محمدشاه در تبريز به تخت نشست و با کمک ميرزاابوالقاسم فراهانى (قائم‌مقام‌ثاني) و مساعدت سفيران کشورهاى روس و انگليس به تهران آمد و مدعيان پس از مشاهدهٔ پشتيبانى انگليس از او سلطنتش را پذيرفتند. او ميرزاابوالقاسم را که مردى با کفايت بود وزير خود کرد ولى پس از مدتى در اثر بدگوئى‌هاى درباريان فرمان کشتن او را داد و حاجى‌ميرزا آقاسى را به وزارت برداشت. او ۱۳ سال وزير محمدشاه بود و بى‌اطلاعى و سوءسياست‌هاى وى مشکلات زيادى براى کشور پيش آورد. کامران‌ميرزا حاکم هرات على‌رغم صلحى که ميان او و دولت ايران شده بود به سيستان حمله کرد و اين امر باعث عزيمت محمدشاه به آن سمت و محاصرهٔ هرات از سوى او شد. محاصره ۹ ماه به درازا کشيد. دولت روسيه با اين اقدام موافق بود ولى دولت انگليس چون سقوط شهر را نزديک ديد با تهديد محمدشاه به تصرف حزيرهٔ خارک او را از ادامهٔ محاصرهٔ هرات منصرف کرد. از ديگر مسائل اين دوره طغيان آقاخان محلاتى رئيس بخشى از اسماعيليان ايران و هند در يزد عليه حکومت، شکست او و فرار وى به هند بود. درگيرى‌هاى ايران و عثمانى کمابيش ادامه داشت که در ۱۲۵۸ به‌عهدنامهٔ ثانى ارزاته‌الروم انجاميد که طبق آن ايران از سليمانيه و قسمت غربى ولايت زهاب چشم‌پوشى کرد و عثمانى حق ايران را بر بندر محمره (خرمشهر) و حق کشتيرانى ايران را در ساحل چپ شط‌العرب به رسميت شناخت. مسئلهٔ ديگر دورهٔ سلطنت محمدشاه پيدايش فرقهٔ بابيه به سرکردگى سيدمحمد‌على باب بود. او به‌دستور محمدشاه دستگير و در قلعهٔ چهريق زندانى شد. محمدشاه که مبتلا به نقرش بود در ۱۲۶۴ در زعفرانيهٔ امروزى در تهران در ۴۲ سالگى درگذشت.