پس از پيش‌بينى‌هاى لازم و اطمينان از چگونگى آيندهٔ جزيره، دولت انگلستان به جزيره اعطاء استقلال نمود. ماکاريوس به‌عنوان رئيس‌جمهور و دکتر کاتچوک (Dr. Fazil Kucuk) به‌عنوان معاون وى انتخاب شدند و در خلال‌ روزهاى ۱۵-۱۶ اوت ۱۹۶۰ پرچم قبرس در جزيره برافراشته شد.


به رغم اعطاء استقلال، تأثير انگليس کاملاً در سيستم‌ اداري، قضائي، نظام آموزشي، طرز زندگى و فرهنگ مردم همچنان باقى ماند. تسلط اکثريت مردم به زبان انگليسى به خوبى گوياى يک حضور هشتاد و چندسالهٔ انگليس در اين کشور است. طبق قرارداد زوريخ نيروهاى ترک و يونانى در جزيره حضور مى‌يافتند و هيئت وزيرات مرکب از ۷ وزير يونانى و ۳ وزير ترک تشکيل مى‌شد و مجلس با ۳۵ نفر نمايندهٔ يونانى و ۱۵ نمايندهٔ ترک به‌وجود آمد، اين امر عدم رضايت يونانى‌ها را که خواهان سهم بيشترى در حکومت قبرس بودند برانگيخت و يونانى‌نژادها ماکاريوس را متهم به عدم وفادارى به انوسيس مى‌نمودند و از طرفى ترک‌ها وى را متهم به پيگيرى آرزوى الحاق به يونان مى‌کردند.


بدين‌ترتيب سال‌هاى اول حکومت ماکاريوس در يک فضاى متشنج سياسى سپرى گرديد، وى خواستار تجديدنظر در قانون‌اساسيى شد و دولت ترکيه قبل از اظهارنظر ترک‌هاى ساکن مقيم قبرس با اين طرح مخالفت خود را اعلام نمود و بدين‌ترتيب ترک‌ها از دولت قبرس خارج شدند و در دسامبر ۱۹۶۳ جنگ دو جامعه در نيکوزيا آغاز شد که با دخالت نيروهاى انگليسى و سازمان ملل بين دو طرف خط حائل معروف به ”خط سبز “ ( Green Line) ايجاد گرديد. با ايجاد اين خط قبرس عملاً به دو بخش يونانى و ترک‌نشين تقسيم گرديد و نيروهاى سازمان ملل در خط مذکور مستقر شدند و متعاقب آن جابه‌جائى يونانى‌نژادها و ترک‌ها از يک طرف به طرف ديگر آغاز شد.


حملات ارتش قبرس به مواضع ترک‌ها به‌دليل دخالت ترکيه به شکست انجاميد و اقدامات سازمان ملل در اين زمان به جائى رسيد و يک مسابقهٔ تسليحاتى و تمرکز نيرو در قبرس بين ترکيه و يونان پيش آمد.


در سال ۱۹۶۷ نيروهاى دو کشور شديداً با يکديگر درگير شدند، دولت نظامى وقت ترکيه از دولت يونان خواست تا نيروهاى خود را از قبرس خارج نمايد و يونان پذيرفت و گرايوس (Gerayus) از قبرس اخراج شد، وى پس از چندى مخفيانه به قبرس بازگشت و سازمان ملى مبارزين قبرس را به‌منظور تحقق Enosis پايه‌گذارى نمود. به‌دنبال بروز تشنج و ترورهاى مختلف ماکاريوس از يونان خواست تا به خدمت افسران يونانى در قبرس که مسبب اين وضعيت بودند پايان دهد، در پاسخ نظاميان دست به کودتا زدند و در ۱۵ ژولاى ۱۹۷۴ گارد ملى به رهبرى افسران قبرسى و يونانى به کاخ ماکاريوس حمله کردند. ماکاريوس جان سالم از اين غائله به‌ در برد و در پافوس پناهنده شد. در اين اثنا ترکيه موقعيت را براى دخالت مناسب تشخيص داد و به بهانهٔ اجراء قانون‌اساسى نيروهاى خود را در کايرنيا پياده کرد و چتربازان خود را در نيکوزيا فرو ريخت. پس از دو روز جنگ با دخالت سازمان ملل‌متحد آتش‌بس برقرار شد.


در ۱۵ اوت ۱۹۷۴ متعاقب حملهٔ ديگرى قسمت شمالى قبرس عملاً توسط ترکيه تجزيه گرديد. در نتيجه اين دو حمله نزديک به ۲۰۰ هزار نفر از کل جمعيت ۵۰۰ هزار نفرى يوناني، خانه‌هاى خود را در بخش اشغالى ترک کرده و به قسمت جنوبى پناه آوردند. به دنبال اين تحولات ماکاريوس جزيره را به جهت کسب حمايت سازمان ملل‌متحد ترک نمود. در نتيجه فعاليت‌هاى وي، سازمان ملل قطعنامه‌هاى متعددى پيرامون مسئلهٔ قبرس، ضرورت احترام به تماميت ارضى آن و خروج نيروهاى خارجى از طريق شوراى امنيت صادر نمود. ماکاريوس در دسامبر ۱۹۷۴ به قبرس بازگشت و سه سال بعد در ۱۹۷۷ جان سپرد. پس از وى کيپريانو (Kyprianou) که رياست مجلس را برعهده داشت روى کار آمد، وى در سال ۱۹۸۳ مجدداً به‌عنوان رئيس‌جمهور انتخاب گرديد. بعد از وى جرج واسيليو (George Vassiliou) که يک اقتصاددان برجسته بود در سال ۱۹۸۸ به رياست جمهورى قبرس دست يافت، تفاوت روش کارى اين دو در اين بود که کيپريانو براى آغاز مذاکرات، خروج نيروهاى مسلح ترکيه را از شمال قبرس ضرورى مى‌دانست وليکن واسيليو اين شرط را کنار گذاشت و در آن زمان اميدهاى فراوانى جهت حل مسئلهٔ قبرس و به نتيجه رسيدن مذاکرات سازمان ملل‌متحد پديدار گرديد.


در ۱۴ فوريه ۱۹۹۳ گلافکوس کلريديس (Glafcos Clerides) که از جانب احزاب ديسى و ديکو حمايت مى‌شد توانست واسيليو را شکست داده و به مقام رياست جمهورى قبرس برسد، وى از طرفداران حل مسئلهٔ قبرس از طريق سازمان ملل‌متحد مى‌باشد.

مسئله حقوق بشر

طبق معاهدهٔ لندن و زوريخ در قانون‌اساسى قبرس به مسئلهٔ حمايت از حقوق بشر و آزادى‌هاى اساسى توجه خاصى شده است و مادهٔ پنجم قانون‌اساسى بر امنيت فردي، حقوق بشر و آزادى‌هاى اساسى تأکيد دارد. اين ماده شامل ۱۸ نوع حقوق مندرج در معاهدهٔ جامعهٔ اروپائى مى‌شود. حقوق مسلمانان قبرس به‌طور رسمى و قانونى در موافقت‌نامهٔ زوريخ و لندن که در سال ۱۹۵۹ به امضاء رسيد مشخص شده است و بر طبق آن موارد مشترک بين دو جامعهٔ يونانى و ترک‌نشين به نسبت هفت به سه تقسيم شده است.