گروهى از افغان‌ها بعد از سرنگونى حکومت صفوي، همواره در گوشه و کنار کشور براى مردم و مأموران دولتى مزاحمت‌هائى ايجاد مى‌کردند و هرگاه فرصتى دست مى‌داد از هيچ نوع سختگيرى و چپاول روگردان نبودند و هميشه مى‌کوشيدند تا در ميان حکومت‌هاى محلى تفرقه ايجاد کنند (کريم‌خان زند و زمان او: ۷۷).
در طى دوره دوازده ساله پس از قتل نادر همواره احتمال خطرآفرينى گروه‌هاى افغان وجود داشت؛ چون افغان‌هائى که در سپاه نادر بودند پس از قتل وى در همه ايالات پراکنده شدند. عده‌اى از آنان به احمدشاه ابدالى و عده‌اى ديگر به گروه‌هاى راهزن و قطاع‌الطريقى که بعدها موفق به تشکيل حکومت‌هاى محلى ناپايدار در ايران شدند پيوستند. برجسته‌ترين اين گردنکشان آزادخان افغان بود. پس از شکست افغان‌ها جمعى به محمد‌حسن‌خان قاجار پيوستند و پس از قتل وي، گروه زيادى از آنان به خدمت کريم‌خان درآمدند (پري، جان؛ کريم‌خان‌زند، ص ۱۱۹).
ابوالحسن غفاري، مؤلف گلشن مراد، مى‌نويسد: جمعى از سرکردگان افاغنه، که با جمعيت خود بعد از مقدمه شيراز و فرار محمد‌حسن‌خان از اطراف و اکناف به خدمت خديو پى همال و اردوى سپهر تمثال جمع آمده و تعداد ايشان به هفت، هشت هزار کس مى‌رسيد، ملتزم رکاب نصرت بنيان در تهران جبهه‌سازى آستان جم پاسبان بودند. به خيال فاسد محال و فکر کاسد بى‌مآل، بناى غدر و مکر نهاده .... قرار دادند که به‌دست ازدحام علم طغيان افراخته و سلسله اردوى همايون را از انتظام انداخته (گلشن مراد، ص ۱۱۵).
کريم‌خان شيوه ماهرانه‌اى براى سرکوبى افغان‌ها ترتيب داد. وى پيام محرمانه‌اى به تمام حکام ايالات ارسال داشت و به آنها دستور داد تمام افغان‌هائى را که در گوشه و کنار کشور در سپاه خدمت مى‌کردند در روز عيد نوروز سال ۱۱۷۲ ق به قتل برسانند. دسته اول که حدود چهارهزار بودند در تهران که محل اقامت کريم‌خان بود کشته شدند. در بين کشته‌شدگان سران افغان، مانند اکرم‌خان، ميرک‌خان، معظم و محمدفاروق نيز بودند. دسته دوم را زکى‌خان همزمان در سمنان يکجا جمع کرد و ۱۹۰۰۰ نفر را کشت. فرمانده اين عده موسوم به شيرعلى‌خان چون شيعى مذهب بود نجات يافت. دسته سوم که قرار بود به‌وسيلهٔ ندرخان قتل عام شوند به‌علت فاش شدن موضوع و عدم لياقت وي، به سرپرستى زمان خان به استرآباد گريختند و هنگام طغيان رفيع‌خان قاجار دردسرهائى ايجاد کردند. در شهرهاى ديگر ايران مانند کاشان، قم، يزد، اصفهان و گيلان نيز افاغنه قتل عام شدند (گلشن مراد؛ ص ۱۱۶-۱۱۷. و تاريخ منتظم ناصري؛ ج۲، ص ۳۰۵). بنا به نوشته گلستانه روز عيد نوروز در تمام ايران نه هزار نفر افغان کشته شدند و ثروت آنان از طرف مأموران دولتى ضبط گرديد. (مجمل‌التواريخ پس از نادر؛ ص ۳۲۲).