در حال حاضر اين استان داراى ده شهرستان، بيست و يک شهر، بيست و يک بخش، پنجاه و يک دهستان و حدود پنج هزار روستا است که تعداد ۱۳۲۳ روستاى آن داير و بقيه به جهت مهاجرت متروک شده است.
ابرکوه
شهرستان ابرکوه با وسعت ۵۶۴۱ کيلومتر مربع و جمعيتى بالغ بر ۴۱،۰۰۰ نفر در يکصد و چهل کيلومترى غرب شهرستان يزد قرار دارد. مرکز اين شهرستان، شهر ابرکوه با وسعت شش کيلومتر مربع است و بيشتر اهالى آن به کشاورزى اشتغال دارند.
ابرکوه يکى از شُعَب راه ابريشم است که در گذشته آباد و پرجمعيت بود. نام آن در منابع قديم و جديد به صورت‌هاى ابرقو، ابرقويه برقوه و دره‌کوه آمده است. در نزديکى ابرکوه تپه‌هاى سياه رنگى وجود دارد که به تل‌خاکستر نيز مى‌گويند. برخى از مردم معتقدند که آتش ابراهيم (ع) در اين مکان افروخته شد و عده‌اى نيز آنها را به آتش سياوش نسبت مى‌دهند.
اگرچه اين روايات جنبهٔ افسانه دارد، اما سرو پنج ساله ابرکوه نشان از قدمت و ديرينگى اين شهر مى‌دهد.
مراکز ديدنى: گنبد علي، مزار پيرحمزه سبزپوش، مقبرهٔ حسن‌بن‌کيخسرو، گنبد سيدون و گنبد گل سرخي، قطبيه، مسجد حاجى کامل، امامزاده احمدبن‌جعفر (ع)، مناره‌هاى مسجد نظاميه، مسجد جامع ابرقو، مسجد بيرون يا مسجد امام رضا (ع)، پريشک يا پيرصدق، پيرحسين، مقبرهٔ اشرف‌الدوله حسن‌بن‌شمس‌الدين مهر، امامزاده عباس‌بن‌على بن‌الحسين‌بن‌‌على ابى طالب (ع)، يخچال دورهٔ قاجاري، تل‌هاى خاکستري، بى‌بى‌سارا خاتون، بناهاى کوه صفه، بادگيرها، محله‌هاى قديمى چون: در قلعه، بنادان، جرمدين، صفاييه، جهانستان، دروازه ميران، گل‌کاران، نظاميه، طاووس، بازار، پشت‌آسياب، محلهٔ خواجه و ... .
اردکان
آب و هواى اردکان عمدتاً صحرايى است. کمى نزولات جوي، بالا بودن ميزان تبخير، پديدهٔ بيابان‌زايى و حرکت شن‌هاى روان از ويژگى‌هاى خاص اين منطقه است. بيشتر مردم اين منطقه به کشاورزى و باغدارى اشتغال دارند.
مراکز ديدنى:مسجد جامع اردکان، مسجد زير ده، تکيهٔ بازار نو، امامزاده مير سيدمحمد (ع)، امامزاده سيدنورالدين (ع)، موزهٔ مردم‌شناسي، چهارسوق، آب‌انبار دو راه، آب‌انبار قلعه، تکيه بازار نو، سنگ قبر ملا عارف و مراکز مذهبى زرتشتيان عبارت از: پيرشاه‌اشتادا يزد، پيرشاه‌تشترا يزد، پيرشاه‌مهرا يزد، پيرشاه‌مراد، پيرشاه‌فريدون، پيرسبزچک‌چک، زيارتگاه پارس بانو و ... .
بافق
اين شهرستان با مرکزيت شهر بافق، در فاصلهٔ يکصد و بيست کيلومترى جنوب شرقى يزد و در ارتفاع ۹۲۷ متر از سطح دريا قرار دارد. وسعت اين شهرستان ۱۵،۲۹۸ کيلومتر مربع و جمعيت آن بيش از ۴۱،۸۳۵ نفر است و از دو بخش و شش دهستان تشکيل شده است.
به علت وجود درختان خرما در اين منطقه، صنايع دستى وابسته به نخل در اين شهرستان رونق فراوان دارد. همچنين اين شهرستان به‌لحاظ وجود معادن غنى بسيار حائز اهميت بوده و شغل بسيارى از مردم آن معدن‌کارى است.
مراکز ديدنى:امامزاده عبدالله‌بن‌موسى‌بن‌جعفر (ع)، مسجد جامع (قرن ۱۲ هـ.ق)، مسجد سر استخر، مسجد امام حسين (ع)، مسجد حاج‌حسين، مسجد چهارده معصوم (ع)، مسجد فاطميه بافق و مسجد فاطميه آهن شهر، مسجد صاحب‌الزمان (ع) مبارکه، حسينيهٔ امامزاده، مسجد حاجى سيدحسن و ... .