که بصورت هیات امنای اداره شده و محل آن در نهاد ریاست جمهوری است. سرمایه صندوق از محل کمک های دولتی، تسهیلات سیستم بانکی و سرمایه گذاری های وجوه مازاد صندوق، دریافت کمک و هدایای اشخاص حقیقی و حقوقی تامین می شود. رئیس صندوق بالاترین مقام اجرایی صندوق است که پس از تصویب هیات امناء و با حکم رئیس هیات امناء برای مدت ۴ سال منصوب می شود. ریاست فعلی صندوق را جناب آقای دکتر محمد فرهادی بر عهده دارند.