نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها حسب عنایت و دستور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله‌ العالی) با هدفی متعالی و در راستای ایجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدایت الهی و در راستای تبیین ارزشهای اسلامی و تعمیق آگاهیهای دینی و اعتقادی دانشجویان و دانشگاهیان و بر اساس مصوبة نهایی اسفندماه سال 1372 شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ایجاد سازمانی جدید برای تحقق منویات معظم‌ له، بر اساس اهداف و وظایف معین تشكیل گردید كه در كلیة دانشگاهها و مراكز آموزش عالی به انجام وظایف مصرح در اساسنامه می‌پردازد.