هدف از تربيت متخصصان اين علم آن است که بتوانند با به‌کارگيرى روش‌هاى سيستماتيک و مدل‌هاى رياضي، مسائل تصميم‌گيرى را در سطح سازمان و واحدهاى نظامى تجزيه و تحليل نموده و بهترين رهنمود را در استفاده بهينه از منابع انسانى و تجهيزاتى و عملکرد اجزاء متشکل سيستم‌ها ارائه دهند.
با توجه به توسعه روزافزون علوم و تکنولوژى و نقش آن در همه ابعاد زندگى انسان‌ها، استفاده بهينه از منابع موجود يا ابداعى سيستم‌هاى مديريتي، عملياتى و پشتيبانى نيز گسترش يافته است و رشته‌هاى جديدى مانند مهندسى سيستم‌ها جهت برآورده شدن نيازمندى‌ها الزام‌آور شده است تا بتواند به‌طور مطلوب‌تر واحدها و سازمان‌ها را اداره نمود رشته مهندسى سيستم‌ها با مسائلى از قبيل برنامه‌ريزى سازماندهي، کنترل و هماهنگى فعاليت‌ها در راستاى استفاده بهينه و مؤثر از منابع انسانى تجهيزات و تکنولوژى سروکار دارد.