چهارمين اجلاس کميسيون مشترک اقتصادى ايران و پاکستان در مارس ۱۹۸۹ (اسفند ۱۳۶۷) در تهران تشکيل شد. در پايان اجلاس يادداشت تفاهمى به امضاء وزراى اقتصاد و دارائى دو کشور رسيد. در اين يادداشت دو کشور در مورد سطح ۴۰۰ ميليون دلار مبادلات تجارى و افزايش مبادلات غير نفتى توافق کردند. نهائى کردن قرارداد تعرفه‌هاى ترجيحى در چارچوب اکو، افزايش سطح مبادلات مرزى به ۱۰۰ ميليون روپيه در سال، خريد ۵۰ هزارتن برنج پاکستان و خريد ۲۰ هزار بشکه نفت از ايران، صدور اتوبوس به پاکستان راه‌اندازى قطار مسافربرى کويته - زاهدان، ارتقاء شوراى موارد مورد توافق در زمينه تجارت، نفت و حمل و نقل محسوب مى‌شود. در زمينه مسائل اقتصادى و مالى دو کشور پيرامون تبادل اسناد و اوراق گمرکي، يکسان نمودن اسناد و فرم‌هاى گمرکي، ايجاد گمرک خانه در برخى از نقاط مرزى دو کشور، همکارى‌ در زمينه جلوگيرى از قاچاق، راه‌اندازى مجدد کارخانجات نساجى پاک- ايران، معافيت ماليات بر درآمد ناشى از معافيت کشتى‌هاى دو کشور در آب‌هاى بين‌المللي، توافق کردند. آموزش متخصصين صنايع ماهى‌گيرى ايران در پاکستان، مبادله اطلاعات در زمينه ماهى و پرورش ميگو و ديگر تجربيات دامى و کشاورزي، همکارى در زمينه سيمان و صنايع سنگين، صنايع کشتي، صنايع مس و از جمله موارد مورد توافق دو کشور بود.


براساس همين يادداشت تفاهم در زمينه همکارى‌هاى فرهنگى و علمى پيرامون همکارى‌هاى خبرى‌ و راديو تلويزيون توافقاتى انجام شد. همکارى دانشگاه‌هاى دو کشور در زمينه بهبود تحقيقات و همکارى‌هاى مشترک مورد موافقت‌ قرار گرفت.


در مذاکرات پيمان‌هاى اقتصادى بين سه کشور ايران، ترکيه و پاکستان در نيمه ژوئيه ۱۹۸۹ (تير ۱۳۶۸) در تهران اولين گردهمائى سازمان‌هاى هواپيمائى سه کشور با حضور مديران عامل شرکت‌هاى هواپيمائى تشکيل گرديد. و طى اين مذاکرات پيرامون مسائل مختلف همکارى‌هاى اقتصادى بين سه کشور بحث و تبادل نظر شد و مواردى به تصويب رسيد. از آن جمله همکارى‌هاى مشترک حمل و مسافر و بار، همکارى‌هاى مشترک فنى و نيز عمليات پروازي، آموزش گارد پرواز اعم از خلبان، کمک خلبان و مهندس پرواز و استفاده از امکانات طرفين در ايستگاه‌هاى مختلفى که سه شرکت پرواز دارند، تشکيل مرکز تهيه غذاهاى اسلامى براى پروازهاى بين‌المللى و استفاده از صنعت کامپيوتر به‌طور مشترک را مى‌توان نام برد.


در ژوئيه ۱۹۸۹ (تير ۱۳۶۸) پس از چهار روز بحث و مذاکره بين دو کشور سرانجام شرکت نساجى پاک ايران (پروژه مشترک ايران و پاکستان) به‌دليل زيان انباشته بسيار بالا منحل شد. پس از مذاکرات پروتکل جديدى ميان دو کشور در تهران به امضاء رسيد که براساس آن شرکت سابق پاک- ايران منحل شده و شرکت جديد نساجى با سرمايه‌گذارى مشترک دو کشور، کارخانجات سابق را خريدارى جديدى در شهرهاى کويته و کراچى پاکستان احداث کنند.


در آوريل ۱۹۸۹ (۱۳۶۸) اعلام شد که دو کشور ايران و پاکستان براى سرمايه‌گذارى مشترک جهت احداث کارخانه‌هاى سيمان در ايران کميته‌اى را تشکيل خواهند. داد. دو کشور موافقت‌ کردند که جهت تکنولوژى و فراهم آوردن ماشين آلات و استفاده از خدمات مشورتى با يکديگر همکارى داشته باشند.


براساس موافقت‌نامه‌اى که در پى سفر وزير نفت پاکستان در مه ۱۹۸۹ (ارديبهشت ۱۳۶۸) به ايران امضاء شد، ايران روزانه ۲۰ هزار بشکه نفت در اختيار پاکستان قرار مى‌دهد و در مقابل کالا دريافت مى‌کند.


در ديدار وزير امور اقتصادى و دارائى ايران با وزير نفت پاکستان د رمه ۱۹۸۸ افزايش حجم روابط اقتصادى طرفين مورد بررسى قرار گرفت. در اوت ۱۹۸۹ (مرداد ۱۳۶۸) در ديدار وزير کشاورزى پاکستان از ايران يادداشت تفاهمى در زمينه همکارى‌هاى کشاورزى بين دو کشور امضاء شد.


در سال ۱۹۹۰ در پى سفر معاون سياسى - امنيتى استاندارى سيستان و بلوچستان ايران به پاکستان دربارهٔ ايجاد بازارچهٔ مرزى مشترک ايران و پاکستان در مرز ميرجاوه توافق شد و برقرار شد بازارچه‌هاى مشابه ديگرى نيز به تدريج در نقاط مختلف مرز دو کشور از جمله در بيشين، کمک‌ و جالق داير شود.


در سال ۱۹۹۱ (۱۳۷۰) وزير نفت ايران به پاکستان رفت. در اين سفر توافق اصولى براى احداث پالايشگاهى در بندر قاسم و صدور نفت و گاز به پاکستان به‌عمل آمد. در همين سال دو کشور در مورد دو برابر کردن حجم مبادلات بازرگانى به بالاتر از سطح ۲۲۶ ميليون دلار، همکارى‌هاى انرژى و حمل و نقل و ارتباطات توافق کردند. اجلاس سران کشورهاى عضو اکو در همين سال در تهران تشکيل شد.


در سال ۱۹۹۲ (۱۳۷۱) وزير کشاورزى ايران به پاکستان رفت و وزير ارتباطات پاکستان از ايران ديدار نمود و توافق‌هائى به عمل آمد.


در اجلاس هماهنگى نوامبر ۱۹۹۳ (۷ آذر) ميان ايران و پاکستان براى بررسى روند اجراءِ مفاد هفتمين اجلاس کميسيون مشترک اقتصادى دو کشور، محمد معزالدين معاون امور اقتصادى وزير راه و ترابرى ايران گفت: با توجه رضايت دو طرف از مثبت بودن مطالعات اقتصادى طرح مشترک احداث پالايشگاه نفت در ايالت سند پاکستان اميد مى‌رود که اين طرح در آينده تحقق پذيرد. اين پروژه با هزينه‌اى بيش از يک ميليارد و دويست ميليون دلار و با ظرفيت تصفيه روزانه صد و بيست هزار بشکه نفت احداث خواهد شد.


در ديدار بى‌نظير بوتر در دسامبر ۱۹۹۳ از ايران راه‌هاى توسعه همکارى دو کشور همسايه، مسائل جهان اسلام، طرح‌هاى انتقال گاز به پاکستان، اتمام راه‌آهن کرمان به زاهدان، احداث پالايشگاه در پاکستان، همکارى مشترک در زمينه فعال کردن کارخانه نساجي، همکارى نيروهاى مرزى دو کشور به منظور مبارزه با قاچاق مواد مخدر مورد بحث قرار گرفت.


ميزان هزينه برآورد شده براى احداث خط لوله انتقال گاز ايران به پاکستان چهار تا ۵/۴ ميليارد دلار اعلام شد. طول لوله کشى طرح انتقال گاز ۱۱۷۰ مايل خواهد بود که ۷۱۰ مايل در ايران خواهد بود. اين خط لوله پس از بهبود روابط پاکستان با هند، به هند گاز خواد داد. بانک جهانى و بانک توسعه آسيائى در اجراءِ پروژه گاز کمک خواهند کرد. ايران براساس اين موافقت‌نامه روزانه ۴۰ ميليون متر مکعب گاز طبيعى براى پاکستان تأمين خواهد کرد. يادداشت تفاهم اجراء اين پروژه در سفر بى‌نظير بوتر به ايران در دسامبر ۱۹۹۳ امضاء شد.


در سفر رئيس جمهور پاکستان به ايران فاروق احمدخان لغارى در سپتامبر ۱۹۹۴ (شهريور ۱۳۷۳) نيز برتداوم همکارى در تأسيس يک پالايشگاه نفت در پاکستان تأکيد شد و احداث خط لوله انتقال گاز چند منبعى و قابل استفاده براى چندين کشور مصرف کننده مورد احداث خط لوله چند منبعى و قابل استفاده براى چندين کشور مصرف کننده مورد بررسى قرار گرفت. همچنين در جهت افزايش تجارى دو جانبه پيشنهادهاى خاصى مورد توافق واقع شد.


وزير نفت و منابع طبيعى پاکستان از اوايل ۱۹۹۵ (بهمن ۱۳۷۳) ضمن سفر به ايران پروژه مشترک احداث خط لوله گاز ايران به پاکستان را به امضاء رساند.