در جريان برگزارى نهمين اجلاس کميسيون مشترک اقتصادى ايران و پاکستان در ارديبهشت ۱۳۷۴ (مه ۱۹۹۵) يک موافقت‌نامه حمل و نقل دريائى به امضاء رسيد. اين موافقت‌نامه شرايط بهره‌بردارى طرفين از بنادر يکديگر، ترتيبات خطوط کشتى‌رانى و خدمات مورد نياز براى عمليات حمل و نقل دريائى بين دو کشور را مشخص مى‌کند. اين موافقت نامه پس از تصويب مجلسين دو کشور قابل اجراء خواهد بود. در جريان مذاکرات مقامات دو کشور همچنين طرفين درباره راه‌اندازى کشتى‌رانى مشترک با زمان‌بندى سه ماهه به تفاهم رسيدند.

در اين اجلاس دو طرف فهرست کالاهاى قابل صدور خود را مبادله نمودند. طرفين توسعه و در عين حال کنترل تجارت مرزى را مورد تأکيد قراردادند. طرف ايرانى در تأمين سرمايهٔ سهام پالايشگاه ايران - پاک پيشنهاد کرد که ميزان خريد نفت خام از ايران افزايش يافته و يا نفت کوره به پاکستان صادر نمايد.

آقازاده وزير نفت ايران به اسلام‌آباد در ژوئن ۱۹۹۵ (خرداد ۱۳۷۴) سفر کرد و پس از مذاکرات طولانى در مورد احداث پالايشگاه دو کشور در محورهاى بازاريابي، تأمين منابع مالي، ايجاد يک شرکت مشترک و نحوه ساخت پالايشگاه تفاهم‌هاى نهائى به‌دست آمد. به‌دنبال مطالعات فنى و مشخص شدن مقدار نياز پاکستان به گاز، در گفتگوهاى دو طرف در مورد ايجاد کنسرسيومى براى سرمايه‌گذارى در طرح احداث خط لوله گاز از منابع گاز در خليج فارس تا کراچى نيز پيشرفت‌هائى به‌دست آمد. در مورد پالايشگاه پيش بينى شده است که بيست درصد هزينه از سوى ايران و پاکستان به صورت نقدى و هشتاد درصد ديگر نيز از طريق اعتبار تأمين شود. ظرفيت اين پالايشگاه ۱۲۰ هزار بشکه در روز خواهد بود.

پروژه انتقال گاز ايران به پاکستان به طول ۱۸۰۰ کيلومتر بوده و قراراست با اجراء آن ايران روزانه ۴۰ ميليون متر مکعب گاز طبيعى در اختيار پاکستان قراردهد، ۴ تا ۵/۴ ميليارد دلار هزينه در بر خواهد داشت و پيش بينى مى‌شود بخش اعظم آن با کمک مالى بين‌المللى تأمين شود.

وزير نفت پاکستان در اکتبر ۱۹۹۵ (مهر ۱۳۷۴) براى مذاکره در مورد خط لوله گاز و پالايشگاه به ايران آمد.

شرکت‌هاى بنياد مستضعفان و جانبازان در حال حاضر اجراء چند طرح اقتصادى از جمله طرح تصفيه گاز در منطقه سوئى در ايالت اسفالت خيابان‌هاى کراچي، لوله‌کشى گاز بين شهرهاى مولتان و ديرغازى‌خان بزرگراه ميان سواب و کلات در ايالت بلوچستان را به عهده دارد. طرح توسعه فرودگاه سند پاکستان نيز در اوايل ژانويه ۱۹۹۶ (۱۸ دى ۱۳۷۴) با حضور رئيس بنياد آغاز شد. برقرار است موافقت‌نامه نهائى درباره شروع به‌کار کارخانجات نساجى پاک- ايران در ايالت بلوچستان پاکستان امضاء شود.

عمليات ساخت پالايشگاه نفت ايران و پاکستان از اوايل ۱۹۹۶ (ارديبهشت ۱۳۷۵) آغاز خواهد شد. انتظار مى‌رود اين پالايشگاه در سال ۱۹۹۸ به‌بهره‌بردارى رسد و توليدات آن در بازار پاکستان مصرف خواهد شد. مطابق توافق به‌دست آمده قرار است نيمى از تجهيزات مورد نياز پالايشگاه مذکور خواهد شد. مطابق توافق به‌دست آمده قرار است. نام پالايشگاه نفت پاکستان و ايران به دليل فشارهاى آمريکا عليه سرمايه‌گذارى ايران در طرح‌هاى اقتصادى پاکستان به پالايشگاه نفت بلوچستان تغيير يافت.

آقازاده وزير نفت ايران در ۲۰ اوت ۱۹۹۶ براى امضاء يک موافقت‌نامه در مورد ايجاد يک پالايشگاه يک ميليارد دلارى در پاکستان به اسلام‌آباد رفت. اين پالايشگاه که داراى ظرفيت ۱۲۰ هزار بشکه در روز خواهد بود در شهر بندرى کراچى واقع در درياى عمان ايجاد خواهد شد. وى همچنين در اين سفر يک ‌موافقت‌نامه در مورد خط لوله‌، مسيريابى و تعيين هزينه انتقال گاز ايران به پاکستان امضاء نمود.

از ۱۶ نوامبر به مدت هشت روز بزرگ‌ترين اختصاصى جمهورى اسلامى ايران بعد از پيروزى انقلاب اسلامى با حضور صد شرکت توليدي، صنعتى و خدماتى در بندر کراچى پاکستان برگزار شد.

ايران و پاکستان در ۲۲ ژانويه ۱۹۹۷ (۳ بهمن ۱۳۷۵) يک يادداشت براى به اجراء گذاردن قرارداد خريد و فروش بولدوزر ايران و خريد نيشکر از پاکستان امضاء کردند. براساس اين توافق ۴۸۶ دستگاه بولدوزر ساخت ايران که قرارداد فروش آن حدود يک سال پيش امضاء شده بود در مرحله نخست تحويل پاکستان خواهد شد. طرف پاکستانى نيز آمادگى خود را براى ساخت کارخانه نيشکر در ايران براساس پروژه ميان آب اعلام کرد. در اين يادداشت تفاهم همچنين موضوع مطالبه‌هاى معوقه شرکت‌هاى ايرانى مورد توجه قرار گرفت و طرف پاکستانى پذيرفت که اين مطالبه‌ها را ظرف يک مدت پرداخت کند . ميزان اين مطالبه ۴۰۰ ميليون روپيه (بيش از ۴ ميليارد ريال) است.

در دهمين اجلاس کميسيون مشترک اقتصادى دو کشور در تير ماه ۱۳۷۶ مقرر گرديد که دو کارخانه بولان و لاسبلا که متعلق به شرکت نساجى ايران - پاک بود، از طريق مناقصه به فروش رسيده و مطالبات هر يک از طرفين پرداخت شود.

موارد اجراء از تفاهمات دهمين اجلاس کميسيون مشترک به اين قرار است: اولين جلسه کميته مشترک تجارى ميان دو کشور در آذر ۱۳۷۷ در تهران برگزار و منجر به امضاء سندى در خصوص برنامه همکارى‌هاى بازرگانى دو کشور شد. پيش‌نويس موافقت‌نامه اجتناب از اخذ ماليات مضاعف نهائى و امضاء شده است. کميته مشترک تجارى ميان اتاق‌هاى بازرگانى و صنايع زاهدان و کويته در تاريخ ۵ تير ماه ۱۳۷۷ تشکيل شد.

در يازدهمين اجلاس کميسيون مشترک اقتصادى که در ۱۳۷۸ (مه ۱۹۹۹) در اسلام‌آباد برگزار شد، نمايندگان دو کشور زمينه‌هاى مختلف همکارى‌هاى فى‌مابين را مورد بررسى قرار دادند. در سال ۱۳۷۸ (ژوئيه ۱۹۹۹) نيز طرفين يک يادداشت تفاهم براى توسعه همکارى‌هاى فرهنگي، آموزشى و تروريسم به امضاء رساندند. دومين اجلاس کميته تجارى و يازدهمين جلسه کميسيون مرزى ردر ۱۳۷۸ (سپتامبر ۱۹۹۹) در اسلام‌آباد و کويته برگزار شد.

در ارديبهشت ۱۳۷۹ آقاى حجتى وزير راه و ترابرى ايران جهت شرکت در اجلاس وزراى ارتباطات اکو به اسلام‌آباد سفر کرد. همچنين ژنرال مشرف در خرداد ۱۳۷۹ جهت شرکت در اجلاس سران کشورهاى عضو اکو به تهران آمد. معاونان چند وزارت‌خانه نيز براى حل و فصل مسائل اقتصادى به پاکستان سفر نمودند. يک هيأت از وزارت راه ترابرى در ارديبهشت ۱۳۷۹ با سفر به کويته اقدام به برگزارى اجلاس مشترک حمل و نقل جاده‌اى کرد. جاويد اشرف وزير ارتباطات پاکستان نيز در بهمن ۱۳۷۹ به منظور شرکت در سمينار حمل و نقل از طريق راه‌آهن به تهران سفر کرد. همچنين هيأت‌هاى اقتصادي، تجارى و صنعتى بين دو کشور مبادله شد.

توافق‌هائى در مورد طرح احداث خط لوله گاز از ايران به پاکستان و هند به عمل آمد. صادات نفت خام به پاکستان که از مرداد ۱۳۷۷ لغو شده بوده از اواسط سال ۱۳۷۹ از سرگرفته شد. همچنين طى قراردادى مقرر گرديد از اوايل خرداد ماه ۷۹ پاکستان ۱۰ درصد سنگ آهن وارداتى ار از ايران وارد نمايد.

مشکل دو کارخانه نساجى مشترک ايران و پاکستان نيز سرانجام با تأييد نتيجه حساب‌رسى مبنى بر تعيين يک ميليون دلار به‌عنوان مبلغ مورد مطالبه طرف ايرانى به معضل چند ساله در روابط اقتصادى دو کشور خاتمه داد. اين مبلغ در آبان‌ماه ۱۳۷۹ به بنياد مستضعفان مسترد گرديد.

از ارديبهشت ۱۳۷۹ واردات برنج از پاکستان نيز از سرگرفته شد. ميزان مبادلات تجارى و نفتى دو کشور افزايش يافت.