در سال ۱۲۹۸ هـ.ق در محله استاد سراى رشت کودکى چشم به دنيا گشود که وى را يونس نام نهادند. او تا سال ۱۳۱۲هـ.ق در رشت و در مدرسه حاجى حسن در صالح آباد به تحصيل پرداخت، سپس براى ادامه تحصيلات به تهران رفت و در مدرسه محموديه به فراگرفتن علوم دينى مشغول شد. او در سال ۱۳۲۴هـ.ق پس از تحصّن مردم در شاه عبدالعظيم، شروع به فعاليت سياسى نمود و در رشت انجمنى به نام مجمع روحانيون ترتيب داد و تدارک اسلحه و مشق نظام را در حيطه وظايف انجمن قرار داد.
پس از به توپ بستن مجلس و انحلال آن، ميرزا کوچک به تفليس رفت و با مهاجرين و آزادى خواهان آنجا مراوده داشت. سپس دوباره به گيلان بازگشت و فعاليت‌هاى خود را از سر گرفت. او هنگام حمله نيروهاى شمال براى فتح تهران شرکت داشت.
زمانى که محمدعلى‌شاه براى براندازى بساط مجاهدين در ترکمن صحرا مشغول جمع‌آورى قوا بود، ميرزا همراه آزادى خواهان به گمش‌تپه رفت و در نبردى که در بندر گز اتفاق افتاد از ناحيه سينه و دست راست به صورت خطرناکى مجروح شد و در کنسولگرى روس‌ها تحت مداوا قرار گرفت و در همانجا پيشنهاد مساعدت با محمدعلى‌شاه را رد کرد. ميرزا را با کشتى قارص به بادکوبه انتقال دادند. قرار بود او را به فرمان محمدعلى‌شاه در بين راه طعمه ماهيان دريا نمايند که کاپيتان کشتى قارص از اين عمل ناجوانمردانه شانه خالى کرد. پس از معالجه در بادکوبه و تفليس، ميرزا به گيلان بازگشت و در رشت به علت فعاليت‌هاى انقلابي، توسط کنسول روس اخراج و به تهران تبعيد شد.
در بازگشت به گيلان، با تهيه اسلحه در اول شوال ۱۲۹۳هـ.ق در جنگل تولم نهضت خويش را آغاز کرد. او لشکر ضرغام‌السلتنه حاکم فومنات و تالش و نيز قواى روس را در ماکلوان شکست داد. اين امر باعث وحشت در اردوى مستبدين حاکم شد و مردم گيلان را در يارى ميرزا ثابت قدم نمود.
پس از آن که نيروهاى روسى به رهبرى افسينکوف از چند سو ميرزا را در ماسوله به محاصره کشاندند، نيروهاى زيادى از جنگليان در جنگ کشته شدند و بقيه در جنگل‌ها و غارها پناه گرفتند.
نيروى جنگل پس از تجديد قوا و کم‌تر شدن موقتى تصادمات با دولتيان، براى تنظيم امور مالي، داخلى و لشکرى کميته‌هايى تشکيل داد و وظايف را بين سران جنگل تقسيم نمود.
با تشکيل اتحاد اسلام، نهضت جنگل سازمان بيشترى يافت. خروج روس‌ها پس از انقلاب بلشويکى و در بحبوحه جنگ جهانى اول، موجب نفوذ انگليسى‌ها به صفحات شمالى ايران شد و نبردهاى پراکنده با انگليسى‌ها که ارتش مجهزى به گيلان اعزام داشته بودند، همراه مشکلات مالي، قحطى و کمبود نفرات و بسته بودن تمامى منابع کمک و تداوم بمباران‌هاى زمينى و هوايي، نيروهاى جنگل را مجبور به مصالحه با قشون انگليس در ۱۳۳۶هـ.ق (۱۲ اگوست ۱۹۱۸)نمود.
با جدايى حاج احمد کسمايى از جنگليان و مصالحهٔ او با قواى دولتي، نيروهاى جنگلى به شرق گيلان و جنگل‌هاى لنگرود، رودسر و تنکابن رفتند. دکتر حشمت و عده زيادى از نيروهايش که به تأمين و سوگند و مهر قرآن دولتيان اعتماد کرده بودند، تسليم فواى دولتى شدند. دکتر حشمت را در چهاردهم ارديبهشت ۱۳۳۷هـ.ق در زمان حکومت تيمورتاش بر گيلان، در رشت به دار آويختند.
پس از تحمل اين صدمات ميرزا به گيلان بازگشت و توافقى بين دولتيان و جنگلى‌ها پديد آمد و جنگل براى بقاى خود سياست صبر و انتظار پيشه کرد.
در ۱۶ رمضان ۱۳۳۸هـ.ق به دنبال مذاکرات ميرزا با روس‌ها و در پى خروج انگليسى‌ها از گيلان، رشت توسط جنگلى‌ها فتح شد. با روشن شدن مقاصد نهانى روس و اختلافات درونى ميان جنگليان و تمايل بعضى نيروهاى جنگلى به روس‌ها و خيانت خالوقربان، کريم‌خان، ميرزا مرا و خالو قنبر کرد به ميرزا و با آمدن مديوانى و ميکديان به ايران در تاريخ ۹ مرداد ۱۲۹۹ هـ.ش کودتاى سرخ عليه ميرزا به نتيجه رسيد و جنگليان به نقاط جنگلى فومن پناه بردند.
با آمدن حيدرخان عمواوغلى، بين سران انقلاب جنگل و انقلابيون وابسته به روس، آشتى برقرار شد. اما از سوى ديگر توافقات پنهانى روسيه و انگليس، اختلافات داخلى نيروهاى جنگل را عميق‌تر کرد. از سوى ديگر با حضور نيروهاى قزاق دولتى به رهبرى رضاخان مير پنج (سردار سپه)، براندازى نهضت جنگل با شدت بيشترى تعقيب شد.
ميرزا کوچک‌خان در آخرين روزهاى زندگى پس از پراکندگى ياران و دستگيرى آنان توسط قواى دولتي، قصد رفتن به خلخال و پناهندگى به عظمت خانم فولادلو را داشت. اما معين‌الرعايا راهنماى ميرزا اور تنها گذاشت و پس از تأمين جاني، خود را تسليم سردار سپه نمود. ميرزا و تنها يار او گائوک آلمانى راه را ادامه دادند ولى در سرماى شديد و برف و بوران گرفتار شدند و از پاى درآمدند.
اجساد آنان به قريه خانقاه انتقال داده شد، اما سالار شجاع از تدفين اجساد ممانعت کرد و رضا اسکستاني به فرمان وى سر پرشور ميرزا را از تن جدا نمود. خالوقربان، اين سر را به عنوان تحفه به تهران نزد سردار سپه برد.
به دستور سردار سپه اين سر در گورستان حسن‌آباد دفن شد. بعدها توسط يکى از ياران ميرزا، سر وى به سليمان داراب رشت منتقل شد. در شهريور ۱۳۲۰هـ.ش جسد ميرزا نيز از خانقاه به رشت انتقال يافت و در جوار سر او دفن گرديد.
ميرزا از آرمان‌ها و اهداف شخصى و انقلابى خويش هرگز عدول نکرد. با مرگ وى نهضت جنگل که سال‌ها نور اميد براى رهايى از سلطه بيگانگان را شعله‌ور ساخته بود، به شکست انجاميد ولى خاطره او در تاريخ ايران پاينده ماند. خاطره رادمردى که قدم به عرصه نام ننگ نهاد و به رغم نامش ميرزاکوچک، گام‌هاى بلندى در عرصه آزادگى برداشت، بزرگى يافت و جاودانهٔ تاريخ شد.