بهائى مردى بسيار وارسته و درويش‌مسلک و دور از هواى نفس و دوستدار دانش و مردم‌دوست و بخشنده و فروتن بوده و همهٔ خوبى‌هائى که بايد در دانشمندى صوفى‌منش گرد آيد در سرشت وى فراهم بوده است.


مؤلف خلاصةالاثر مى‌نويسد: پس از آنکه شيخ‌الاسلام شده بود، به فقر و جهان‌گردى رغبت کرد و ترک مناصب گفت و به زيارت حج و خاک پيغمبر رفت و سى سال در سياحت بود و با دانشمندان ديدار مى‌کرد و چون به ايران بازگشت آوازهٔ دانش او بلند شد و به تصنيف پرداخت و دانشمندان جهان به او رجوع مى‌کردند و در سفر و حضر با شاه عباس بود و سراى عالى داشت که پناهگاه يتيمان و بيوه‌زنان بود و همواره به گوشه‌نشينى و تنهائى ميل داشت و ابوالمعالى طالوى و بديعى در ستايش وى سخن بسيار دارند و نص گفتهٔ طالوى آن است که: در قزوين ولادت يافت و اين با گفتهٔ ابن‌معصوم که گويد در بعلبک زاده شده، مغايرست و پس از سفرهاى بسيار به اصفهان درآمد و چون آوازهٔ وى به گوش شاه عباس رسيد، پايهٔ وى را بالا برد، ولى او در زندقه با مذهب شاه همراه نبود، زيرا که وى در دوستدارى خاندان پيامبر غلو مى‌کرد. مؤلف سلافةالعصر نيز گويد: بسيار بخشنده بود و سراى عالى داشت که يتيمان و زنان بدان پناه مى‌بردند و بسيار کودکان نوزاد در آن شير خوردند و بسيار مردم از آن پناه جستند و وى به مردم بسيار چيز مى‌بخشيد، ولى با آن همه تقرب ميل به پادشاه نداشت و بيشتر مايل به تنهائى و جهانگردى بود.


شاگرد وى سيدعزالدين حسين کرکى نيز گفته است که: او فاضل‌ترين مردم روزگار بود و در دانستن برخى از دانش‌ها يگانه بود و به تصوف ميل بسيار داشت. ملامحمد تقى مجلسى در کتاب لوامع صاحب قرآنى شرح من لايحضره‌الفقيه گويد: ”جفر جامع و جفر ابيض داشتم و در جوانى من کسى دعوى آن دانش نمى‌کرد به‌جزء شيخ‌بهاءالدين محمد که گفت من فى‌الجمله از گذشته‌ها خبر دارم، تا آنکه گفت من قواعد علامه را از جفر جامع استخراج مى‌توانم کرد، بنده عرض کردم که به آن عنوان مى‌دانيد که کل کلمات آن در اين جفر هست و چون جمع کنيد قواعد مى‌شود؟ در جواب فرمودند که اين معنى را همه کس مى‌داند، به‌عنوانى ديگر مى‌دانم و سعى بسيار نمودم نفرمودند.


هيچ ترديدى نيست که وى دانشمندترين مردم روزگار خود بوده و از بسيارى دانش، مسائلى بر او کشف و حل شده بود که ديگران همه از آن بى‌خبر بودند و استطاعت و استعداد ادراک و فهم آن نداشتند و البته چون وى به زبونى و بى‌استعدادى هم‌عصران خود پى برده بود در صدد آشکار کردن آن مطالب برنمى‌آمد و بدين جهت کسى آن چنانکه بايد پى به مقام او نبرده بود و سخن وى يا رفتار و گفتار او را تأويل نمى‌توانست کرد، و اين است که اين همه نسبت‌هاى ضد و نقيض به او داده‌اند. در اين ميان چيزى که مسلم است، اين است که قطعاً مشرب تصوف داشته و طبعاً به عرفان و سلوک متمايل بوده است.