در قرن يازدهم ميلادى سلطان محمود غزنوى اسلام را در قسمت علياى درهٔ سند مستقر کرد، با تهاجم‌هاى متعدد مولتان و سند را فتح نمود و سرزمينى که اکنون پاکستان و افغانستان ناميده مى‌شود، تحت اقتدار مسلمانان درآمد. غزنويان حدود ۲۰۰ سال حکومت نمودند و در قرن دوازدهم مناطقى را که امروز افغانستان ناميده مى‌شود، از دست دادند و حکومت ايشان به پاکستان فعلى محدود گرديد. محدودهٔ پاکستان در آن قرن تقريباً همان بوده که در حال حاضر است. پس از غزنويان، اسلام را تا منطقه گنک توسعه دادند. در سال ۱۱۹۳ ميلادى مسلمانان دهلى را گشودند و قبل از پايان قرن دوازدهم بنگال تحت سلطهٔ مسلمانان درآمد.


مغول‌ها در حملهٔ به شبه قارهٔ هند شکست خوردند و به دين اسلام گرويدند. سلطنت امپراتوران مسلمان سلسلهٔ تيموريان يا گورکانيان هند که در هند به عنوان مغول و مغول کبير نيز مشهور شدند در زمان اقتدار اکبر شاه اقتدار اکبر شاه (۱۶۰۵-۱۵۵۴) به اوج خود رسيد. و در قرن ۱۶ همه شبه قارهٔ هندوستان تحت نظر مسلمانان اداره مى‌شد. اکبر شاه در واقع بزرگ‌ترين سلطان عصر خويش به‌حساب مى‌آمد. در زمان وى بنگاله، کشمير و سند و قندهار و احمدنگر جزء قلمرو و سلسلهٔ سلاطين مسلمان تيمورى شد. وى دين التقاطى به نام دين الهى را از تقريب اديان اسلام و هندو به‌وجود آورد. در مقابل وي، شيخ احمد سرهندى نداى اسلام را بلند ساخت و نهضتى را در جهت تجديد و احياى اسلام برپا نمود.


اورنگ زيب در اعمال ضوابط و موازين اسلامى از هندوان جزيه گرفت. بعد از در گذشت وى در سال ۱۷۰۶ تجزيهٔ امپراتورى تيموريان تسريع گريد نادرشاه در سال ۱۷۳۹ محمد شاه گورکانى را در کرنال شکست داد و سپس دهلى را فتح نمود. پس از نادر، احمد شاه درانى ابدالى بخشى از قلمرو و تحت سلطنت نادر شامل افغانستان و پاکستان کنونى را تحت سلطهٔ خود قرار داد. وى مؤسس استقلال افغانستان شناخته مى‌شود. بحران سلطنت تيموريان در قرن ۱۸ ميلادى شدت يافت و اختلافات مسلمانان با هندوان افزايش يافت. مراتهه‌هاى هندى جنگجو براى احيا مذهب هندو نهضتى ايجاد نمودند و با مسلمانان به نزاع پرداختند. شاه تيمورى براى کاهش تنش، پيشواى مراتهه‌ها و نايب خود نمود. به‌تدريج تيموريان دست نشاندگان مراتهه‌ها شدند. شاه ولى‌الله محدث براى احياى اسلام و برترى مسلمين از احمد شاه درانى يارى خواست. وى نيز پذيرفت و با هجوم به مراتهه‌ها در پنجاب شرقى آنان را شکست داد. ولى احمد شاه در هند نماند و سلسلهٔ تيموريان نيز منقرض شد و پادشاهان آخر اين سلسله دست نشانده انگليس شدند.