مقابرالشيوخ
سردر ورودى مسجد از جلوخان، داراى ايوانى است به دهانه پنج، عرض سه و ارتفاع شش متر که با ازاره سنگى و جرزهاى آجرى و پوشش رسمى‌بندى آراسته به کاشى‌هاى دوالى و کاشى‌کارى‌هاى معقلى تزيين شده است. در کمرگاه آن کتيبه‌اى از کاشى‌هاى خشتى با زمينه لاجوردى وجود دارد که روى آن به خط سفيد ثلث، آيه شريفهٔ انّما يعْمُرُ مساجدالله من امنَ باللهِ ... نوشته شده است.
در انتهاى در ورودى مسجد، کرياس مجللى است به صورت هشت ضلعى مختلف‌الاضلاع که در طرف جنوبى و شمالى آن شاه‌نشينى ساخته شده است و از شاه‌نشين جنوبى چند در به مقبره بانى مرحوم حاج على نقي باز مى‌شود و از اين مقبره مانند مقابرالشّيوخ به محوطه قبرستان باز مى‌شده است که چون در اراضى قبرستان مستقلّاتى بنا شد، هر چند مرحوم آيت‌الله فيض يک قطعه زمين به نام برف‌انداز مسجد، به عرض سه متر پشت ديوار مسجد تهيه نمود، با اين حال درهايى متعلق به برف‌انداز هم مسدود گرديد و در گوشه ديگر، کرياسى در مجاورت مقبره بانى بقعهٔ ديگرى است که در سابق چهارطاقى مستقل و باستانى در کنار مقبره بابلان بود، مدفن دوازده تن از سادات شريف و محدثين قم است و چون سطح آن را بالا آورده‌اند، الواح قبور زير آوار دفن گرديده است.
سرداب و شبستان غربى مسجد
طرف غربى صحن مسجد به جاى سرداب محدود سابق، زيرزمينى از طرف مرحوم آيت‌الله حاج ميرزا ابوالفضل زاهدي يکى از ائمهٔ جماعات مسجد در سال ۱۲۸۵ هجرى ساخته شد.
اين سرداب داراى آبدارخانه و انبار و جايگاه اعتکاف است. اين سرداب متشکل از قسمت اول همان زيرزمين سابق بود که تجديد و تزيين گشت و قسمت دوم که زير شبستان بود بعداً به آن اضافه شد.
ازاره اين زيرزمين از بهترين سنگ‌هاى مرمر شفاف و صيقلى بوده است و بالاى آن جرزها و جدار از آجر تراش و پوشش آن تيرآهنى با نقشه خفتهٔ رستى و آراسته به کاشى‌کارى معقلى است که بر فراز سى و دو ستون لوله آهنى قرار گرفته است. در اين زيرزمين دو محراب زيبا، هر کدام در يک قسمت آن ساخته شده است که جرزهاى و جبهه و بدنهٔ آن با کاشى‌کارى معرق خوش‌‌نقش و لعابى تزيين يافته است. اين کاشى‌کارى سه طرف محراب را فرا گرفته و لبه محراب به طره‌پيچ فيروزه‌فام ظريفى آراسته است و در سينهٔ آن ترنجى از کاشى و درون آن کلمه الله جل جلاله با خط ثلث طلايى رنگى از کاشى‌هاى خشتى به طول ۹ متر که سراسر ضلع جنوبى قسمت مؤخّر سرداب را زينت بخشيده است و روى آن به خط ثلث سفيد سوره مبارکه والشمس نوشته شده است. در ضلع جنوبى سرداب نيز آبدارخانه و مخزن جامعى است که راهرو و مسجد که طرف بلوار قرار دارد، از بالاى آن مى‌گذرد.
در ضلع شرقى سرداب (زيرزمين) محوطه‌اى به عرض سه و ارتفاع دو و نيم متر است که زير صحن مسجد قرار دارد و به وسيله در و پنجره‌اى از محوطهٔ سرداب متمايز مى‌شود؛ همچنين جايگاهى براى اعتکاف است و احياناً راهرويى از جلو راه‌پله تا آبدارخانه است که جهت رفت و آمد خدمتگزاران مجلس هنگام تشکيل صفوف جماعت و يا لحظات اجتماع مردم در سرداب، استفاده مى‌شود. (البته همان‌گونه که قبلاً بيان شد تغييراتى در ساختمان اين مسجد روى داده است؛ اما براى آن که مطالعه‌کنندگان محترم با ساختمان‌هاى قديمى‌تر اين مسجد آشنايى بيشترى پيدا نمايند، مطالب نوشته شده مربوط به آن زمان مى‌باشد).
شبستان نوبنياد غربى
روى قسمت مقدم سرداب مهتابى است و بر بالاى قسمت موخّر آن شبستانى است که کف آن از سطح مهتابى حدود يک متر ارتفاع دارد.
اين بناى مجلل به عرض ۱۲، و طول ۳۲ و ارتفاع ۸ متر با همکارى نيکوکاران زير نظر حضرت آيت‌الله زاهدى ساخته شده که داراى هشت درگاه نيم‌تنه به طرف بلوار، سه درگاه به خيابان آذر و هشت درگاه تمام به سوى مهتابى است که جلو آنها درهاى آهنى شيشه‌پوش نصب شده است.
از اين شبستان يک در مورب در جهت زاويه شمال غربي، محل تلاقى بلوار با خيابان وجود دارد و در طرفين اين درگاه و دريچه، نيم‌تنه و در جبهه آن کتيبه‌اى از اين شبستان نيز داراى ويژگى‌هاى مهم معمارى سنتى ايران است.