سرانجام در پى يک مبارزه شديد با نخست وزير بر سر اختيارات در قانون اساسى رئيس جمهورى پاکستان در دوم دسامبر استعفاء کرد. سجاد على شاه رئيس قوه قضائيه نيز به‌وسيله يک دادگاه ديوان عالى کشور از مقام خود برکنار شد. همزمان با اين استعفاء، و سيم سجاد رئيس مجلس سناى پاکستان به عنوان کفيل رئيس جمهور وظايف وى را بر عهده گرفت تا رئيس جمهور جديد انتخاب شود. فاروق لغارى هشتمين رئيس جمهورى پاکستان بود که در نيم قرن تاريخ تشکيل اين کشور استعفاء داد.


در ۳۱ دسامبر ۱۹۹۷ رفيق تارر رئيس جمهور جديد پاکستان انتخاب شد. وى نامزد جناح حاکم (مسلم ليگ) در انتخابات رياست جمهورى بود. محمد رفيق تارر، ۵۰ ساله، نماينده مجلس سناى پاکستان و قاضى بازنشسته است.(در اين مبحث به‌طور مثال از مباحثى به‌صورت The Europa World Year Book 1995,P2358-2362 به‌کار رفته است.)


در ژانويه ۱۹۹۸ خشونت‌هاى فرقه‌اى دوباره در لاهور اوج گرفت و حداقل ۲۴ نفر شيعه به وسيله گروه‌هاى سنتى کشته شدند. و اين جهت دولت اقداماتى را تصويب کرد تا سلاح‌هاى قاچاق را کنترل کند و از تروريسم جلوگيرى نمايد. در اواخر فوريه دو مهندس ايرانى به‌وسيله تروريست‌ها در کراچى به قتل رسيدند و در ماه بعد بيش از ۲۰ نفر در دو بمب‌گذارى در قطارهاى مسافربرى لاهور کشته شدند. در پايان فوريه حزب حاکم به يک عقب نشينى تن در داد، زيرا حزب عوامى ملى از حمايت مسلم ليگ نواز شريف، که از تغيير دادن نام ايالت سرحد شمال غربى به پختون خواه خوددارى کرده بود، دست برداشت.


در ماه مه قانون کفار سبب مباحثات گسترده و تظاهرات خشونت آميز شد. زيرا يک اسقف کاتوليک ايتاليائى بيرون يک دادگاه در ساهيوال پنجاب در اعتراض به محکوم به مرگ شدن يک روستايى مسيحى به اتهام کفر، دست به خودکشى زد. دولت از لغو يا اصلاح اين قانون امتناع کرد.


به‌رغم افزايش محبوبيت نخست وزير به‌دليل اجراءِ آزمايش‌هاى هسته‌اى در مه ۱۹۹۸، تحريم‌هاى بين‌المللى پاکستان را در تنگناى مالى قرار داد. ترميم کابينه در اوايل اوت توسط نواز شريف نگرانى‌ها در مورد چشم انداز اقتصادى کشور را بدتر کرد. در اواخر اوت نخست‌ وزير پانزدهمين لايحه اصلاحى قانون اساسى را به مجلس ارائه کرد تا جايگزين قانون شريعت شود. نواز شريف با قول دادن در مورد پشتيبانى از حقوق زنان و حمايت از اقليت‌ها کوشش کرد تا ترس در مورد حرکت به سمت افراطى گرائى اسلامى را کاهش دهد.


در اوايل اکتبر ۱۹۹۸ رئيس ستاد ارتش ژنرال جهانگير کرامت مجبور شد بعد از انتقاد آشکار از سياست‌هاى اقتصادى و سياسى دولت و تقاضاى اين‌که به نيروى مسلح يک نقش مستقيم در تصميم‌گيرى‌هاى دولت داده شود، از سمت خود استعفا دهد. در روز بعد پانزدهمين لايحه اصلاحى قانون اساسى با ۱۵۱ رأى موافق در برابر ۱۶ رأى مخالف در مجلس ملى تصويب شد.


در اواخر اکتبر ۱۹۹۸ هنگامى‌که حرکت قومى متعهد (که قبلاً نهضت قومى مهاجر ناميده مى‌شد) از حمايت از حزب مسلم ليگ‌نواز شريف که دولت ايالتى سند را رهبرى مى‌کرد، دست برداشت، دولت متحمل فشار ديگرى شد. در ۳۰ اکتبر تشکيل مجلس ايالتى به تعويق افتاد و ايالت آشوب زده براى جلوگيرى از خشونت تحت سلطه فرماندار درآمد. درماه بعد نخست وزير تأسيس دادگاه‌هاى نظامى ضد تروريستى را در کراچى اعلام کرد.


در اواخر دسامبر ۱۹۹۸ بى‌نظير به‌وسيله دولت به اتهام فساد ممنوع الخروج شد، چند روز بعد دادگاه اين حکم را لغو کرد. در آوريل ۱۹۹۹ دادگاه عالى لاهور بى‌نظير بوتر (که در خارج بود) و همسرش را به فساد محکوم کرد، آنها هر کدام به ۵ سال حبس محکوم شدند، دارائى ‌آنها توقيف شد و مشترکاً ۶/۸ ميليون دلار جريمه شدند. در نتيجه رأى به برکنارى نخست وزير سابق و آصف على زردارى (که قبلاً در زندان محکوميت ديگرى را مى‌گذراند) از کرسى‌هاى خود در مجلس ملى و سنا داده شد.


در اوايل ژانويه ۱۹۹۹ در يک بمب‌گذارى در نزديکى محل اقامت نخست وزيرى در پنجاب چهار نفر کشته شدند ولى نخست وزير از ترور نجات يافت. روز بعد افراد مسلح ۱۷ نمازگزار را در يک مسجد شيعه نزديکى مولتان کشتند و به‌دنبال آن خشونت‌هاى فرقه‌اى در اين ايالت اوج گرفت. در اواخر ماه، ديوان عالى احکام اعدام، دادگاه‌هاى نظامى ويژه در کراچى را به تعويق انداخت و آنها را موکول به تصميم در مورد اعتبار اين دادگاه‌ها نمود، به اين جهت ايالت سند مجدداً درگير تنش سياسى شد. يک روز بعد ديوان عالى در پاسخ به دادخواست درگيرى اعلام کرد تصميم دولت مرکزى مبنى بر برکنارى رئيس و معاون رئيس مجلس موقتاً تعطيل شده ايالتى سند (در نوامبر ۱۹۹۸) غير قانونى است.


در نيمه فوريه ۱۹۹۹ ديوان عالى حکم داد که محاکم نظامى نمى‌تواند عليه غير نظامى‌ها استفاده شود. بنابراين ۱۴ نفر محکوم به مرگ را که در دادگاه‌هاى نظامى سند محکوم شده بودند، بخشيد و تشکيل دادگاه‌هاى نظامى را که دولت دو ماه پيش از مطرح کرده بود، در سراسر کشور ممنوع کرد. همچنين ديوان عالى کشور حکم داد که مواردى به دادگاه‌هاى ضدتروريستى غيرنظامى واگذار شوند.


ادعاهاى مخالفان مبنى بر اين‌که به‌وسيله پنجاب‌ها و براى پنجابى‌ها اداره مى‌شود در طى ۱۹۹۹ افزايش يافت و يا ادامه تمرکز قدرت تحت کنترل نوازش شريف ارتباط داده شد. اين روند براى ناظران بين‌المللى با کوشش دولت در مورد جلوگيرى از مطبوعات مستقل به وضوح آشکار شد. در ماه مه سردبير روزنامه Friday Times نجم ستى که منتقد دولت بود در خانه‌اش در لاهور بازداشت شد. او در ماه بعد بدون هيچ اتهامى آزاد شد.


در نيمه ۱۹۹۹ ادعاهاى مختلف فساد به ويژه درگيرى غير قانونى در مذاکرات مالى حزب مسلم ليگ و خانواده نخست وزير را مورد هدف قرار داد. در ماه مه حاميان آصف على زردارى ادعا کردند که ادعاى پليس مبنى بر کوشش زردارى براى خودکشي، جعلى بوده و به اين طريق پليس مى‌خواسته شکنجه شدن وى در زمان حبس را پنهان کند. ادعاها و موارد فوق سبب شد تا دولت پاکستان از نظر بين‌المللى نيز تحت فشار قرار بگيرد.


افزايش خطرات در بحران کشمير بين پاکستان و هند در نيمه ۱۹۹۹ و محکوميت جهانى سابق در اين زمينه موجب انزواى ديپلماتيک اين کشور و فشار بر دولت مسلم ليگ شد. نواز شريف کوشش کرد تا همراه با ارتش بماند. مخالفان وى اعلام کردند که تحت فشار آمريکا عقب نشينى کرده است. در نيمه سپتامبر به‌دنبال تشکيل اتحاد بزرگ دمکراتيک به‌وسيله احزاب مختلف مرکزى و محافظه کار از جمله حزب مردم، نهضت قومى مهاجر و حزب عوامى ملى که خواهان استعفاءِ فورى نخست‌وزير بودند، موقعيت نوازشريف به‌طور روز افزونى ناپايدار به‌نظر مى‌رسيد. اعتراضات ضد دولتى‌ احزاب اسلامى مختلف افزايش يافت و در سراسر کشور تظاهرات به‌راه انداختند. رهبران ائتلاف ۱۹ حزب مخالف دولت پاکستان در ۲۰ سپتامبر در پايان نشست خود در اسلام آباد برنامه ۹ ماده‌اى براى نجات اين کشور از بحران سياسى اعلام کردند. در ۲۱ سپتامبر آمريکا به رهبران سياسى و نظامى اين کشور هشدار داد که واشنگتن به شدت مخالف هر گونه تلاش براى سرنگونى دولت فعلى پاکستان است. به اين دليل که بى‌نظير بوتر از ترس اتهام به فساد و دستگيرى تمايل به بازگشت به پاکستان نداشت مخالفت تا حدى تضعيف شد.