سياست دفاعى اندونزى از زمان استقلال و پس از آسودگى خاطر نسبت به توسعه طلبى‌هاى قدرت‌هاى استعماري، مبتنى بر مفهوم دفاع کلى مردمى بوده است که طبق آن همهٔ شهروندان اندونزيائى مسؤوليت دفاع از کشور را بر عهده دارند (مضمون اصل ۳۰ قانون اساسى اندونزي). در دوره جنگ سرد نگرانى اصلى اندونزى گسترش کمونيسم در منطقه و تحرّک گروه‌هاى داخلى چپ‌گرا بود. تجربه کودتاى حزب کمونيست در سال ۱۹۶۵ و گسترش کمونيسم در هند و چين از عوامل اصلى پيدايى اين نگرانى بود. دولت همچنين بنيادگرايى اسلامى را تهديدى عليه امنيت کشور به حساب مى‌آورد. در ماه اکتبر ۱۹۹۵، کتاب سفيد دفاعي (Defence White Paper) اندونزى منتشر شد که در آن اندونزى به عنوان يک کشور دفاعى فعال (Active - Defensive State) معرفى شده است.

ناوگان دريايى گمرک

گمرک اندونزى نيز به لحاظ ارتباط کارى با ترافيک دريايي، داراى ناوگان محدودى شامل ۵۷ فروند از انواع مختلف از انواع مختلف قايق‌هاى گشتى (فرانسوي، آلمانى و اندونزيايي) است.

نيروى زمينى

نيروى زمينى با ۲۲۵،۰۰۰ نفر پرسنل مهمترين بخش نيروهاى مسلح اندونزى و عهده‌دار بيشترين مأموريت‌هاى اين نيروها است. سازمان اين نيرو شامل دو بخش مى‌باشد: ستاد نيروى زمينى و واحدهاى عملياتى منطقه‌اى نيرو. فرمانده کنونى (۱۹۹۵) نيروى زمينى ژنرال رادن هارتونو است.


نيروى هوائى

مأموريت اصلى نيروى هوائى دفاع از حريم هوايى کشور است. اين نيرو همچنين وظيفه دارد در مواردى مثل شورش‌هاى مسلحانه، مهاجرت‌هاى غيرقانونى و دزدى‌هاى دريائي، به کمک ديگر نيروهاى مسلح بيايد. وظيفه نظارت بر خطوط ساحلى و منافع ملى کشور در آب‌هاى ساحلى نيز بر عهده اين نيرو است.



نيروى هوائى داراى حدود ۲۷،۰۰۰ نفر پرسنل است که احتمالاً بيش از ۶۰۰ نفر آنها خلبان هستند حدود ۳۵۰۰ نفر آنها پرسنل غير نظامى نيز در حدود ۲۰ فرودگاه کشور را نيز بر عهده دارد و در ساير فرودگاه‌ها هم داراى واحدهاى مستقر مى‌باشد.

نيروى دريائى

مأموريت نيروى دريايى اندونزى حفاظت از آب‌هاى سرزمينى کشور است و فرمانده کنونى آن آدميرال کوسيوانتو مى‌باشد. اين نيرو داراى ۴۴،۰۰۰ نفر پرسنل (از جمله شامل ۱۲،۰۰۰ نفر تفنگدار) است. علاوه بر آن حدود ۱۰،۰۰۰ نفر در بخش تسليحات و تعداد زيادى نيز در فرماندهى حمل و نقل دريايى مشغول به کار هستند. نيروى دريايى شامل دو فرماندهى اصلى (ناوگان شرقى و ناوگان غربي) و داراى هشت پايگاه دريايى مى‌باشد.


پليس

نيروى پليس اندونزى تحت فرماندهى نيروهاى مسلح قرار دارد و در استان‌ها زير نظر استان‌داران انجام وظيفه مى‌کند. مأموريت اصلى نيروى پليس حفظ نظم و قانون در کشور است. نيروى پليس اندونزى داراى ۱۸۰ هزار نفر پرسنل مى‌باشد و تجهيزات مهم آن عبارت‌ است از: ۱۳ هلى‌کوپتر (از انواع Bell و BO-105) و ۵۲ قايق گشتى (ايتاليايي، ژاپنى و اندونزيايي) به اضافه تجهيزات مخابراتى و راديويي. پليس اندونزى در حال حاضر ژنرال بانور عثمان است.

آژانس ارتباطات دريائى

اين آژانس در سال ۱۹۸۷ تشکيل شد و وظيفه آن ، همانند واحدهاى گارد ساحلي، مراقبت از منطقه ويژه اقتصادى اندونزى است. اين آژانس داراى يک ناوگان کوچک شامل ۲۳ فروند از نوع مختلف قايق‌هاى گشتى (فرانسوي، آلماني، اندونزيايى ، ژاپنى و هلندي) است.