در ۱۸ ژوئيه ۱۹۹۳، براساس موافقت‌نامه‌اى که تحت نظر ارتش به‌دست آمده بود، غلام اسحاق خان و محمد نواز شريف از سمت‌هاى خود استعفاء دادند، مجلس فدرال و مجالس ايالتى منحل شدند، و اعلام شد که انتخابات در اکتبر برگزار مى‌شود، و يک دولت بى‌طرف در سطح فدرال و ايالتى به‌وجود آمد. مطابق قانون اساسى و سيم سجاد رئيس سنا جانشين غلام اسحاق خان شد تا باقى‌مانده دوره رياست جمهورى وى را تا نوامبر سپرى نمايد. يک کابينه کوچک غير سياسى که به‌وسيله معين‌الدين قريشى از کارگزاران بانک جهانى سرپرستى مى‌شد به عنوان نخست وزير موقت سوگند خورد.


قريشى در عمل اقدامات اقتصادي- سياسى مهمى را انجام داد: او براى اولين بار يک ماليات بر درآمد کشاورزى براى پرکردن ذخاير تهى شده ارز خارجى ارائه نمود، و کوشش نمود که فساد سياسى را از طريق جلوگيرى از خلاف‌هاى مالى و تجارت غيرقانونى مواد مخدر کاهش دهد. (سياست‌مدارانى که با هر يک از اين جرم ارتباط داشتند از شرکت در انتخابات آينده محروم شدند).


انتخابات عمومى در ۶ و ۹ اکتبر ۱۹۹۳ تحت نظارت نهادهاى ذى‌ربط برگزار شد. انتخابات رقابت نزديک بين جناح مسلم ليگ پاکستان و حزب مردم پاکستان قومى مهاجر انتخابات مجلس ملى را تحريم کرد، ادعا نمود که به‌وسيله ارتش تهديد مى‌شود، اما در انتخابات مجالس ايالتى چند روز بعد شرکت کرد. در انتخابات فدرال حزب مردم با کسب ۸۶ کرسى بر رقيب خود مسلم ليگ (۷۲ کرسي) فائق آمد. در انتخابات ايالتى حزب مردم از مجموع ۴۶۰ کرسى ويژه مسلمانان در مجالس چهارگانه ايالتى ۱۷۵ کرسى را به‌دست آورد. در ايالت پنجاب حزب مسلم ليگ به رهبرى نواز شريف ۱۰۶ کرسى مردم ۹۴ کرسى را به‌دست آورد. در مجلس ايالت که با ۱۰۹ کرسى بعد از مجلس پنجاب دومين مجلس ايالتى پاکستان محسوب مى‌شود، حزب مردم از ۱۰۰ کرسى ويژه مسلمانان ۵۶ کرسى را به‌خود اختصاص داد و اکثريت را کسب کرد.


به‌دنبال مذاکرات پى در پى با احزاب و کانديداهاى مستقل در مجلس ملي، بى‌نظير بوتر به عنوان نخست‌ وزير با کسب ۱۲۱ رأى انتخاب شد تا يک دولت ائتلافى را در ۱۹ اکتبر رهبرى نمايد. در روز بعد، يک ائتلاف که به‌وسيله حزب مردم پاکستان رهبرى مى‌شد، ادارهٔ دولت ايالتى در پنجاب را به عهده گرفت. اين دولت به‌طور سنتى سنگر مسلم ليگ پاکستان بود. دولت ايالتى در ايالت سرحد شمال غربى و بلوچستان به‌وسيله اتحادى که مسلم ليگ پاکستان (گرو نواز) آن را هدايت مى‌کرد، اداره مى‌شد. سيد يوسف رضا گيلانى از اعضاءِ حزب مردم به عنوان رئيس مجلس ملى انتخاب شد. در پايان ماه بى‌نظير بوتر از طريق کسب رأى اعتماد در مجلس ملى قدرت خود را تقويت کرد. طبق قانون اساسى نخست وزير بايد بعد از انتخاب به اين سمت ظرف مدت ۶۰ روز از مجلس ملى رأى اعتماد اخذ کند.


در ۱۳ نوامبر ۱۹۹۳ نامزدهاى حزب پاکستان سردار فاروق احمد خان لغارى با کسب ۲۷۴ رأى (۶۲ درصد کل آراء) از مجلس رئيس جمهور شد. و سيم سجاد نامزد مسلم ليگ پاکستان (گروه نواز) ۱۶۸ رأى (۳۸ درصد) به‌دست آورد. لغارى فارغ‌التحصيل دانشگاه آکسفورد و از رهبران با نفوذ قبايل ايالت بلوچستان است. وى هشتمين رئيس جمهور پاکستان پس از استقلال و سومين رئيس جمهور اين کشور است که طبق قانون اساسى و انتخابات برگزيده مى‌شود. پس از تصدى اين سمت لغارى اظهار داشت که براى حفظ بى‌طرفى از عضويت در حزب مردم پاکستان استعفاء مى‌دهد و اميدوار است که اصلاحيه هشتم قانون اساسى را در آٰينده نزديک لغو کند يا تغيير دهد.


در اوايل دسامبر ۱۹۹۳ به سبب بروز پاره‌اى اختلافات با بى‌نظير بوتر موجب شد يک جناح از حزب حاکم جدا شود. بى‌نظير بوتر مادرش را از سمت رياست حزب مردم پاکستان بر کنار نموده بود. نصرت بوتر ادعا مى‌کرد وى به‌وسيله همسرش در ۱۹۷۷ براى تمام عمر به عنوان رئيس حزب تعيين شده است. روابط بين بى‌نظير بوتر (که اکنون تنها رئيس حزب مردم پاکستان بود) و مادرش به شدت در نيمه دوم سال ۱۹۹۳ با توجه به آينده برادر نخست وزير تحت فشار قرار گرفت.


در اواخر ژانويه ۱۹۹۴ نخست وزير انتصاب يازده عضو کابينه جديد را اعلام کرد. در اواخر فوريه رئيس جمهور سر وزير و دولت را در ايالت سرحد شمال غربى برکنار نمود، انتخاب مجلس ايالتى را به تعويق انداخت و فرماندارى را به اين ايالت را تحميل کرد، اين اقدام به‌دنبال پيشنهاد بى‌نتيجه حزب مردم پاکستان در مورد رأى عدم اعتماد بر عليه مسلم ليگ پاکستان (گروه نواز) که ائتلاف را رهبرى مى‌کرد، انجام شد. حزب مردم پاکستان قدرت خود را بر دولت فدرال در اوايل مارس با به‌دست آوردن اکثريت در رقابت انتخاباتى سنا تحکيم کرد، گرچه کانديداى حزب حاکم نتوانست رياست سنا را به‌دست آورد. در اواخر آوريل يک عضو حزب مردم پاکستان به عنوان سروزير دولت ايالتى در ايالت سرحد شمال غربى انتخاب شد، اتحاد مخالفان اين اقدام را تحريم کرد. در اوايل مه ۱۹۹۴ حدود ۲۰ نفر در خشونت‌هاى قومى‌، که بنا به پاره‌اى از گزارشات به حزب نهضت قومى مهاجر الطاف نسبت داده شد در کراچى کشته شدند. ارتش براى اعاده نظم در حيدر آباد و سرکور به‌کار گرفته شد. در ۱۹ ژوئن اعضاءِ عالى‌رتبه نهضت قومى مهاجر (شامل الطاف حسين رهبر حزب) به ۲۷ سال حبس به اتهام تروريسم محکوم شدند. وى به لندن رفت.