نظام حقوقى اين کشور کلاً برحقوق عرفى انگليس مبتنى است. قوه قضائيهٔ مرکزى از ديوان‌عالى پاکستان، چهار محکمهٔ عالى ايالتى (هر کدام براى يک ايالت)، دادگاه‌هاى بخش و بدوى در سطح بخش‌ها، و محاکم صلح روستا‌ها تشکيل يافته است. ديوان‌عالى مرجع اصلى استيناف و صدور رأى نهائي، و نيز مرجع ذى‌صلاح براى قضاوت و صدور رأى در دعاوى ما بين حکومت فدرال و حکومت‌هاى ايالتى يا ميان خود حکومت‌هاى ايالتي؛ به‌حساب مى‌آيد.


قاضى القضات توسط رئيس جمهور وساير دادگاه عالى مرکزى پس از مشورت با قاضى القضات قبلى تعيين مى‌شود. قاضى القضات و قضات دادگاه‌هاى عالى و استانداران ايالت تعيين مى‌شوند. مطابق قانون اساسى سال ۱۹۷۳ مى‌بايست قوه قضائيه از سال ۱۹۷۵ به بعد از قوه مجريه تفکيک مى‌گرديد. شوراى عالى قضائي کشور، به عنوان حافظ استقلال و تماميت قوهٔ قضائيه، حق دارد قضات را توبيخ و تأديب کند يا کلاً نظام قضايى کشور را مورد اخطار و تذکار قرار دهد. شوراى مزبور مرکب است از قاضى القضاء، دو تن از ارشدترين قضات ديوان‌عالى کشور و قضات اعظم محاکم عالى ايالتي.


تا زمان برچيده شدن حکومت نظامى در ۳۰ دسامبر ۱۹۸۵، پاکستان ۳ نظام حقوقى يا قضائى متمايز در جوار يکديگر معمول بود: يک نظام مدنى مبتنى بر حقوق انگلوساکسون؛ يک نظام اسلامى که از طريق محاکم شرع (يا شريعت) و براساس فقه اسلامى اداره مى‌شد؛ و يک نظام قضائى نظامى که از طريق دادگاه‌هاى نظامى و برپايهٔ مقررات گوناگون حکومت نظامى عمل مى‌کرد. برخى معتقدند حدود ۳۵۰ زندان خصوصى در ايالت سند پاکستان وجود دارد که متعلق به اربابان و زمين‌داران بزرگ است. وجود چنين زندان‌هايى در پاکستان يادگار دوران گذشته است که با وجود تغيير شرايط اجتماعى و تحول سيستم اداره سياسى و قضايى اين کشور، هنوز برخى مناطق وجود دارد.


در سال ۱۹۹۶ مأموران کميسيون حقوق بشر پاکستان دو زندان خصوصى در ايالت سند پاکستان کشف کردند که در آنها بيش از ۱۴۰ زندانى نگهدارى مى‌شدند. اين دو زندان توسط اربابان و فئودال‌ها ساخته شده بودند و در آن عمدتاً کشاورزان و خانواده‌هاى آنان که با اربابان خود مخالفت کرده بودند، نگهدارى مى‌شدند. يکى از زندانيان آزاد شده گفته است که وى و همراهانش ۲۲ سال گذشته را در شرايط بسيار سخت در زندان يک فئودال بسر برده‌اند و از کمترين امکانات برخوردار بوده‌اند.


محکومين قوه قضائيه در زندان‌هاى دولتى نگهدارى مى‌شوند. گزارش‌هائى در مورد زندان‌هاى خصوصى وجود دارد.