اندونزى به‌واسطه حضور اقوام مختلف داراى بيش از ۲۰۰ زبان محلى است که با احتساب لهجه‌هاى گوناگون، رقم آن به ۵۸۳ مى‌رسد. شمار افراد متکلم به هر يک از اين زبان‌ها از حدود ۴۰ هزار نفر (زبان‌هاى محلي) شروع شده و تا ارقامى بيش از ۵۰ ميليون نفر نيز (زبان جاوه‌اي) مى‌رسد. بيشتر اين زبان‌ها، در خانواده زبان‌هاى آسترونزيائي قرار دارند، که خود شامل حدود ۵۰۰ زبان مختلف در سه گروه اندونزيائي،پولينزيائى و ملانزيائى (و به اعتقاد برخى ميکرونزيائى به‌عنوان گروه چهارم اين خانواده زباني) مى‌باشد.


معروف‌ترين زبان‌هاى رايج در اندونزى عبارت است از : آچه‌اي، بتکي، سوندائي، جاوه‌اي، ساساکي، تتوم (در تيمور شرقي) (Tetum)، داياکي، ميناهاسائي، توراجائي، بوگيني، هالماهرائي، (Halmahera)، آمبوني، چرامى و ايرياني.


در قرون گذشته زبان ملايو در سراسر مجمع‌الجزاير اندونزى و شبه‌‌جزيره مالزى رواج داشته و به‌عنوان زبان رايج در تجارت، سياست و مذهب، بيش از هر زبان ديگرى مورد استفاده بوده است. آثار قديمى زيادى از قرون ۱۷ تا ۱۹ ميلادى وجود دارد که به اين زبان تأليف شده است.اين زبان همچنين سرچشمه دو زبان کنونى رايج در مالزى (به نام زبان ملايو و اندونزى موسوم به زبان اندونزيائي) است، که به لحاظ زبان شناختى تفاوت زيادى با‌هم ندارند و تفکيک آنها بيشتر معلول ملاحظات سياسي، يعنى قرارداد سال ۱۸۲۴ ميان هلند و انگلستان در تهديد حوزه فرهنگى اندونزي، بوده است. با اين حال زبان اندونزيائى در طول زمان، تأثيراتى را از زبان‌هاى ديگر پذيرفته و برخى از واژه‌ها و حتى قواعد دستورى آنها را جذب کرده است.


براى مثال مى‌توان از زبان سانسکريت (تا قرن ۱۳ ميلادي) و سپس زبان عربى (از قرن ۱۴ ميلادى به بعد و در دوره گسترش اسلام) نام‌ برد. تماس با چينى‌ها نيز، تأثيرات اندکى بر زبان محاوره اندونزيائى بر جاى نهاده و علاوه بر آن بسيارى از کلمات زبان‌هاى هندي، فارسي، اردو، تاميلي، در اثر تماس و ارتباط با شبه قاره هند وارد زبان اندونزيائى شده است. تعداد واژه‌هاى فارسى رايج در زبان اندونزيائى به حدود ۲۰۰ تا ۳۰۰ واژه تخمين زده مى‌شود که بعضاً مطابق با تلفظ و معناى اصلى آن‌ها هنوز به‌کار مى‌روند (مثل پهلوان، ناخدا،گندم، انگور،...) و بسيارى از آنها دچار تغييراتى در نحوه تلفظ و يا معناى آنها شده است. حضور استعمار‌گران پرتغالى و هلندى نيز موجب رواج واژه‌هائى از اين دو زبان اروپائى در زبان اندونزيائى شده و به‌کار مى‌رود.


در اوايل قرن بيستم ميلادى و همراه با اوج گرفتن مبارزات استقلال طلبانه، ملى گرايان اندونزيائى متوجه نقش زبان واحد در ايجاد وحدت ملى شدند و در سال ۱۹۲۸ جنبش جوانان ملى‌گرا، در پيمانى معروف به ميثاق جوانان، سه موضوع را مورد تصويب قرارداد: وطن واحد (کشور اندونزي)، ملت واحد (ملت اندونزي) و زبان واحد (زبان اندونزيائي)، در جنگ جهانى دوم ، با اشغال اندونزى توسط ژاپن (۱۹۴۲)، نقش مسلط زبان هلندى در جامعه از ميان رفت و زمينه براى اعلام زبان اندونزيائي به‌عنوان زبان رسمى کشور فراهم شد، که در اصل ۳۶ قانون‌اساسى اندونزى (۱۹۴۵) بر آن تصريح شده است.


اکنون زبان اندونزيائي، به‌عنوان زبان رسمى کشور ، رواج وسيعى يافته و در تمامى سطوح آموزشي، اداري، حقوقى و رسانه‌اى به‌کار مى‌رود و تقريباً تمام مردم قادر به تکلم بدان هستند، غير از حدود ۴۰ ميليون نفر (۱۵ درصد کل جمعيت) افراد مسن و ساکن مناطق دوردست. با اين حال ساير زبان‌هاى محلى نيز در مناطق مختلف کشور رواج دارد. با توجه به آنکه نخستين تأثيرات فرهنگى بر اندونزى از سوى شبه قاره هند بوده، قديمى‌ترين آثار مکتوب در اين مجمع‌الجزاير (مربوط به حدود ۴۰۰ ميلادي) به خط سانسکريت بوده است.


از دوره‌هاى بعدى نيز آثارى به زبان‌هاى ملايوى قديم، جاوه‌اى قديم، و باليائى قديم به‌دست آمده که به خط‌‌هاى هندى (الفباى پالاوا) (Pallava) نوشته شده است. در دوره گسترش اسلام ، خط و الفباى عربى جايگزين خط قديم شده و به حروف عربي (Huruf Arab) يا حروف جاوه‌اي (Huruf Jawi) شهرت يافت. بعدها در اثر تلاش‌هاى ميسيونر‌هاى مسيحى (از قرن ۱۷ ميلادى به بعد) و حمايت مقامات استعمارى وقت، به‌تدريج خط و الفباى لاتين در جامعه رواج يافت. امروزه زبان‌هاى ملايو و اندونزيائى به الفباى لاتين نوشته مى‌شود و خط قديم عربى براى نسل جوان آشنا نمى‌باشد و کاربرد آن محدود به بعضى از محافل مذهبى شده است.