شيخ‌بهائى از دانشمندان بسيار معروف دانش‌پرور فضل‌گستر زمان خود بوده و همواره به درس و بحث مى‌پرداخته است و در انتشار علم سخاى مخصوص داشته و هميشه و هر ساعت براى آموزش و پرورش خاطر جويندگان دانش آماده بوده است به همين جهت گروهى از دانشوران نامى قرن يازدهم که مدتى پس از وى زيسته‌اند، نزد وى درس خوانده‌اند و آنهائى که نامشان در کتاب‌ها مانده است بدين قرارند:


۱. شيخ‌جوادبن سعدالله بن جواد بغدادى کاظمينى معروف به فاضل جواد که زبده فى‌الاصول الفقه و خلاصةالحساب او را شرح کرده است.


۲. سيدابوعلى ماجدبن هاشم بن مرتضى بن على بن ماجد حسينى بحرانى جد حفصى قاضى شيراز و اصفهان متوفى در ۱۰۲۸ مؤلف منتخب‌التواريخ گويد در مستدرک ثقةالاسلام نورى فرموده که سيد ماجدبن هاشم الحسينى العريضى البحرانى استاد مرحوم فيض رفت به اصفهان خدمت مرحوم شيخ بهائي، شيخ از او نهايت تعظيم و احترام را فرمود و اجازه به وى داد، مؤلف طرايق‌الحقايق هم او را جزء شاگردان وى شمرده و وى حواشى بر کتاب اثنى‌عشريات خمس بهائى نوشته است.


۳. ملامحمدمحسن بن مرتضى بن محمود فيض کاشانى متوفى در ۱۰۹۱، مؤلف طرائق‌الحقايق گويد در آغاز کتاب وافى خود بدين نکته اشارت کرده که شاگرد بهائى بوده است.


۴. سيدميرزا رفيع‌الدين محمدبن حيدرحسينى حسين طباطبائى نائينى متوفى در ۱۰۹۹.


۵. مولامحمدشريف بن شمس‌الدين محمد رويدشتى اصفهانى متوفى در ۱۰۸۷.


۶. ملاخليل بن غازى قزوينى متوفى در ۱۰۸۹.


۷. ملامحمدصالح بن احمد سروى طبرسى مازندرانى متوفى در ۱۰۸۱.


۸. شيخ‌زين‌الدين محمدبن حسن بن زين‌العابدين على بن احمد عاملى شهيد ثانى متوفى در ۱۰۳۰.


۹. ملا ابوالحسن على مشهور به ملاحسنعلى بن ملا عزالدين عبدالله بن حسين شوشترى متوفى در ۱۰۹۹.


۱۰. شيخ محمدبن على عاملى تنبينى.


۱۱. سيداحمدبن زين‌العابدين علوى مؤلف مفتاح‌الشفاء در شرح الهيات شفاء.


۱۲. شيخ على بن محمود عاملى.


۱۳. نظام‌الدين محمد قرشي، ظاهراً همان نظام بن حسين ساوجى است که باب‌هاى بيست گانهٔ جامع عباسى را پس از مرگ بهائى به فرمان شاه عباس تمام کرده است.


۱۴. مظفرالدين على که رساله‌اى در احوال بهائى نوشته است.


۱۵. شيخ محمودبن حسام‌الدين جزايرى.


۱۶. شيخ‌زين‌الدين على بن سليمان بن درويش بن حاتم قدمى بحرانى معروف به امام‌الحديث متوفى در ۱۰۶۴.


۱۷. سليمان بن على بن راشد بحرانى شاخورى.


۱۸. ملامحمد تقى بن مقصود على مجلسى متوفى در ۱۰۷۰ چنانکه خود در کتاب لوامع صاحبقرانى خويش ذکر کرده است، نزد بهائى شاگردى کرده و در ترجمهٔ وى در روضات‌الجنات نيز چنين آمده و مؤلف طرائق‌الحقايق نيز همين نکته را آورده و در روضةالصفاى ناصرى هم آمده و مؤلف رياض‌العارفين نيز گويد محمدتقى مجلسى از او اجازت يافته است.


۱۹. شيخ على بن نصرالله مؤلف حاشيه بر روضةالبهيه.


۲۰. شمس‌الدين محمدبن على بن خاتون عاملى معروف به ابن خاتون مؤلف شرح اربعين که در رمضان ۱۰۲۹ اجازهٔ روايت اين کتاب را از او گرفته است.


۲۱. سيدعزالدين ابوعبدالله حسين بن حيدربن قمرحسينى کرکى عاملى معروف به مجتهد مفتى اصفهان متوفى در ۱۰۷۶.


۲۲. شيخ حسام‌الدين محمودبن درويشعلى.


۲۳. ملاعزالدين علينقى بن شيخ ابوالعلاء محمد هاشم طغائى کمره‌اى فراهانى شيرازى اصفهانى مشهور به شيخ علينقى کمره‌اى از شعراى معروف قرن يازدهم و قاضى شيراز و شيخ‌الاسلام اصفهان متوفى در ۱۰۶۰.


۲۴. شيخ‌عبداللطيف بن على بن احمد بن ابى‌جامع عاملى مؤلف شرح تهذيب‌الاحکام.


۲۵. ابوطالب تبريزى که بهائى به خط خود در پايان نسخه‌اى از رساله الصلوة اثنى‌عشريات به او اجازه داده است.


۲۶. اميرمحمدقاسم بن امير محمد طباطبائى قهپائى.


۲۷. نجيب‌الدين على بن شمس‌الدين محمدبن مکى بن عيسى ابن حسن بن جمال‌الدين عيسى شامى عاملى جبلى جبعى.


۲۸. آقا خليل بن محمد اشرف قاينى اصفهانى ساکن قزوين.


۲۹. صدرالدين محمد بن ابراهيم شيرازى معروف به ملاصدرا حکيم معروف قرن يازدهم متوفى در ۱۰۵۰.


۳۰. ملامحمدباقر بن محمد مؤمن خراسانى سبزوارى معروف به محقق امام جماعت و شيخ‌الاسلام اصفهان متوفى در ۱۰۹۰.


۳۱. يحيى لاهيجى که در هيچ‌يک از مراجع نام او نيست ولى نسخه‌اى از ارشاد الاذهان علامهٔ حلى در کتابخانهٔ دانشکدهٔ معقول و منقول (مدرسهٔ سپهسالار) در تهران هست که در پايان آن شيخ‌بهائى در ماه صفر ۱۰۲۵ به خط خود به يحيى لاهيجى اجازهٔ روايت داده است.


۳۲. محمدامين‌ القارى که از او نيز نامى در مراجع نيست ولى نسخهٔ رسالهٔ وجيزهٔ درايه که در مجموعهٔ متعلق به آقاى سيدمحمد مشکوة بيرجندى است به خط او است که در سفر آذربايجان با بهائى همراه بوده و در گنجه در ماه صفر ۱۰۱۵ آن را تمام کرده است و بهائى در پايان آن به خط خود به او اجازهٔ روايت داده است و ظاهراً وى مؤلف ترجمه و شرح فارسى است به‌نام توضيح‌الخلاصه بر خلاصةالحساب او که نام خود را در آن محمدامين نجفى حجازى قمى آورده است.


۳۳. بهاءالدين محمد عاملى که در لقب و نام و مولد با وى شريک بوده و از او نيز نامى در مراجع نيست، ولى نسخه‌اى از اربعين حديث، چنانکه آقاى صادق انصارى مقيم تهران آگاهى داده است نزد او است، که در پايان آن بهائى به خط خود به او اجازهٔ روايت داده است.


اين سى و سه تن از شاگردان بهائى بوده‌اند که برخى از ايشان دانشمندان معروف قرن يازدهم بوده‌اند و اين خود منتهاى جلالت قدر بهائى است که چنين مردان بزرگى از وى بهره برده و علم آموخته باشند و برخى ديگر که از او دانش آموخته و روايت کرده‌اند آثارى از ايشان نمانده است و تواند بود که گروهى ديگر نيز نزد وى شاگردى کرده باشند که در کتاب‌ها نامى از ايشان نمانده باشد.