امور بازرگانى بين دو کشور پس از پيروزى انقلاب اسلامى ايران تا ژوئيه سال ۱۹۹۱ بر پايه موافقت‌نامه بازرگانى و پرداخت ماه مه ۱۹۷۷ که با توجه به عهدنامه تجارى و گمرکى بين دو کشور در سال ۱۹۲۹ تنظيم گرديده بود و همچنين پروتکل بازگرانى ۵ ژوئيهٔ ۱۹۷۸ صورت مى‌گرفت. روند مبادلات تجارى مذکور برپايه تهاتر، در سومين اجلاس کميسيون مشترک جمهورى اسلامى ايران و چکسلواکى سابق در زمستان ۱۳۶۹ (دسامبر ۱۹۹۰) در پراگ به پيشنهاد طرف ايرانى متوقف و مقرر گرديد از ژوئيه ۱۹۹۱ اساس مبادلات قيمت‌هاى جهانى و ارز آزاد باشد.


از سال ۱۳۶۶ دو کشور توافق نمودند در جهت هماهنگ نمودن مبادلات و روابط اقتصادى و تجارى بين دو طرف مبادرت به برگزارى منظم اجلاس‌هاى کميسيون مشترک ساليانه در پايتخت‌هاى يکديگر نمايند. بر اين اساس نخستين اجلاس کميسيون مشترک در دى‌ماه ۱۳۶۶ (ژانويه ۱۹۸۸) در پراگ تشکيل گرديد که براساس مفاد يادداشت تفاهم امضاء شده در پايان اين اجلاس حجم مبادلات بين دو کشور ۳۰۰ ميليون دلار پيش‌بينى گرديد. همچنين دولت چکسلواکى سابق علاقه خود به خريد ساليانه بين ۷۰۰ هزار تا يک ميليون تن نفت خام از ايران اعلام نمود. اين تحولات روابط اقتصادى دو کشور را وارد مرحله جديدى از توسعه قرار مى‌داد.


با پايان يافتن جنگ تحميلى عراق عليه ايران زمينه‌هاى توسعه بيشتر روابط اقتصادى فراهم گرديد که افزايش حجم مبادلات دو جانبه در سال‌هاى نخست پس از خاتمه جنگ و آغاز دور جديدى از همکارى‌ها در زمينه احداث نيروگاه‌ها، کارخانجات سيمان و قند، اجراء پروژه‌هاى حمل و نقل و ايجاد کارخانجات نساجى و نيز افزايش فروش نفت و کالاهاى غير نفتى به چکسلواکى را در پى داشت. در يادداشت تفاهمى که در پايان سفر نخست وزير اين کشور به تهران در فوريه ۱۹۸۸ به امضاء رسيد همکارى‌هاى دو کشور در موارد فوق‌الاشاره مورد تأکيد قرار گرفت.


دومين اجلاس کميسيون مشترک دو کشور در ارديبهشت ماه ۱۳۶۸ (مه ۱۹۸۹) در تهران برگزار شد. همچنين سومين اجلاس نيز که در واقع آخرين آن قبل از تجزيه چکسلواکى سابق بود در آذر ماه ۱۳۶۹ (دسامبر ۱۹۹۰) در پراگ تشکيل شد و طى آن طرفين نسبت به لغو سيستم تهاتر در مبادلات دو کشور موافقت کردند. همچنين با توجه به رشد بخش خصوصى در چکسلواکى سابق پس از تحولات اخير افزايش مشارکت اين بخش نيز در تبادلات تجارى مورد موافقت قرار گرفت.


مهم‌ترين سفرهاى اقتصادى صورت گرفته سال‌هاى اخير بين دو کشور قبل از تجزيه چکسلواکى سابق به شرح ذيل مى‌باشند:


۱. سفر شهردار تهران به پراگ در دى‌ماه ۱۳۷۰ (ژانويه ۱۹۹۱) و بازديد از امکانات حمل و نقل شهرى اين کشور


۲. سفر وزير نفت جمهورى اسلامى ايران به چکسلواکى سابق در خرداد ماه ۱۳۷۰ (ژوئن ۱۹۹۱) و توافق پيرامون فروش نفت جمهورى اسلامى ايران به اين کشور از طريق خط لوله آدريا و ترانزيت گاز ايران به اروپا از طريق خاک اين کشور


۳. سفر رئيس اتاق بازرگانى و صنايع چکسلواکى سابق به تهران در شهريور ماه ۱۳۷۰ (سپتامبر ۱۹۹۱) و مذاکره با مقامات اتاق بازرگانى و صنايع و معادن ايران پيروامون افزايش سهم بخش‌هاى خصوصى در مناسبات تجارى دو کشور


۴. سفر معاون وزير تجارت خارجى چکسلواکى به تهران در مهر ماه ۱۳۷۰ (دسامبر ۱۹۹۱)


۵. سفر وزير تجارت خارجى چکسلواکى به تهران در آذر ماه ۱۳۷۰ (دسامبر ۱۹۹۱)


۶. سفر وزير اقتصاد چکسلواکى سابق به تهران در مهر ماه ۱۳۷۱ (اکتبر ۱۹۹۲) و شرکت در نوزدهمين نمايشگاه بين‌المللى تهران


۷. سفر معاون وزير صنايع جمهورى اسلامى به پراگ در مهرماه ۱۳۷۱


از جمله قرار دادهاى مهم بين دو کشور يکى مربوط به احداث کارخانه توليد اکسيد آلومينا در جاجرم استان خراسان با ارزش ۲۶۰ ميليون دلار مى‌باشد. اين قرارداد در ۱۴ تير ماه ۱۳۷۰ در پراگ به امضاء رسيد.


همچنين احداث خط اتوبوط برقى تهران به ارزش ۲۰ ميليون دلار در اسفند ماه ۱۳۶۹ در تهران به امضاء رسيد که فاز اول آن هم اکنون مورد بهره‌بردارى قرار دارد.


به‌منظور معرفى توانمندى‌هاى صنعتى و صادراتى جمهورى اسلامى ايران و تلاش جهت صدور کالاهاى غيرنفتى کشور نمايشگاه کالاهاى صادراتى ايران در مهرماه ۱۳۷۱ توسط وزارت صنايع در پراگ برگزار شد.