به‌دنبال در گذشت شيخ‌عيسى بن سلمان آل خليفه - امير بحرين - در اسفند ماه ۱۳۷۷، پسر ارشد وى به‌نام شيخ‌حمدبن عيسى که وليعهد اين کشور بود، بر مسند اميرى نشست.


با روى کار آمدن امير جديد، بحرين شاهد تحولات تاريخى و بى‌سابقه‌اى شد. اين تحولات عبارت‌ است از:


- عفو زندانيان سياسى : از زمان پايان عزاى عمومى در اين کشور، امير بحرين طى چند نوبت تعداد ۷۸۹ نفر از معارضين (گزارش سفارت ج ا.ا. - منامه) اين کشور را مورد عفو قرارداد. مهمترين تحول در اين رابطه، آزادى شيخ‌عبدالاميرالجمرى از رهبران اصلى ناآرامى‌‌ها (در سال‌هاى ۹۶ - ۱۹۹۴) بود که توانست التهابات داخلى اين کشور را به‌نحو مؤثرى فرو نشاند.


- فرمان افتتاح مجلس سوم شوراء


- تشکيل کميتهٔ حقوق بشر در مجلس شوراى بحرين: در مهر ماه ۱۳۷۸ امير با صدور فرماني، کميته‌اى را به‌منظور بررسى وضعيت حقوق بشر و رسيدگى به مشکلات مردم در اين زمينه به رياست نايب رئيس مجلس، تشکيل داد. اگرچه اين اقدام از سوى معارضين بحرينى مستقر در لندن اقدامى نمايشى توصيف شد ولى اين اقدام موجب شد فشارهاى حقوق بشرى از سوى نهادهاى بين‌الملل کاهش يابد و نهايتاً منجر به خارج شدن موضوع بحرين از دستور کار کميتهٔ حقوق بشر سازمان ملل گرديد.


- تقويت نقش زنان در جامعه: در اين رابطه امير بحرين براى نخستين بار يک سفير زن را از سوى آن کشور در پاريس منصوب کرد.


- تشکيل کميتهٔ منشور ملى بحرين: طى حکمى در تاريخ ۳/۹/۱۳۷۹ با تأسيس کميتهٔ عالى ملى جهت تدوين منشور ملى اين کشور، اعضاء ۴۶ نفرهٔ آن را تعيين نمود.


- فرمان عفو امير و برگزارى همه‌پرسى در اين کشور ۱۷/۱۱/۱۳۷۹ امير بحرين طى سخنرانى به مناسبات سى و سومين سالگرد تأسيس ارتش اين کشور، تمامى محکومين مسائل امنيتى را عفو کرد. وى دستوراتى جهت تسريع در بازگشت شهروندان بحرينى مقيم خارج نيز صادر کرد.


اين اقدام امير درست زمانى انجام گرفت که ۱۰ روز به زمان برگزارى همه‌پرسى پيرامون اصلاحات سياسى باقى‌مانده بود.


- از ديگر اقدامات بى‌سابقهٔ امير بحرين، رفتن به منازل رهبران شيعيان و رسيدگى به خواسته‌هاى آنان بود که تأثير بسيار مثبتى بر جامعهٔ شيعيان گذاشت.


همه‌پرسى بى‌سابقه در بحرين در تاريخ‌ ۲۶ و ۲۷ بهمن ۱۳۷۹ با حضور گسترده و کسب ۴/۹۸% رأى مثبت برگزار گرديد. بدين ترتيب منشور ملى بحرين که متضمن اصلاحات سياسى از جمله تغيير نظام اميرى به پادشاهى مشروطه، تشکيل مجلس انتخابى و برگزارى انتخابات آزاد است، لازم‌الاجراء گرديده و کميته‌اى به رياست وليعهد اين کشور به‌منظور نظارت بر اجراء قانون‌اساسى و منشور ملّى اين کشور تشکيل گرديد.


اين اقدامات امير که مورد استقبال بسيارى از کشورها قرار گرفت، پروندهٔ ناآرامى‌ها داخلى دههٔ ۹۰ اين کشور را بست و فضاى جديدى براى تحولات سياسى و اقتصادى اين کشور آغاز شد.