قبل از برگزارى رفراندوم قانون‌اساسى اوضاع نگران‌ کننده بود. در ۲۲ ژانويه ۱۹۸۷ حدود ۱۰ الى ۱۵ هزار تظاهرکننده در منديولا مانيل به طرفدارى از اصلاحات سرريع ارضي، گرد همائى داشتند که به‌وسيلهٔ نيروهاى امنيتى دولت مورد حمله قرار گرفتند و حداقل ۲۰ نفر کشته شدند. قتل‌ عام منديولا به‌شدت به اعتبار بين‌المللى دولت آکينو صدمه زد و همچنين حمايت‌هاى داخلى از رئيس‌جمهور کاهش يافت. جبههٔ دموکراتيک ملى به‌سرعت از گفتگوهاى صلح با دولت عقب نشينى کرد. اين اعتراضات در روزهاى بعد شدت يافت و در ۲۷ ژانويه نيروهاى وابسته به سازمان‌‌هاى مخفى در نيروهاى نظامى به مراکز غير نظامى و ارتشى در مانيل حمله کردند که سربازان وفادار به آکينو شورش را در چند ساعت سرکوب نمودند.


در ۲ فوريه ۱۹۸۷ هنگامى که قانون اساسى جديد در رفراندوم ملى با ۷۶ درصد آرا تائيد شد و به‌دنبال آن موقعيت آکينو در مذاکرات او با کمونيست‌ها و در رابطه او با نيروهاى نظامى به‌صورت چشمگيرى تقويت شد. در همان ماه همهٔ اعضاء نيروهاى نظامى سوگند ياد کردند که مانند RAM به‌دليل اين‌که جدائى و تفرقه را ترغيب مى‌کردند، صادر گرديد و انتخابات کنگره براى ۱۱ مى اعلام شد.


اتحاد بزرگ براى دموکراسى - GAD به‌وسيلهٔ عده‌اى از مخالفان دولت و گروه‌هاى مخالف ضد کمونيست تشکيل گرديد که شامل حزب ناسيوناليست و جنبش اجتماعى جديد بود که از طريق قانونى انتخابات را مورد اعتراض قرار مى‌داد و انريل و تولنتينو از جمله کانديداهاى آنها براى کسب کرسى‌هاى مجلس سنا بودند. گروه‌هاى چپ‌گرا نيز ائتلافى تشکيل دادند که اتحاد براى سياست‌هاى جديد بود و برنامه‌هاى آن شامل انتقال پايگاه‌هاى آمريکائى از فيليپين و به‌صورت بنيادى اصلاحات ارضى بود. نتيجهٔ انتخابات پيروزى اتحاديهٔ لاگاس بايان بود که ۱۸۰ کرسى از ۲۰۰ کرسى مجلس نمايندگان و ۲۲ کرسى از ۲۴ کرسى سنا را به‌طور قطعى تصاحب نمود.


گفتگوها بين حکومت و رهبران جبهه در اواخر سال ۱۹۸۶ با همکارى و توجهات سازمان کنفرانس اسلامي، به تعهدات رهبران جبهه در ژانويه ۱۹۸۷ براى صرف نظر کردن از درخواست براى استقلال کامل در ميندانائو و پذيرش خودمختاري، منجر شد. با اين وجود در غرب ميندانائو، برخوردهاى شديدى با تحريک اعضاء جبههٔ اسلامى رخ داد. اگرچه قانون‌اساسى جديد واگذارى نهائى خودمختارى به استان‌هاى مسلمان‌نشين در ميندانائو را تأمين کرده بود، اما رهبران جبههٔ آزاديبخش مورو ادعا کردند که اين موضوع براى تحقق خواسته‌هاى آن‌ها کافى نيست و در ماه مارس جبههٔ اسلامى مورو مجدداً تأکيد کرد که هيچ توافقى بين دولت و جبههٔ آزاديبخش مورو را در مورد آينده ميندانائو به رسميت نمى‌شناسد. هنگامى‌که حکومت اعلام کرد رهبران جبههٔ آزاديبخش مورو تمايل دارند که يک کميسيون مشترک براى تهيه پيش‌نويس واگذارى خودمختارى براى ميندانائو تشکيل دهند، گفتگوها در ماه‌هاى آوريل و مى ادامه يافت. به‌دنبال به بن‌بست رسيدن مذاکرات دربارهٔ استان‌هاى خودمختار، حکومت در ماه آگوست اعلام کرد که ديگر با رهبران جبههٔ آزاديبخش مشورت نخواهد کرد.


در آوريل ۱۹۸۷، نيروهاى دولتى کودتائى را از سوى سربازان شورشى خنثى کردند. در ماه جولاى به‌دنبال کشف کودتا که از سوى طرفداران مارکوس در مانيل طرح‌ريزى شده بود، مارکوس از طرف مقامات آمريکائى از هاوائى ممنوع‌الخروج شد. در همان ماه حکومت فيليپين عليه مارکوس، خانواده و حاميان خود (از قبيل انريل و خوزه فرناندز مدير بانک مرکزي) در يک دادگاه در مانيل اقامه دعوى کرد و در حدود ۵۰۰/۲۲ ميليون دلار آمريکا براى تحمل درد و رنج مردم فيليپين در نتيجه فساد مورد اتهام دولت مارکوس ادعاى خسارت نمود. در ۲۸ آگوست هنگامى‌که فرماندهان شورشى‌ها، توسط کلنل گرگوريو هوناسان -Gregorio Honasan - رهبر پيشين RAM و از وابستگان نزديک انريل - دفتر ارتش را اشغال کردند، راموس و سربازان وفادار به پرزيدنت آکينو از پنجمين تلاش براى کودتا جلوگيرى نمودند.


در سپتامبر ۱۹۸۷ سالوادور لورل به عنوان وزير امور خارجه، به‌دليل تفاوت‌هاى فکرى درباره سياست حکومت در برخورد شورش‌آميز جاى خود را به سناتور رائول مانگ‌لاپوس - Raul Manglapus داد. در ماه اکتبر لورل اعلام کرد که او و انريل توافق کرده‌اند يک اتحاد ضد آکينو تشکيل دهند. در اواخر سال ۱۹۸۷ حکومت توسط رقباى مختلف به چپ‌گرائى و راست‌گرائى متهم شد و اعتبار حکومت به اتهام سوء استفاده از حقوق بشر، در خصوص بازداشت‌ها و دستگيرى‌هاى گسترده و موافقت با گروه‌هاى نظامى مسلح براى مبارزه با شورش در مناطق شهرى خدشه‌دار گرديد.


در ژانويهٔ ۱۹۸۸ راموس به‌عنوان وزير دفاع ملى تعيين شد. مبازره حکومت عليه شورشيان کمونيست ناگهان افزايش يافت. در ميان مقامات متعدد حزب کمونيست فيليپين که از سوى ارتش دستگير شده بودند، رافائل بايلوسيس دبيرکل آنها و سرفرماندهى ارتش جديد مردم رامولو کنتانار - که در نوامبر ۱۹۸۸ از بازداشت فرار کرد هم ديده مى‌شدند. اگرچه تقريباً ۲۰۰۰ نفر در خشونت‌هاى مربوط به‌شورش‌ها در ۶ ماهه اول ۱۹۸۸ جان خود را از دست دادند ليکن آکينو به‌دليل عدم به‌کارگيرى اقدامات کافى سخت‌گيرانه عليه عناصر شورش از سوى ارتش مورد انتقاد قرار گرفت.


موضوع حساس سياسى پايگاه‌هاى نظامى آمريکا در فيليپين در سال ۱۹۸۸ مطرح شد. به‌موجب موافقتنامهٔ امضاء شده بين دو کشور در سال ۱۹۸۳، استفادهٔ مداوم از شش پايگاه نظامى از جمله پايگاه هوائى کلارک و پايگاه دريائى خليج سوبيک (در جزيرهٔ لوزان) تا سال ۱۹۸۹ اجازه داده شده بود. در ماه مارس ۱۹۸۶ آکينو تائيد کرد که موافقت‌نامه رعايت خواهد شد اگرچه در سال ۱۹۸۷ قانون‌اساسى اعلام کرد که پايگاه‌هاى نظامى خارجى پس از سال ۱۹۹۱ در کشور مجاز نخواهند بود مگر آن‌که به‌موجب مفاد عهدنامه‌اى به‌وسيلهٔ سنا تائيد شده و توسط رأى‌ دهندگان در همه‌پرسى تصويب شود. عليرغم احساسات ملى قوى که به‌دليل اين موضوع تحريک گرديد، اين پايگاه‌ها به‌عنوان منبع استخدام و درآمد مالى دولت به‌حساب مى‌آمدند.


مذاکرات براى تمديد تا ۲ سال ۱۹۹۱ در آوريل ۱۹۸۸ آغاز شد. طبق موافقت‌نامهٔ جديد، حکومت فيليپين کمک اقتصادى و نظامى مجموعاً به مبلغ چهارصد و هشتاد و يک ميليون دلار دريافت مى‌نمايد که اين مبلغ تقريباً ۵/۲ برابر سطح دريافت‌هاى قبل بود و در مقابل ايالات متحدهٔ آمريکا حق استفادهٔ هواپيماى نظامى و کشتى‌هاى جنگى را براى استفاده از امکانات فيليپين بدون تعهد منوط به‌وجود جنگ افزارهاى اتمى را براى خود حفظ کرد.


در نتيجه اولين گذر از سيستم پس از انتخابات، راموس فقط با ۶/۲۳ درصد از آراء به‌ پيروزى رسيد. رقيب‌هاى نزديک او سانتياگو (با ۷/۱۹ درصد) و کوجوانکو (۲/۱۸ درصد) بودند. موفقيت راموس و درجهٔ بالاى حمايت از سانتياگو در زمانى‌که هيچ‌کدام از کانديداها از سوى حزب بزرگى حمايت نشدند، به‌عنوان عدم پذيرش سياست‌هاى سنتى حزبى قلمداد مى‌شد. در انتخابات مجلس نيز حزب LPD (تنها حزبى که در هر ايالت پايگاه محلى داشت) ۱۶ کرسى از ۲۴ کرسى سنا و ۸۹ کرسى از ۲۰۰ کرسى انتخاباتى مجلس نمايندگان را به‌خود اختصاص داد.