جنگ جهانى دوم رنج‌هاى فراوانى براى هنديان مالايا ايجاد کرد و پايان جنگ آزادى محدودى براى آنها فراهم ساخت. قطع فعاليت‌هاى صنعت کائوچو در اثر اشغال کشور توسط ژاپنى‌ها، موجبات بيکارى گسترده‌اى را در ميان کارگران هندى فراهم ساخت. در طول جنگ ملى‌گرايان هندى به رهبرى سوبهاس چندرابوسى از سنگاپور به‌عنوان پايگاهى براى حمله به هند استفاده کرده و تعدادى از رهبران هندى - مالايا در آنچه ”جامعه مستقل هندي“ ناميده شد جمع شدند. با بازگشت بريتانيا در پايان جنگ اين رهبران هندى به اتهام همکارى با ژاپنى‌ها توقيف شدند.


نهرو در ۱۹۴۶ از مالايا بازديد کرد و در اثر اين سعى و مساعى و نيز تلاش‌هاى کنگره هند، هنديان توقيف شده و در ميان آنان ان.راج هاوان، جي.ا.تايوى و نيز دکتر ام.کي.لوک‌شوم ياه آزاد شدند. برخى از آنان ابتدا شروع به سازماندهى فعاليت‌هاى اصلاح‌گرايانه اجتماعى براساس تعليمات گاندى نموده و سپس يک حزب سياسى براى استقلال هند و نيز جلوگيرى از استفاده بيشتر هند به‌عنوان پايگاه امپرياليسم تأسيس کردند.


متعاقب بازديد نهرو، تلاش‌هائى براى احياء ”انجمن مرکزى هنديان مالايا“ که در ۱۹۳۶ بنيان نهاده شده بود آغاز شد و در ۱۹۴۶ نخستين کنگره هنديان مالايا تشکيل شده و جي.ا.تايوى به‌عنوان اولين رئيس آن انتخاب شد.


هدف اوليه کنگره از زمان استقلال هند در ۱۹۴۷ تا حدودى غيرضرورى بود و کنگره سعى در اتحاد هنديان مالايا نمود. ولى به هر حال از همان آغاز فشارهائى را از درون جامعه هنديان مالزيا تحمل کرده است.


در همان ايام ”انجمن هندى مالايا“ در کوالالامپور فعال بود. اين انجمن در ۱۹۳۲ توسط جي.وي.تاور تأسيس شد و سپس در ۱۹۴۷ مجدداً سازماندهى شدد تا رفاه هنديان مالايا را تأمين کند. تعداد اعضاء اين انجمن در ۱۹۵۷ به ۴۴۰۰۰ نفر رسيد. انجمن مشابهى هم در پنانگ در ۱۹۴۸ ايجاد شد که فقط هنديان پنانگ، و ايالات وليسلى و کداه در آن مى‌توانستند عضو شوند.


انجمن هندى مالايا هدف او تأمين رفاه هنديانى بود که مالايا را وطن دائم خود مى‌دانستند، در حالى‌که کنگره هنديان مالايا هدفى فراتر از اين دايره داشت و سعى در حفظ منافع هنديان ديگر مى‌کرد و بنابراين نفوذى به مراتب بيشتر در ميان هنديان داشت. کنگره در اولين سال تأسيس خود، ۳۲ شاخه ايجاد کرد.


کنگره در ۱۹۴۸ با شوراء اقدام مشترک پان مالائى پيوسته و سپس نام شوراى اقدام مشترک همه مالايا را انتخاب کردند که مخالف مذاکرات آنگلو - مالائى بود.


چند سال بعد هنگامى که دولت اصلاحات قانون اساسى را اعلام کرد، تنى چند از رهبران هندى مالايا سعى در ايجاد تغييراتى در جهت‌گيرى اجتماع خود شدند. در طوى کنگره ساليانه ۱۹۵۰، برخى از اعضاء درخواست نمودند به غير هنديان اجازه ورود به سازمان داده شود تا سازمان واقعاً مالايائى شود، ولى تقاضا رد شد. در ژانويه ۱۹۵۱ کميته مرکززى کنگره قطع‌نامه‌اى تصويب کرد که مبتنى بر باز شدن راه ورود براى غيرهنديان بود که توسط اجلاس سال بعد کنگره رد شد. نهايتاً در اکتبر ۱۹۵۲ کنگره تصميم گرفت عضويت غيرهنديان را هم بپذيرد.


موضع کنگره در مالايا و سياست‌هاى مالزى از آغاز دقيق بود. رهبران اصلى حزب نظير وي.تي.سامبانتان که از ۱۹۵۵ تا ژوئن ۱۹۷۳ رهبرى را عهده‌دار بود و نيز جانشين او به نام وي.مانى‌کاواساگام که رهبرى فعلى را نيز عهده‌دار است هرگز مشکل ويژه‌اى نداشتند زيرا شديداً براى فعاليت‌هاى خود به حمايت سازمان ملى مالاياى متحد وابسته بودند.


کنگره بدون هيچ‌گونه تعهد ايدئولوژيک از طرف خود از سياست‌ها و برنامه‌هاى سازمان، صرف‌نظر از رابطه آنها حمايت کرده است. به‌طور کلى اتحاد دولتى اجازه داده است تا کنگره سه کانديد در هر انتخابات پارلمانى داشته باشد و با حمايت اتحاد دولتى و سازمان معمولاً اين کانديداها انتخاب مى‌شوند. مع‌هذا اين توافق انتخاباتى کنگره را تبديل به عضو ضعيف و وابسته ائتلاف تبديل نموده است.