مالزى

عليرغم برخورد نظامى اندونزى و مالزى در سال‌هاى ۱۹۶۳ و ۱۹۶۴، روابط دو کشور در دوره سوهارتو بهبود يافته و حضور دو کشور در اتحاديه آسه‌آن، باعث تقويت اين رابطه شده است. تاکنون سفرهاى متعددى ميان مقامات دو کشور انجام گرفته و تمرينات مشترک نظامى نيز هر ساله برگزار مى‌شود. با اين حال بعضى از اختلافات حل نشده ميان اندونزى و مالزى وجود دارد مثل مهاجرت غيرقانونى کارگران اندونزيائى به مالزي، تعيين خط مرزى در کاليمانتان و مهم‌تر از همه حاکميت بر جزاير سيپادان وليگيتان. اين دو جزيره کوچک در شرق کاليمانتان و روبه‌روى خط مرزى در کشور قرار دارند و به‌دليل وجود ابهام در اسناد تاريخى به‌جاى مانده از دولت‌هاى استعمارى هلند و انگلستان و نيز اختلاف دو کشور بر سر ملاک‌هاى تعيين حق حاکميت، تبديل به موضوعى اختلاف‌انگيز شده‌اند. دو کشور تلاش دارند از طريق کميسيون مشترک مرزى و مذاکرات ادوارى دوجانبه اين اختلاف را حل کنند، هرچند که هر دو بى‌ميل نيستند تا از راه‌هاى ديگر ميز براى تثبيت حاکميت خود استفاده نمايند.

گينه جديد پاپوا

روابط اندونزى با گينه جديد پاپوا، از ديرباز به‌خاطر تحرکات جنبش جدايى طلب پاپواى آزاد در منطقه دو کشور دچار تيرگى بوده است. در سال ۱۹۸۶ معاهده دوستى و همکارى و در سال ۱۹۸۷ يک موافقت‌نامه مرزى ميان دو کشور به امضاء رسيد. در سال ۱۹۹۰ رهبر جدايى طلبان (OPM) در گينه جديد پاپوا دستگير و روانه اندونزى شد . از همين سال (۱۹۹۰) طبق موافقت‌نامه جديد مرزى عمليات مشترک گشت‌ مرزى ميان نيروهاى نظامى دو طرف آغاز شد. با اين حال تحرکات گاه و بى‌گاه جدائى طلبان (OPM) و تردّد آنها بين ايريان‌جايا و گينه جديد پاپوا هر چند يک‌بار مشکلاتى را بين دو کشور پديد مى‌آورد. افزايش تبادل ديدار ميان مقامات دو کشور و گسترش همکارى‌هاى نظامى از جمله تحولات روابط در سال‌هاى اخير بوده است.

چين

در پى کودتاى نافرجام حزب کمونيست اندونزى در سال ۱۹۶۵، دولت اندونزى رابطه خود را با چين (به اتهام حمايت چين از حزب کمونيست اندونزي) قطع کرد و نيز ورود کتاب و نشريه چينى زبان به کشور را ممنوع کرد تا اقليت چينى‌تبار اندونزى را زا تأثيرات احتمالى چين دور نگه‌ دارد. پس از دو دهه، از سال ۱۹۸۵ دو کشور تماس‌هايى را براى برقرارى روابط مستقيم تجارى برقرار کردند و در سال ۱۹۸۸ مقامات جاکارتا تمايل خود را نسبت به از سرگيرى روابط، ديپلماتيک دو کشور برقرار شد و مقرر گرديد اندونزى بدهى‌هاى خود را به چين را پرداخت کند.


سوهارتو در نوامبر ۱۹۹۰ از چين ديدار کرد و در سال بعد رئيس جمهور چين از جاکارتا بازديد نمود. موضوع چينى تبارهاى فاقد تابعيت در اندونزى از جمله مسائل حل نشده‌اى بود که دولت از مدت‌ها پيش به‌دنبال يافتن راهى براى تعيين تابعيت اين افراد بوده است.

رژيم صهيونيستى

اندونزى ار ديرباز حامى جنبش فلسطين بوده و هنوز با اسرائيل رابطه سياسى بقرار نکرده است. با اين حال در پى تحولات اخير نسبت به اسرائيل ملايم‌تر شده است. از نظر اندونزى حل بحران خاورميانه به دستيابى دوجانبه است: احقاق حقوق فلسطينى‌ها و تضمين امنيت اسرائيل از سوى همسايگان عرب. عرفات پس از امضاى توافق در سپتامبر ۱۹۹۳ به جاکارتا آمد و با سوهارتد گفتگو کرد. کمى بعد اسحاق رابين وزير وقت رژيم صهيونيستى اسرائيل به‌طور غير منتظره و بدون اعلام قبلى وارد جاکارتا شد و طى توقفى کوتاه با سوهارتو به‌عنوان رئيس جنبش عدم تعهد گفتگو کرد. اخيراً نيز سوهارتو در حاشيه مجمع عمومى سازمان ملل، براى بار دوم با اسحاق رابين ملاقات و مذاکره نمود. همچنين پس از ترور رابين سوهارتو با ارسال نامه‌اى براى شيمون‌پرز ابراز تأسف کرد. دولت اندوزى از قرارداد صلح ساف- اسرائيل حمايت کرده ولى معتقد است که هنوز برقرارى رابطه سياسى با اسرائيل فرا نرسيده است. افکار عمومى اندوزى عموماً طرفدار جنبش فلسطين و مخالف برقرارى رابطه با اسرائيل است. همچنين در سال‌هاى اخير، مواردى از سفرهاى غير سياسى و غير رسمى ميان اتباع دو کشور وجود داشته است، مثل سفر خبرگان اندونزيايى به اسرائيل يا حضور هيأت اسرائيلى در کنفرانس بين‌المللى جهانگردى در اندونزي.