از آن‌جائى که بخش بزرگى از پايتخت کشور به‌واسطه جنگ و اشغال ويران شده بود و به‌دليل هزينه‌ها و روگردانى از همکارى با ژاپنى‌ها در طول جنگ، حيات سياسى فيليپين از بين رفته بود، فيليپينى‌ها در سال ۱۹۴۶ درجهت دستيابى به استقلال کامل سياسى گام برداشتند. در ۲۷ فوريه ۱۹۴۵ دولت فدرال موقت تحت حکومت سرجيو اسمنا که به‌عنوان رئيس حکومت در تبعيد، پس از مرگ کوئزون - Quezon در آگوست ۱۹۴۴ در ايالات متحده جانشين او شده بود، تشکيل گرديد. وى در انتخابات رياست‌جمهورى آوريل ۱۹۴۶ با اختلاف ناچيزى از مانوئل رکاس - Manuel Roxas (شاخهٔ ليبرال حزب ناسيوناليست) که به‌شدت توسط ژنرال مک‌آرتور حمايت مى‌شد، شکست خورد. رکاس در طول اشغال کشور، وزير کابينه و مدير آژانس تهيه برنج در زمان جنگ بود که اين آژانس، آژانس ژاپن را ساز و برگ مى‌داد.


پس از اين‌که وى رياست‌جمهورى را به‌دست گرفت، توجه اصلى خود را به‌حفظ روابط اقتصادى فيليپين با آمريکا معطوف کرد. در آوريل ۱۹۴۶ کنگره آمريکا لايحهٔ روابط اقتصادى بل که دربارهٔ ورود بدون حقوق گمرکى صادرات فيليپين به آمريکا بود را تائيد نمود. اما از سوى ديگر، امتياز مساوى براى منافع آمريکا در فيليپين در مورد استفادهٔ از منابع طبيعى را قائل شد، قانونى که به‌حاکميت فيليپين خدشه وارد مى‌کرد.


اصلاح قانون اساسى در مارس ۱۹۴۷ به همه پرسى ملى گداشته شد و تنها ۴۰ درصد از کسانى‌ که صلاحيت رأى دادن داشتند، در اين همه‌پرسى شرکت کردند که اکثريت رأى دهندگان طرفدار تغييرات پيشنهاد شده بودند.


همچنين در مارس ۱۹۴۷ آمريکا و جمهورى جديد يک توافق در مورد پايگاه‌هاى نظامى منعقد کردند که به‌موجب آن آمريکا ۲۳ پايگاه را در جزاير فيليپين به‌مدت ۹۹ سال اجاره کرد. مدت اجاره در مذاکرات بعدى به ۲۵ سال کاهش يافت. پايگاه‌هاى نظامى اصلى عبارت بودند از: پايگاه دريائى خليج سوبيک و پايگاه هوائى کلارک که هر دوى آن‌ها در جزيره مهم لوزان قرار داشتند. اين توافق اختيارات قضائى وسيعى عليه فيليپينى‌هائى که داخل اين پايگاه‌ها زندگى مى‌کردند به‌مقامات آمريکائى مى‌داد که به‌همين دليل سبب بروز شورش و مناقشات عظيمى شد.


در ماه‌هاى پس از جنگ هوک‌ها (نيروهاى مردمى سازمان يافته در زمان جنگ) از طريق حزب دموکرات به‌دنبال ورود به‌سياست‌هاى رسمى کشور بودند. در آوريل ۱۹۴۶ طى انتخابات کنگره و رياست جمهوري، هوک‌ها از رئيس‌جمهور اُسمنا حمايت کردند، در حالى‌که ۷ کانديداى حزب دموکرات از جمله لوئيس تاروک - Luis Taruc رهبر هوک‌ها، توسط کشاورزان و زارعان لوزان مرکزي به مجلس راه يافتند.


در اواسط ۱۹۴۶ تاروک به دولت رکاس پيشنهاد توافق آتش‌بس را ارائه نمود، اما مذاکرات پس از تقاضا از هوک‌ها براى زمين گذاشتن سلاح‌هاى آن‌ها به شکست منتهى شد. به‌دنبال آن رکاس، اخراج نمايندگان حزب دموکرات از مجلس را براى تصويب مسلم اصلاحات قانونى که براى اجراى لايحهٔ بل ضرورى بود، طرح‌ريزى کرد و پس از آن ارتش فيليپين و واحدهاى پليس به يک مبارزهٔ شديد و خونين در برابر هوک‌ها اقدام نمودند. در مارس ۱۹۴۸ رکاس اعلام کرد که هوک‌ها يک سازمان غير قانونى مى‌باشند.


در آوريل ۱۹۴۸ به‌طور ناگهانى رکاس درگذشت. معاون او، الپيديو کويرينو - Elpidio Quirino، جانشين او شد. رئيس‌جمهور جديد به‌سرعت به‌دنبال ترک مخاصمه با هوک‌ها بود. به‌دنبال آن عفو و تسليم سلاح‌ها مورد توافق قرار گرفت و لوئيس تاروک رهبر هوک‌ها، سرانجام توانست کرسى خود را در کنگرهٔ فيليپين به‌دست آورد. با اين وجود، در اواسط آگوست ۱۹۴۸، تاروک مانيل را به‌صورت ناگهانى ترک کرد و مقامات را عمدتاً به‌خاطر مسئله تسليم سلاح‌ها به فريب و دو روئى متهم نمود. هوک‌ها در اين زمان به شورش علنى روى آوردند و تاروک اعلام کرد که او يکى از اعضاء PKP شده است و در آوريل ۱۹۴۹، براى اولين‌ بار به‌طور علنى اعلام نمود که هوک‌ها در پى براندازى دولت مى‌باشند.


کويرينو به‌دنبال انتخابات مجدد در سال ۱۹۴۹ به‌عنوان کانديداى ليبرال براى رياست‌جمهورى در مقابل نامزدى خوزه لورال از حزب ناسيوناليست قرار گرفت. با برگزارى انتخابات کويرينو مجدداً انتخاب گرديد. در اين زمان وى با يک بحران اقتصادى عيمق و يک مبارزهٔ شديد شورش‌آميز از سوى هوک‌ها روبه‌رو بود.


بسيارى از فرماندهان نظامى بى‌‌کفايت و فاسد عزل شدند و يک وزير جديد دفاع ملي، به‌نام رامون ماگسايساى - Ramon Magsaysay بر سر کار آمد. ماگسايساي سياست دوگانه‌اى را دنبال کرد. فزونى بيش از اندازهٔ نيروهاى نظامى (که بيش‌تر به‌خاطر حفظ حمايت از هوک‌ها در مناطق روستائى به‌وجود آمده بود) به‌صورت هوشيارانه‌اى کاسته شد و برنامه‌اى براى توانبخشى به شورشيانى که قبلاً تسليم شده بودند، به اجراء در آمد. در اکتبر ۱۹۵۰ اعضاءِ کميتهٔ مرکزى هوک‌ها طى چند عمليات پليسى و نظامى در مانيل بازداشت شدند. در ۱۷ مى ۱۹۵۴ لوئيس تاروک رهبر هوک‌ها، تسليم مقامات شد. به‌دنبال فروپاشى هوک‌ها، اهميت ماگسايساي در کابينه کويرينو دو چندان گرديد. وقتى آشکار شد که کويرينو به‌دنبال تجديد انتخابات در سال ۱۹۵۳ مى‌باشد، ماگسايساي حزب ليبرال را ترک کرد و کانديداى رياست‌جمهورى از حزب ناسيوناليست شد.


پس از مبارزهٔ انتخاباتى ماگسايساي با اکثريت آراء پيروز شد. در طول رياست‌جمهورى ماگسايساي، روابط فيليپين با آمريکا تقويت گرديد. به‌طورى‌ که در سال ۱۹۵۴ فيليپين يکى از بنيانگذاران پيمان آمريکائى سيتو بود و نيز در سال ۱۹۵۶ به‌موجب موافقت‌نامهٔ لائورل - لانگلى - Lauorel-Langley تساوى حقوق آمريکا با فيليپين در بهره‌بردارى از منابع طبيعى فيليپين به همهٔ فعاليت‌هاى اقتصادى تا سال ۱۹۷۴ گسترش يافت.


در سياست داخلى ”ماگسايساى‌“به شدت بر افزایش زمین "تائو" (مردم عادی) به وسیله اصلاحات ارضی، تهیه اعتبارات کشاورزی و کمک‌های فنی، تاسیس پروژه های توسعه گروهی و تزیع زمین به کسانی که زمین نداشتند، تاکید می نمود.


هنگامى که ماگسايساى‌ در يک سانحهٔ هوائى در مارس ۱۹۵۷ در گذشت، معاون او کارلوس گارسيا جانشين وى شد و در انتخابات رياست‌جمهورى که يک‌سال بعد برگزار شد، به‌پيروزى رسيد. رياست‌جمهورى گارسيا به‌طور عمده با اقدامات صرفه‌جوئى و سياست اقتصادى ناسيوناليستى (اولين برنامه اقتصادى فيليپين) که به‌ويژه براى کاهش وابستگى اقتصادى فيليپين طراحى شده بود، ادامه يافت. دوران حکومت گارسيا در حالى به اتمام رسيد، که دولت او در يک فساد لجام گسيخته اختلاس و رسوائى مالى فرو رفته بود.


در انتخابات رياست‌جمهورى سال ۱۹۶۱ گارسيا به‌وسيلهٔ کانديداى حزب ليبرال ديوزدادو ماکاپاگال - Diosdado Magapagal شکست خورد. رئيس‌جمهور اصلاحات اقتصادى فراگيرى را انجام داد که مورد حمايت ايالات متحده آمريکا و صندوق بين‌المللى پول قرار گرفت ماگاپاگال در آستانه تشکيل فدراسيون جديد مالزي، در آگوست ۱۹۶۳ ادعاى فيليپينى بودن منطقهٔ صباح را مطرح کرد که باعث قطع روابط ديپلماتيک فيليپين با مالزى تا ژوئن ۱۹۶۶ گرديد.