دبیرستان مفید در ابتدا در قالب مدرسه راهنمایی مفید در سال 53 زیر نظر شرکت "مفاد" که زیر مجموعه مکتب امیرالمؤمنین(ع) بود و مؤسسین آن آیت الله موسوی اردبیلی و مرحوم شهید دکتر باهنر و تعدادی از افراد خیر بودند، در نزدیکی دانشگاه تهران تأسیس شد و شروع به کار نمود. در سال 56 دبیرستان مفید در ساختمانی مجاور مسجد امیرالمؤمنین در خیابان نصرت (نرسیده به خیابان کارگر شمالی) تأسیس شد و اولین دوره از دانش آموزان خود را ثبت نام کرد. این مجموعه در آبان ماه سال 57 به محل فعلی دبیرستان (خیابان زنجان شمالی) انتقال یافت. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی شرکت "مفاد" منحل شده و دبیرستان زیر نظر مکتب امیرالمؤمنین(ع) ادامه کارداد.