در سال ۱۵۱۱ ميلادى پرتغالى‌ها در جستجوى مراکز توليد ادويه، و پس از شکست دادن پادشاهى اسلامى مالاکا در شبه جزيره مالايا (مالزى کنوني) وارد اندونزى شد و به تبع آنها، اسپانيائى‌ها نيز پا بر خاک اين مجمع‌الجزاير نهادند. آنها ضمن کنترل تجارت ادويه و تلاش براى تثبيت موقعيت خود در نقاط مهم اين نواحى، به تبليغ مسيحيت پرداختند که در جزاير ملوک توفيقاتى نيز کسب نمودند.


حدود يک قرن بعد هلندى‌ها براى دستيابى به محصول ادويه مجمع‌الجزاير اندونزى و فروش پر سود آن در بازار‌هاى اروپا، وارد اين نواحى شدند. آنها براى سامان دادن به امر تجارت کمپانى هند شرقى هلند (VOC) (Vereeingde oost - Indische Compagnie) را در سال ۱۶۰۲ ميلادى تأسيس کردند و کشتى‌هاى جنگى خود را براى حفاظت از ناوگان تجارى (در برابر حملات دزدان دريائي) روانه آب‌هاى اين سرزمين نمودند. هلندى‌ها زارعين را وادار مى‌کردند تا محصولات کشاورزى خود را تسليم آنان کنند و براى تثبيت موقعيت خود، اقدام به نبرد با حکومت‌هاى محلى و تصرف بنادر مهم (مثل جاکارتاى کنوني) نمودند. از جمله مقاومت‌هاى مهمى که در برابر استعمارگران هلندى صورت پذيرفت، مى‌توان به تلاش‌هاى سلطان آگونگ، پادشاه مسلمان حکومت قدرتمند و سابقاً هندوى ماتارام، اشاره کرد . وى از دشمنان سرسخت هلندى‌ها بود و در سال ۱۶۲۹ ميلادى نيروهاى خود را به سوى باتاويا (جاکارتاى امروز) گسيل داشت ولى موفق به تسخير مقر هلندى‌ها نشد.


هلندى‌ها با تصرف آمبون (در جزاير ملوک) در سال ۱۶۰۵ و جزيره باندا در سال ۱۶۲۳، انحصار کامل تجارت ادويه اين مجمع‌الجزاير را به‌دست آوردند. در پى استثمار منابع اين مجمع‌الجزاير توسط هلندى‌ها، اندونزى تا حدّ کشورى کشاورزى، که صرفاً تأمين کننده نيازهاى بازارهاى اروپائى بود تنزل يافت. هلندى‌ها همچنين از مهاجران چينى به عنوان واسطه‌هاى تجارت با اندونزى سود مى‌جستند.


سلطان حسن‌الدين حاکم گوا (سولاوسي) و شاهزاده ترونوجويو حاکم مادورا را نيز، به ترتيب در سال‌هاى ۱۶۶۶ و ۱۶۸۰ عليه سلطه هلندى‌ها قيام کردند. ولى هر دو شکست خوردند.


هلندى‌ها براى جلوگيرى از کاهش قيمت محصولات کشاورزى، در مواردى اقدام به آتش زدن اين محصولات مى‌کردند که غالباً همراه با سرکوب زارعين ناراضى از اين اقدام بود. در سال ۱۷۴۰ ميلادى نيز شورش مهمى در باتاويا توسط چينى‌هاى ناراضى آغاز شد که هلندى‌ها آن را سرکوب نموده حدود ده‌هزار نفر چينى را به قتل رساندند.


همچنين سياست‌هاى تفرقه افکنانه هلندى‌ها، موجب تضعيف قدرت حکومت‌هاى محلى مثل ماراتام شد. با اين حال در سال ۱۷۹۹ ميلادي، کمپانى هند شرقى هلند به‌دليل سوء مديريت و فساد ورشکست شد.


بعدها در دوره جنگ‌هاى ناپلئون در اروپا و در پى اشتغال هلند توسط فرانسه، انگليسى‌ها وارد اندونزى شده و کمپانى هند شرقى انگلستان، اداره امور اين مجمع‌الجزاير را عهده‌دار شد. (۱۸۱۶ - ۱۸۱۱). سرتوماس استامفورد‌رافلز از سوى فرماندار انگليسى بنگال (هندوستان) به عنوان فرماندار کل جاوه و نواحى وابسته بدان تعيين شد. انگليسى‌ها در بنگ‌کولو (سوماتراى غربي) قلعه‌اى بنا کردند و رافلز با الغاى تجارت برده، نوعى حکومت نسبتاً خود مختار بنا کرد. وى همچنين بجاى نظام اجبارى زراعت (هلندي)، نوعى نظام اجاره دارى زمين را برقرار کرد. در اثر اکتشافات باستان‌شناسى رافلز معبد معروف بوروبودور، و بعضى از ديگر معابد باستانى اندونزى، کشف و بازسازى شد. وى همچنين کتاب معروف خود را، موسوم به تاريخ جاوه، در معرفى فرهنگ و تمدن جاوه نوشت. در طول اقامت انگليسى‌ها در سوماترا (۱۸۲۵-۱۸۱۴) يک محقق ديگر انگليسى به نام ويليام ‌مارسدن کتاب مشابهى در مورد تاريخ سوماترا نوشت.


پس از شکست ناپلئون و پايان اشغال هلند توسط فرانسه، به‌موجب معاهده‌اى که درسال ۱۸۱۴ ميان انگلستان و هلند به امضاء رسيد، مجدداً تمامى متصرفات استعمارى هلند، در اختيار مقامات هلندى مستقر در باتاويا قرار گرفت و بدين ترتيب سلطه استعمارى هلند در سال ۱۸۱۵ ميلادى اعاده شد.


پس از بازگشت هلندى‌ها به اندونزي، يک سلسله شورش‌هاى ضد استعمارى در اين مجمع‌الجزاير پا گرفت که همگى سرکوب شدند. از جمله: شورش در ملوک (۱۸۱۸-۱۸۱۶)؛ جنگ جاوه به رهبرى شاهزاده ديپونگورو (۱۸۳۰-۱۸۲۵)؛ جنگ پادرى به رهبرى امام بنجل در سوماتراى غربى (۳۹-۱۸۲۱)؛ جنگ آچه به رهبرى تکوعمر (۱۹۰۳-۱۸۷۳)، شورش قوم بتک در سوماتراى شمالى (۱۹۰۷)؛ مقامات مردم بالى در برابر مهاجمان هلندى (۱۹۰۸) و نيز شورش‌هائى پراکنده در سولاوسى جنوبى و کاليمانتان جنوبي.