چاه ۶۷۰۰ حلقه، قنات ۱۲۵۶ و ۵۹۴ دهنه چشمه با مجموع تخليه ۴/۱ ميليارد متر مکعب در سال، منابع آب‌هاى زيرزمينى استان را تشکيل مى‌دهد. و منابع آب‌هاى سطحى را شش رودخانه دايمى شامل رود شيردل و رود گليمر در سيستان و بلوچستان رود بمپور، رود سرباز، رود لاديز، و نيز رودخانه‌هاى فصلى و سيلابى رود ماشکيد، رود دامن، رود کاجو، رود کهير، رود رابج و رود کارواندر تشکيل مى‌دهند.
موقعيت جغرافيايى و تنوع آب و هوايي، منابع آب استان را در دو بخش سيستان و بلوچستان کاملاً متمايز نموده است.
سيستان
در سيستان درياچه و رودخانه‌ٔ فصلى هامون و ذخاير چاه نيمه، از اهميت ويژه‌اى برخوردار است. حوزه هامون هيرمند، داراى وسعت ۳۴،۲۷۳ کيلومتر مربع است که ۵/۷۴% سطح حوزه آبريز در سطح استان است. رودخانه هيرمند و چاه نيمه، منبع اصلى تأمين آب دشت سيستان و در حقيقت شاهرگ حياتى منطقه سيستان است که از کوه‌هاى هندوکش و ارتفاعات بابايغما در چهل کيلومترى غرب کابل، در افغانستان، سرچشمه مى‌گيرد و پس از طى مسافت ۱۰۵۰ کيلومتر، وارد خاک ايران مى‌شود. اين رودخانه در مرز به دو شاخه تقسيم مى‌شود: يک شاخه به نام پريان مرزي، در امتداد مرز جريان پيدا مى‌کند و پس از انشعاب شاخه‌هاى شيردل و نياتک از آن، وارد خاک افغانستان مى‌شود، شاخه ديگر در ناحيه جنوب شرقى خاک سيستان پس از انشعاب از طريق سد کوهک در جهت شرقى غربي، مستقيماً وارد خاک اين منطقه مى‌گردد و در محل سد زهک دو شاخه فرعى تحت نام‌هاى رودنهر شهر و رود طاهرى از آن منفک شده و شاخه اصلي، در همان جهت ادامه مسير مى‌دهد. سد سيستان و پل نهر آب بر اين شاخه [که از طريق چاه نيمه تأمين مى‌شود] تعبيه شده است. اين شاخه رودخانه، نهايتاً در محل لورگ باغ وارد درياچه هامون مى‌گردد.
درياچه هامون
اين درياچه با مساحت ۴۵۸ هزار هکتار و عمق متوسط ۵ متر (در فصول پرآبي) در شمال و شمال غربى دشت سيستان قرار گرفته و به سه قسمت پوزک، صابورى و هيرمند تقسيم شده است. اين درياچه توسط رودخانه سيستان، رودخانه پريان مرزي، فرارود، چخان‌رود، خاش‌رود، و همچنين در افغانستان توسط رود بندان، رود شورو و چند رودخانه کوچک ديگر تغذيه مى‌شود. اهميت اين درياچه به دليل آب شيرين و امکان پرورش و صيد ماهى در سال‌هاى پرآبى و تأمين علوفه دام‌ها از طريق مراتع حاشيه و نيزارهاى آن است. همچنين جنوب غربى درياچه به طرف مرز افغانستان بر مى‌گردد و در محلى به نام گودزره در شنزارها فرو مى‌رود.
بلوچستان
وجود درياى عمان بزرگ‌ترين منبع آبى کشور، در جنوب بلوچستان، علاوه بر رونق اقتصادى منطقه، داراى جاذبه‌هاى طبيعى بسيار فراوان است. سواحل ماسه‌اي، صخره‌اي، طلوع و غروب دل‌انگيز آفتاب، پرندگان دريايى و ورزش‌هاى آبى و ... اين منطقه را داراى شرايط خاط گردشگرى نموده است.
رودخانه‌هاى مهم
رود باهوکلات -رود سرباز- رود رابج (فتوج) -رود کاجو (کاجه)- رود کهير با انشعابات فرعى‌شان پس از به هم پيوستن و مشروب نمودن روستاهاى اطراف، به درياى عمان سرازير مى‌شوند. رود بمپور -رود کارواندر- هليل‌رود به درياچه فصلى آب شيرين هامون جازموريان در غرب بلوچستان که گاهى به شکل باتلاق و مرداب در مى‌آيد، مى‌ريزد.
ديگر منابع آب رودهاى مرزى (ايران-پاکستان): رود ماشکل (ماشکيد) -رود سيانجان است که نهايتاً به هامون ماشکل واقع در پاکستان مى‌ريزد.
هامون (فصلي) چاه غيبى در جنوب غربى خاش و درياچهٔ زيباى سردريا در ارتفاعات تفتان است.
چشمه‌ها
وجود چشمه‌هاى مختلف معدنى به طبيعت منطقه اهميت خاص بخشيده و مردم براى خواص درمانى از آنها بهره مى‌برند. اين چشمه‌ها اغلب در حوالى شهرستان‌هاى زاهدان، ايرانشهر، خاش، مناطق بزمان، سنگان، ترشاب، تمندان، دوشينگ، کوته، کوه تفتان قرار دارند. چشمه‌هاى معروف آب گرم منطقه عبارتند از: چشمه کنتي، چشمه پوزه باغ، چشمه هوديان، چشمه بزمان يک -چشمه بزمان دو، چشمه برآبک، چشمه مکسان، چشمه تشت، چشمه جمشيد، چشمه اسپيدژ، چشمه پاى کوه سرخ و چشمه تنگ، ديگر چشمه‌هاى آب معدنى عبارتند از: چشمه کتوکان، چشمه اسکل‌آباد، چشمه برآب، چشمه مرغاب، چشمه دوشينگ، چشمه معدنى شرق تفتان، چشمه زنگ، چشمه ترشاب بالا و ترشاب پايين، چشمه گنج امين، چشمه زيارت گوربند، چشمه لقمت‌کوه، چشمه يارمحمدي، چشمه باغ، چشمه نصرت‌آباد، چشمه جم چين، چشمه کوکلو، چشمه آمنى و استخر طبيعى درياچه والان.