دستگاه قضائى بحرين تا ۱۹۲۰، از يک قاضى شرع و يک امير از خاندان مشهور بحرين تشکيل مى‌شد. از ۱۹۲۰ به بعد، دو نوع دادگاه در بحرين تشکيل شد: يکى دادگاه کشورهاى مشترک‌المنافع انگلستان که به جرائم خارجيان و اختلافات بين خارجيان و بحرينى‌ها رسيدگى مى‌نمود و يکى دادگاهى که مخصوص رسيدگى به مرافعات بحرينى‌ها بود.


از ۱۹۹۵ به‌تدريج قوانينى براى رسيدگى به اختلافات وضع گرديد. که بيشتر بر مبناى قوانين انگليسى بود ولى پس از عقب‌نشينى انگليسى‌ها از بحرين در ۱۹۷۰ و آمدن قضات مصري، به‌تدريج قوانين بحرين تحت تأثير قوانين مصرى که ريشهٔ آن از حقوق فرانسوى است، قرار گرفت. با اين وصف، هنوز اثر قوانين انگليسى در قوانين جزائى بحرين ديده مى‌شود و قراردادها طبق قوانين انگليسى منعقد مى‌گردد.


تا ۱۹۷۰، دادگاه‌هاى بحرين به شکل کاپيتولاسيون اداره مى‌شد ولى از آن پس، طبق فرمان امير بحرين، دادگاه‌هاى بحرين،به جرائم کليه افراد اعم از خارجى و بحرينى رسيدگى مى‌نمايند.


از ۱۹۷۰، تعدادى از قضات خارجى عرب که اکثراً مصرى بودند و در دادگاه‌هاى عالى بحرين انجام وظيفه مى‌نمودند، به استخدام حکومت بحرين درآمدند و در حال حاضر نيز قضات بحرينى به کمک آنها، سيستم قضائى بحرين را در دست دارند.


اکنون قوهٔ قضائيه مرجع رسيدگى به دعاوى است و طبق قانون‌اساسى و ساير قوانين موضوعه که نبايد مغاير اسلامى باشد، به نام امير، آراء خود را صادر مى‌نمايد.


براساس قانون اساسى بحرين۷، قواى سه‌گانه مستقل بوده و هيچ‌يک از سه قوه مجاز نيست نسبت به ديگرى اعمال نفوذ اعمال و سلطه داشته باشد ولى در عمل قوهٔ قضائيه تابع دولت است و زير نظر قوهٔ مجريهٔ فعاليت مى‌کند.


قضات در قضاوت مستقل بوده و طبق قانون‌اساسى بحرين، هيچ‌يک نمى‌تواند در قضاوت قاضى اعمال نفوذ و دخالت نمايد و جلسات دادگاه‌ها - به جزء مواردى که قانون بيان مى‌کند - علنى مى‌باشد و متهّم حق گرفتن وکيل مدافع را داشته و در صورت عدم استطاعت مى‌تواند درخواست حضور وکيل را از دادگاه داشته باشد.


شوراى عالى قضائى بر حسن گردش کار در دادگاه‌ها و نظارت داشته و به امور استخدامى و شغلى دست اندرکاران قضائى و دادستانى رسيدگى مى‌کند.


در حال حاضر دادگاه‌هاى بحرين شامل دو دادگاه مدنى و شرعى مى‌شود. دادگاه‌هاى مدنى که خود به دو دستهٔ دادگاه‌هاى مدنى صغرى و دادگاه‌هاى مدنى کبرى تقسيم مى‌شود و به امور مدني، جزاير کارگرى و بازرگانى رسيدگى مى‌کند. تحقيق در اين دادگاه‌ها از هر درجه‌اى که باشد توسط پليس انجام مى‌شود و پس از آنکه تحقيقات از متهم انجام شد و نظر داده شد، پرونده به دادگاه محول مى‌گردد.


دادگاه‌هاى شرعى نيز از آنجا که ۷۰% مردم بحرين را شيعيان تشکيل مى‌دهند، به دو بخش دادگاه‌ شرعى جعفرى و دادگاه شرعى سنّى تقسيم مى‌شود. اين دادگاه‌ها طبق حقوق اسلامى به احوال شخصى رسيدگى مى‌کنند.


دادگاه‌هاى نظامى به جرايم نظاميِ افراد نيروهاى مسلح و نيروهاى امنيتى رسيدگى مى‌کند و جز در زمان حکومت نظامي، نمى‌توان افراد غيرنظامى را در اين دادگاه‌ها محاکمه کرد.


دادگاه‌هاى امنيتى به جرائم کسانى که برضد امنيت و استقلال کشور فعاليت مى‌کنند، رسيدگى مى‌کند و از ۱۹۹۴ در پى ناآرامى‌هاى بحرين، اهميت وسيع‌ترى پيدا کرد.


احکام اعدام و عفو مجرمين بايد توسط امير بحرين تأئيد شود. انجام امور مربوط به ثبت اسناد و املاک ثبت شرکت‌ها، ادارهٔ امور اسلامى و رسيدگى به اختلافات ناشى از قوانين و بخش‌نامه‌هاى دولتى به قوهٔ قضائيه محول شده و زير نظر دادگسترى اداره مى‌شود.