موقعيت مجمع‌الجزاير و تنوع قومى در اندونزي، زمينه بروز حرکت‌هاى جدائى طلب را فراهم مى‌آورد. دولت براى حفظ وحدت ملى و تماميت ارضى با چين حرکت‌هايى شديداً مقابله مى‌کند. سه جنبش مهم جدائى طلب در اندونزى در مناطق تيمور شرقي، ايريان جايا و آچه، فعال بوده و هر چند يکبار مشکلاتى را براى دولت جاکارتا پديد آورده‌اند.

تيمور شرقى

جزيره تيمور واقع در جنوب شرقى اندونزي، که به‌خاطر چوب صندل آن، شهرت دارد، از قرن‌ها پيش مورد تصرف نيروهاى استعمارگر پرتغالى و هلندى بود و در اواسط قرن نوزده ميلادى، بخش شرقى آن به تصرف پرتغال و بخش غربى آن در اختيار هلند قرار گرفت. پس از اعلام استقلال اندونزى (۱۹۴۵) و خلع يد از هلند (۱۹۴۹) تيمور شرقى کماکان در اختيار پرتغال بود در سال ۱۹۷۴ به‌دنبال بروز انقلاب ضدفاشيستى در پرتغال اين کشور وعده خروج از مستعمرات خويش را مطرح کرد و در همين سال پنج حزب سياسى در تيمور شرقى تشکيل شد که بعضى خواهان استقلال وبرخى ديگر مايل به الحاق به اندونزى با استراليا بودند. در اين ميان جبهه انقلابى براى استقلال تيمور شرقى يا فرى تيلين، که جريان چپ‌گرا و استقلال طلب بود، با ايجاد تحرّکاتى از ديگر احزاب پيشى گرفت.


با خروج نيروهاى پرتغالى از تيمور شرقى (۲۷ اوت ۱۹۷۵) جنگى داخلى ميان اين گروه‌ها در گرفت. و فرى تيلين تشکيل جمهورى دموکراتيک تيمور شرقي را اعلام کرد. (۲۸ نوامبر ۱۹۷۵). در پى اين حوادث، نيروهاى اندونزى وارد منطقه شده (۷ دسامبر ۱۹۷۵) و ضمن سرکوب استقلال طلبان فرى تيلين، الحاق تيمور شرقى را به اندونزى به عنوان بيست و هفتمين استان کشور اعلام کردند. با اين حال مقاومت‌هاى مسلحانه از سوى فرى تيلين ادامه يافت و تا پايان دهه ۱۹۷۰ ميلادى اين منطقه شاهد برخوردهاى نظامى و قحطى بود که باعث مرگ دهها هزار نفر شد.


دولت اندونزى با اتخاذ روش‌‌هاى گوناگون مثل توسعه اقتصادى منطقه عقب افتاده تيمور شرقى و گسترش برنامه‌هاى آموزشى - فرهنگى براى ايجاد همسانى فرهنگى ميان اهالى اين جزيره (که بيش از ۹۰ درصدشان کاتوليک و داراى فرهنگى متأثر از پرتغال هستند) با ديگر مناطق کشور تلاش نموده تا زمينه‌هاى نارضايتى داخلى را از بين برده و اعتراضات بين‌المللى را فرو نشاند. شايان ذکر است که سازمان ملل هنوز حاکميت اندونزى بر تيمور شرقى را به رسميت نمى‌شنايد و دولت پرتغال نيز از راه‌هاى گوناگون به‌دنبال استقلال آن است. کشورهاى غربى و محافل حقوق بشرى همواره دولت اندونزى را به‌خاطر سرکوب مخالفان تيمورى مورد اعتراض قرار مى‌دهند. براى مثال در پى کشتار تظاهرات ضد دولتى در ديلى (مرکز تيمور شرقي) در ۱۲ نوامبر سال ۱۹۹۱(حدود ۲۰۰ نفر کشته و زخمي)، اعتراضات بين‌المللى وسيعى عليه اندونزى آغاز شد و سه کشور کانادا، هلند و دانمارک، کمک‌هاى اقتصادى خود به دولت جاکارتا را به حال تعليق درآوردند.


دولت براى جبران اين حادثه، ۱۰ نفر از پرسنل ارتش را برکنار نمود و افراد متهم در حادثه را محاکمه کرد. در نوامبر سال ۱۹۹۲ نيروهاى نظامى اندونزى موفق به دستگيرى زانانا رهبر فرى تيلين شدند که پس از محاکمه وى را ابتدا به حبس ابد و سپس با تخفيف به ۲۰ سال زندان محکوم کردند (اوت ۹۳). اکنون خطر مقاومت‌هاى مسلحانه فرى تيلين به مقدار زيادى کاهش يافته ولى منطقه هر چند يکبار شاهد درگيرى ميان نظاميان و مخالفان محلى مى‌باشد. دولت اندونزى براى تثبيت حاکميت خود بر تيمور شرقى از شيوه‌هاى متعددى بهره مى‌جويد. مثل: تدارک سفر پاپ به تيمور شرقى (۱۹۸۹)، انعقاد قرارداد نفتى با استراليا براى بهره‌بردارى از منابع نفتى واقع در آب‌هاى تيمور شرقى (۱۹۹۱)؛ تشکيل گروه دوستى تجارى اندونزى و پرتغال، اجازه سفر تيمورى‌هاى طرفدار اندونزى به خارج و تشکيل نخستين دور گفتگوهاى فراگير ميان جناح‌هاى درگير در تيمور شرقى (موسوم به AETD) در اتريش (۱۹۹۵).


به‌طور کلى دولت اندونزى حرکت مسلحانه و استقلال طلب فرى تيلين را به رسميت نشناخته و با آن مقابله مى‌کند و نيز الحاق تيمور شرقى به اندونزى را اقدامى در جهت خواسته اکثريت مردم تيمور شرقى مى‌داند و لذا با برگزارى همه پرسى در اين منطقه مخالفت مى‌نمايد. همچنين تاکنون شش دوره مذاکره ميان وزراى خارجه اندونزى و پرتغال تحت نظر دبير کل سازمان ملل در کشورهاى مختلف انجام پذيرفته است که ششمين دور آن در ژنو (۱۹۹۵) بود، و قرار است دور هفتم اين مذاکرات در سال ۱۹۹۶ برگزار شود. هدف از اين مذاکرات دستيابى به راه حلى جامع براى پايان دادن به معضل تيمور شرقى مى‌باشد. شايان ذکر است که تيمورهاى مخالف دولت اندونزى نيز از فرصت‌هاى مختلف، مثل سفر به خارج يا سفر گروه‌هاى خارجى به تيمور شرقي، استفاده کرده و مخالفت خود با الحاق به اندونزى را اعلام مى‌کنند. براى مثال در سال‌هاى ۱۹۹۳ تا ۱۹۹۵ در هفت مورد مختلف، جوانان تيمورى با مراجعه به سفارت‌خانه‌هاى خارجى مقيم جاکارتا، درخواست پناهندگى از اين کشورها را نموده‌اند که اغلب نيز روانه پرتغال شده‌اند.