در زمينه حمايت از فلسطين پاکستان خواهان حق تعيين سرنوشت ملت فلسطين است.


در سطح بين‌المللى نيز از مواضع مردم فلسطين حمايت و دفاع نموده است و تاکنون از برقرارى هر نوع رابطه رسمى با اسرائيل خوددارى کرده است. گرچه ضياءالحق در ۱۹۸۵ خواستار به رسميت شناخته شدن اسرائيل از سوى سازماان آزادى‌بخش فلسطين شد.


در اوايل سال ۱۹۹۴ شيمون پرز وزير امور خارجه وقت اسرائيل در مورد برقرارى روابط ديپلماتيک با پاکستان ابزار تمايل کرد. وى گفت سه سال قبل نيز براى برقرارى روابط پاکستان تلاش کرده بود ولى نتيجه‌اى نداشت.


در اواخر سال ۱۹۹۴ يک ژنرال اسرائيلى اعلام کرد که احتمال دارد اسرائيل در سال ۱۹۹۵ به تأسيسات هسته‌اى ايرانى حمله نظامى کند، اين تهديد به‌شدت از طرف مطبوعات و برخى از احزاب پاکستان محکوم شد.


وزير خارجه پاکستان در اکتبر ۱۹۹۵ اعلام کرد که در صورتى که روند به اصطلاح صلح خاورميانه به پايان برسد و شوراى همکارى خليج فارس نيز اسرائيل را به رسميت بشناسد، اسلام‌آباد نيز چنين اقدامى را انجام خواهد داد. اين اظهارات با مخالفت شديد رهبران احزاب مذهبى پاکستان روبه‌رو شد. بوتر نخست وزير به‌دنبال آن اعلام کرد پاکستان تنها از توافق ساف و تل‌آويو استقبال کرده و آن را يک گام کوچک به جلو مى‌داند.


پاکستان در اوايل دسامبر ۱۹۹۵ اعلام کرد هيچ قصدى براى شناسائى رژيم صهيونيستى ندارد و در اين زمينه از تصميم‌ها و سياست‌هاى سازمان کنفرانس اسلامى پيروزى مى‌کند. قائم مقام وزارت خارجه پاکستان گفت: موضعى اسلام‌آباد اين است که رژيم صهيونيستى بايد سرزمين‌هاى اشغالى و بيت‌المقدس را تخليه و به مسلمانان بازگرداند.


وزير امور خارجه پاکستان گفت: پاکستان تنها پس از برقرارى صلحى جامع در خاورميانه شناسائى رژيم صهيونيستى را مد نظر قرار مى‌دهد. وى گفت ياسر عرفات رهبر ساف به پاکستان توصيه کرده است تا برقرارى صلحى فراگير در منطقه از شناسايى رژيم صهيونيستى خوددارى کند.


در اوت سال ۲۰۰۰ ياسر عرفات رئيس منطقه خودگردان فلسطين با ژنرال پرويز مشرف در اقامتگاه رئيس ستاد نيروى زمينى در راولپندى ملاقات کرد. ياسر عرفات رئيس اجرائى پاکستان را در جريان علل شکست مذاکرات اعراب و اسرائيل قرار داد. پرويز مشرف به وى اطمينان داد ما حمايت از اجراءِ قطع‌نامه‌هاى سازمان ملل متحد براى تخليه سرزمين‌هاى اعراب و خروج نيروهاى اسرائيل از سرزمين‌هاى اشغالى را ادامه مى‌دهيم و به هيچ وجه از حمايت وطن آزاد براى فلسطينى‌ها دست نخواهيم کشيد. ياسر عرفات گفت: حمايت ملت پاکستان از آرمان فلسطين باعث دلگرمى و تقويت ماست.