وظايف عمده اين معاونت عبارتند از:
- برنامه‌ريزى و نظارت بر امور مدارس غيرانتفاعى
- نظارت بر اجراء قانون تشکيل شوراهاى آموزش و پرورش استان‌ها و مناطق کشور
- نظارت بر امور مربوط به مدارس شاهد و ايثارگران.
اداره کل و دفتر زير نظر اين معاونت عبارتند از:
- اداره کل مدارس غيرانتفاعى
- اداره کل شاهد
- دفتر هماهنگى شوراهاى مناطق
- اداره کل ايثارگران.