غير از نبرد استقلال طلبانه اندونزيائى‌ها با نيروهاى استعمارى هلند در دهه ۱۹۴۰ ميلادي، تنها برخورد نظامى در سال‌هاى ۱۹۶۳ و ۱۹۶۴ با مالزى بود که مدت کوتاهى به طول انجاميد. علت بروز جنگ اختلاف بر سر مالکيت استان‌هاى صباح و ساراواک (واقع در شمال جزيره کاليمانتان - بورنئو -)بود. سوکانو مخالف الحاق اين دو ايالت به مالزى بود و عليرغم توافق قبلى دو کشور مبنى بر اتکاء به رأى مردم اين ايالات بدون اعتناء به نتيجه رأى‌گيرى با مالزى درگير شد. در اين جنگ مالزى از حمايت استراليا و انگلستان برخوردار بود و پس از مدت کوتاهى با ميانجى‌گرى کشورهاى ديگر و الحاق اين دو ايالت به مالزي، قضيه خاتمه يافت.


شايان ذکر است که اندونزى با دو کشور مالزى و گينه جديد پاپوا، در خصوص تعيين خط مرزى و نيز حاکميت بر جزاير سيپادان وليگيتان، اختلافاتى دارد که با تشکيل کميته مشترک مرزي، تلاش مى‌شود از طريق مسالمت‌آميز حل وفصل گردد.