اين کشور به سه منطقهٔ جغرافيايى اصلى تقيسم مى‌شود: ارتفاعات شمالي، جلگهٔ رود سند و فلات بلوچستان.


سه سلسله جبال بزرگ جهان يعنى هيماليا، قرار قروم و هندوکش در مناطق شمالى پاکستان با هم تلاقى مى‌کنند. تقريباً کليه مناطق شمالى و شمال غربى اين کشور از کوه‌هاى مرتفع پوشيده شده و اين کوه‌ها غالباً مشخص کننده مرزهاى بين‌المللى بين پاکستان، چين و افغانستان هستند.



بخش شمالى و مرزهاى غربى با افغانستان را سلسله جبال هندوکش تشکيل مى‌دهد. ارتفاع بيشتر اين مناطق بيش از ۲۵۰۰ متر، نيمى از آن بيش از ۴۵۰۰ متر و پنجاه قلعهٔ آن بيش از ۶۷۰۰ متر گذرگاه يا گردنهٔ خيبر در جنوب اين منطقه قرار دارد. در قسمت شمال کوه‌ها داراى شيب‌هاى تند، پرتگاه و دره‌هاى عميق هستند، درحالى‌که کوه‌هاى غربى ارتفاع کمترى دارند. هفت‌قله از ۱۶ قله مرتفع جهان در پاکستان واقع شده و در منطقه بلتستان به تنهائى بيش از ۴۵ قله که ارتفاع هر يک حدود ۶۰۰۰ متر است وجود دارد. در منطقه کيلگيت نيز ۲۴ قله با ارتفاع بين ۵۵۰۰ تا ۷۲۰۰ متر وجود دارد.


بزرگترين قله پاکستان که دومين قله مرتفع جهان نيز هست ک-۲ (۸۴۰۰ متر) نام دارد و در سلسله جبال قراقروم واقع است. دومين قله مرتفع پاکستان به نام تانگاپربت (۷۸۰۰ متر) در کوه‌هاى هيماليا قرار دارد. مرتفع‌ترين قله سلسله جبال هندوکش نيز تريچ ميرا با ارتفاع ۷۵۰۰ در منطقه مرزى پاکستان و افغانستان واقع شده است. سلسله جبال سفيد کوه با ارتفاع حداکثر ۴۷۶۱ متر در جنوب غربى مرز طبيعى پاکستان و افغانستان را تشکيل مى‌دهد. رشته کوه توبا ککار (Toba Kakar) (يا کهکر) با ارتفاع ۲۷۴۳ متر و سلسله جبال راس کوه (ٕRas Koh) در غرب کويته قرار دارد.


جلگه رود سند ايالت‌هاى پنجاب و سند را شامل مى‌شود و از حاصل‌خيزترين نواحى کشاورزى اين کشور مى‌باشد. در غرب جلگه رود سند کويرهاى تهل (Thal) و تهر (Thar) (يا کوير بزرگ هند (Indian Great Desert)) قرار دارند.


فلات بلوچستان منطقهٔ هموار و غير قابل کشتى به وسعت ۳۴۹،۶۵۰ کيلومتر مربع مى‌باشد که کوه‌هاى کم ارتفاعى نظير رشته کوه‌هاى مکران و سليمان در آن قرار دارند. (مرتضى اسعدي، جهان اسلام جلد دوم، تهران: مرکز نشر دانشگاهي، ۱۳۶۹، ص: ۲۳-۱۲۲).