مذاکرات نمايندگان طالبان و شوراى دفاع از افغانستان زير نظر نمايندگان سازمان ملل در امور افغانستان در يازده ژانويه ۱۹۹۷ در اسلام‌آباد بدون دستيابى به نتيجه‌اى مشخص پايان يافت.


در آستانه برگزارى انتخابات پاکستان در ۳ فوريه ۱۹۹۷ مرزهاى افغانستان با اين کشور براساس توافق اسلام‌آباد با گروه طالبان حداقل براى مدت ۱۵ روز مسدود شد. در اواخر مه ۱۹۹۷ به‌دنبال پايان مقاومت اتحاد شمال و فرار ژنرال دو سيستم به ترکيه دولت پاکستان طالبان را به عنوان دولت قانونى در افغانستان به رسميت شناخت.


يک هيأت از مقامات عالى‌رتبه مجاهدين افغانى به رهبرى برهان الدين ربانى براى بحث و مذاکره با مقامات پاکستان در نيمه دوم دسامبر ۱۹۹۷ به اين کشور آمدند. در ۲۸ دسامبر ملاعمر با پيشنهاد در مورد مذاکره بين گروه‌هاى افغانى موافقت کرد ولى اين مذاکرات نتيجه‌اى نداشت.


در ۱۴ فوريه ۱۹۹۸ پاکستان تصميم گرفت. از ورود کالاهايى که تحت عنوان موافقت‌نامه تجارى ترانزيت وارد مى‌کرد به دليل از دست دادن پنج ميليارد در قاچاق کالا جلوگيرى نمايد. در ۲۴ مارس ۱۹۹۸ تعدادى از رهبران براى حل مسائل افغانستان با نوازشريف در اسلام آباد ملاقات کردند.


ابراهيمى فرستاده ويژه سازمان ملل به افغانستان در ۴ آوريل ۱۹۹۸ در تهران گفت: مسئله افغانستان بدون همکارى پاکستان و ايران ممکن نيست.


وزير خارجه افغانستان در ۳۱ مه ۱۹۹۸ به‌دنبال انفجارهاى اتمى آزمايشى هند و پاکستان گفت که افغانستان معتقد است که آزمايش اتمى پاکستان نه تنها موازنه را در منطقه تغيير داده بلکه اين تغييرات به نفع جهان اسلام بوده است. در ۷ ژوئيه ۱۹۹۸ هيأت‌هائى از مقامات پاکستانى و ايرانى براى حل مسئله افغانستان به آن کشور سفر کردند.


پاکستان در مورد افزايش تنش در مرزهاى ايران افغانستان در ۷ سپتامبر ۱۹۹۸ ابزار نگرانى کرد و از دو کشور خواست که به حل مسئله بپردازند. در ۱۰ سپتامبر سخن‌گوى وزارت خارجه پاکستان به خبرنگاران گفت که پاکستان با تشکيل يک هيأت حقيقت ياب که از ايران، سازمان ملل و افغانستان تشکيل شده و در جستجوى ديپلمات‌هاى گمشده ايرانى پس از حمله اوت ۱۹۹۸ به سرکنسولگرى ايران در مزار شريف مى‌باشد، موافقت کرده است.


وزير خارجه افغانستان در ۲۹ سپتامبر براى بحث در مورد مشکلات اين کشور به پاکستان سفر کرد.


ابراهيمى فرستاده ويژه ملل در امور افغانستان در ۹ اکتبر ۱۹۹۸ به اسلام‌آباد آمد تا در مورد درگيرى ايران و افغانستان و همکارى پاکستان با سازمان ملل بحث نمايد. ابراهيمى در ۱۹ دسامبر مذاکرات جداگانه‌اى با وزير خارجه پاکستان و هيأت طالبانى در اسلام آباد داشت.


ابراهيمى در ۲۳ فوريه ۱۹۹۹ مذاکراتى را با نمايندگان گروه ۲+۶، اتحاديه اروپا، کميسيون اروپا و ژاپن در اسلام‌آباد در مورد حل و فضل اختلافات افغانستان داشت.


در ژوئيه ۱۹۹۹ اجلاس ۲+۶ در تاشکند برگزار شد که به رغم تلاش‌هاى به‌ عمل آمده نتيجه‌اى از اين اجلاس براى حل مسئله افغانستان به‌دست نيامد. بعد از اجلاس طالبان عمليات اصلى خود را شروع کرد. ابراهيمى چند روز قبل از شروع عمليات در کابل اقامت داشت وى پس از آن از حل مسئله افغانستان نااميد شد و از سمت خود استعفاء داد.


هيأتى از طالبان در ۱۹ اوت ۱۹۹۹ به دوشنبه رفت تا با ميانجيگرى مقامات تاجيکستان و پاکستان با ديگر گروه‌هاى افغانى مذاکره نمايد. رد ۲۴ اوت سرتاج عزيز وزير خارجه وقت پاکستان با ملامحمد حسن آخوند وزير امور خارجه افغانستان ديدار و در مورد همکارى دو جانبه بحث نمود.


در همين ماه هئيت صلح ويژه‌اى به رياست ميهمند قائم وزير کشور وقت پاکستان تشکيل شد و مذاکرات متعددى با دو طرف درگير در مسئله (طالبان و اتحاد شمال) انجام داد ولى اين مذاکرات نيز نتيجه‌اى در بر نداشت.


پس از کودتاى نظامى در پاکستان در ۱۲ اکتبر ۱۹۹۹ ژنرال مشرف اعلام کرد که از دولت نماينده‌ در افغانستان را با همکارى و تفاهم ايران و حل و فضل نمايد.


در ۱۸ ژانويه ۲۰۰۰ فضل محمد فيضان معاون وزير تجارت طالبان در کابل گفت که پاکستان چندين سال که اجازه ورود ميليون‌ها دلار کالا از بندر کراچى را داده بود و اين مسئله مهمى براى افغانستان بود تجار افغانى کمک مى‌کرد تا تجارتشان را توسعه دهند.


وکيل احمد متوکل وزير خارجه افغانستان در ۲۴ ژانويه جلسه‌اى با عبدالستار وزير خارجه پاکستان در اسلام‌آباد داشت. در اين جلسه در مورد مسائل مختلف از جمله مسائل منطقه تجارت ترانزيت، قاچاق مرزى و همچنين راه‌ها و وسايل افزايش همکارى تجارى بحث کردند. در اين ديدار عبدالستار از طالبان خواست که با گروه‌هاى اتحاد شمال افغانستان مذاکره نمايد. هنوز ممنوعيت ورود کالا تحت عنوان تجارت ترانزيت مشرف از تهران گذاشت در اين سفر ايران موافقت کرده بود که با پاکستان در زمينه تقويت روند صلح در افغانستان همکارى نزديک داشته باشد.


در اول فوريه ۲۰۰۰ در طى ديدار ژنرال مشرف با رئيس شوراى افغانستان با توسعه همکارى افغانستان با پاکستان در جلوگيرى از قاچاق کالاهاى وارداتى موافقت کرد. تجارت ترانزيت آزاد افغانستان زيانبارى بر اقتصاد ملى پاکستان دارد.

روابط افغانستان و پاکستان پس از روی کار آمدن رژیم مارکسیستی و تجاوز شوروی

روابط افغانستان و پاکستان به‌ويژه پس از روى کار آمدن رژيم مارکسيستى در کابل و تجاوز شوروى به افغانستان تيره شد. پاکستان با ميانجى‌گرى ايران سعى داشت با داودخان روابط حسنه برقرار نمايد و از گرايش اين رژيم به شوروى جلوگيرى نمايد. اما اين سياست با به قدرت رسيدن تره‌کى در افغانستان شکست خورد.


با تجاوز شوروى به افغانستان در سال ۱۹۷۹ ميليون‌ها تن از مردم افغانستان به کشورهاى همجوار از جمله پاکستان پناهنده شدند. حدود سه ميليون نفر از اين پناهندگان در ايالت سرحد شمال‌ غربى پاکستان مستقر شدند و از اين جهت دولت پاکستان هزينه زيادى را متحمل گرديد. در طول اشغال دولت پاکستان همجوار خواستار خروج نيروهاى شوروى از افغانستان و بازگشت پناهندگان به کشورشان بود.


دولت‌هاى افغانستان و پاکستان در سال ۱۹۸۲ با مذاکرات غيرمستقيم از طريق نماينده دبيرکل سازمان ملل موافقت نمودند. چندين دور مذاکره در ژنو با شرکت وزراى خارجه پاکستان و افغانستان انجام شد. دولت افغانستان و شوروى را راه‌هاى مختلف پاکستان را تحت فشار قرار دادند تا براى حل مسئله افغانستان امتيازاتى بدهد. از اين جهت حملات متعدد به مناطق مرزى پاکستان در ايالت سرحد شمال‌ غربى انجام مى‌گرفت. در اوت و مارس ۱۹۸۴ اين حملات به اوج خود رسيد. در اوايل دسامبر ۱۹۸۴ اعلام گرديد که شبکه ضد هوائى پاکستان براى نخستين بار به سوى هواپيماهاى متجاوز افغانى شليک کردند و آنها را متوارى ساختند.


در ۱۹۸۵،۱۹۸۶،۱۹۸۷ در جريان مذاکرات ژنو بين پاکستان و افغانستان، طرفين با توافق با يکديگر در مورد مسئله جدول زمانى خروج نيروهاى شوروى از افغانستان گفتگو نمودند در آخرين دور از مذاکرات که در ۲۵ فوريه ۱۹۸۷ صورت گرفت، رژيم کابل ۱۸ ماه و پاکستان ۷ ماه براى اين منظور پيشنهاد کرد.


تشنجات مرزى در ماه‌هاى مارس و آوريل بين پاکستان و افغانستان تشديد شد. مجاهدين افغانى از مناطق شمالى پاکستان به‌ويژه شهرپيشاور به‌عنوان پايگاه فعاليتشان استفاده مى‌کردند. صدها تن از ساکنين مناطق مرزى پاکستان حملات هوائى و مجروح شدند. خرابکارى‌هائى هم در ايالت سرحد اين مورد انجام شد. در سال ۱۹۸۶ پاکستان با تجاوز هوائى به خاک افغانستان با اين اقدامات مقابله نمود. در سال ۱۹۸۸ پاکستان قرار داد ژنو را در مورد خروج نيروهاى شوروى از افغانستان امضاء نمود. اين قرار داد شامل چند موافقت‌نامه در مورد بازگشت داوطلبانه پناهندگانى افغانى از پاکستان بود.


پس از خروج نيروهاى شوروى از افغانستان در ۱۹۸۹ روابط دو کشور بهبود نسبى يافت. ولى هنوز مسئله وجود سه‌ميليون آواره افغانى و شکل آينده حکومت افغانستان مشکل دو کشور بود. پاکستان به حمايت خود از مجاهدان افغانى ادامه داد، در حالى که اين تهاجم دولت افغانستان را که درگيرى‌ها شرکت نظامى فعالانه دارد، و يا کانال ارسال تسليحات به آنهاست، رد مى‌نمود. پس از انتخاب خانم بوتر به مقام نخست وزيرى پاکستان برنامه حمايت از مجاهدان افغانستان طبق روال گذشته ادامه يافت. بى‌نظير بوتر به انجام تغييراتى در سازمان اطلاعاتى که در طول ده سال به فعاليت در افغانستان ژرداخته بود، اقدام کرد. ژنرال حميد گل رئيس سازمان اطلاعات پاکستان کنار گذاشته شد. برخى معتقدند اين اقدام به معنى کنارگذاشتن سياست ضياءالحق در افغانستان بود. انتقاد اصلى از ژنرال حميدگل اين بود که سهم عمده کمک‌هاى آمريکا به مجاهدان افغانى را به بنيادگرايان افغانى داده است. عده‌اى نيز معتقد بودند اخراج حميدگل با فشار آمريکا و به اين دليل صورت گرفته است که علتى براى شکست جلال‌آباد پيدا کنند.