پس از انقلاب اسلامي، ابتدا در تشکيلات ادارى وزارت آموزش و پرورش تغييراتى به‌عمل آمد؛ از تعداد معاونان وزير کاسته شد، بعضى از دفاتر و ادارات کل ستادى درهم ادغام و بعضى ديگر حذف شدند و در شرح وظايف تعدادى از دفاتر نيز تجديدنظر به‌عمل آمد.
نمودار زير تشکيلات وزارت آموزش و پرورش را در سال ۱۳۵۸ نشان مى‌دهد. در اين تشکيلات براى وزير پنج معاون با عنوان‌هاى معاون پژوهش و برنامه‌ريزي، معاون امور آموزشي، معاون آموزش فنى و حرفه‌اي، معاون امور اجتماعى و پرورشى و معاون امور ادارى و مالى پيش‌بينى شده است.
از سال ۱۳۵۸ به‌بعد نيز در تشکيلات ادارى اين وزارتخانه تغييرات بسيارى ديده مى‌شود. تعداد معاونان وزير و سازمان‌هاى وابسته و ادارات کل ستادى افزايش يافته و براى هماهنگى در امور استان‌ها، امور تربيتي، تأمين و تربيت نيروى انسانى و معاونت امور جنگ در تشکيلات اين وزارتخانه درنظر گرفته شده است. هم‌چنين تعداد مناطق آموزشى افزايش يافته و تشکيلات ادارى در سطح استان‌ها، شهرستان‌ها و بخش‌ها گسترده‌تر شده است. به‌علاوه در وظايف وزارت آموزش و پرورش تجديدنظرهائى صورت گرفته و قانونى با نام قانون اهداف و وظايف آموزش و پرورش به تصويب مجلس شوراى اسلامى رسيده است.