دو کشور بعد از کسب استقلال چندين بار با يکديگر اختلافاتى داشته‌اند. علت اين اختلافات بيشتر مربوط به روابط دو کشور با هند، اندونزى و چين کمونيست بوده است. سياست طرفدارى مالزى از هند در اختلافات و درگيرى مرزى چين و هند در اوايل دهه ۶۰ موجب نارضايتى پاکستان شد. همچنين سياست طرفدارى پاکستان از چين و طرفدارى از موضع اندونزي، در کوآلالامپور انعکاس خوبى نداشت. با پايان يافتن تخاصم بين اندونزى و مالزى در ۱۹۶۶ و نيز بهبود روابط مالزى با چين کمونيست مقدمات نزديکى و مصالحه بين دو کشور پاکستان و مالزى فراهم آمد.